| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,088,223 – 2,088,338 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.630809 |
| Location | 2,088,223 – 2,088,338 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.24 |
| Mean single sequence MFE | -35.12 |
| Consensus MFE | -24.57 |
| Energy contribution | -24.88 |
| Covariance contribution | 0.31 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.16 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | 0.20 |
| SVM RNA-class probability | 0.630809 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2088223 115 - 23771897 ----AUUUUG-AUCGCUAGGUGCCCGCGCCACAUCCGUUUUCAAGUUCGGCUUUAUCGCUCUGGAUCUUCUGAGCAUUAUGGGUCACGACUCCGGCGAGUAUAUGUGCCGCGUGACCAAC ----...(((-(.((...((((....)))).....))...))))((((((....(((......)))...))))))......(((((((....(((((........))))))))))))... ( -32.10) >DroVir_CAF1 165934 115 - 1 ---UUAUGC--UUCCGCAGGUGCCCGCGCCACAUCUGUCUUCAAGUUUGGCUUCAUUGCUCUGGAUCUAUUGAGCAUAAUGGGUCACGAUUCUGGAGAAUACAUGUGUCGCGUCAGCAAU ---...(((--(..(((.((((....))))((((...((((((((((((((((...(((((..........)))))....)))))).)))).))))))....))))...)))..)))).. ( -36.70) >DroGri_CAF1 140549 116 - 1 ---UUAUGUACUU-GUCAGGUGCUCGGGCUACAUCUGUCUUCAAAUUUGGCUUCAUUGCUCUGGAUCUGUUGAGCAUAAUGGGUCACGAUUCUGGAGAAUAUAUGUGCCGUGUGAGCAAU ---..........-......(((((((((.((((...((((((((((((((((...(((((..........)))))....)))))).)))).))))))....)))))))...)))))).. ( -33.00) >DroWil_CAF1 184735 113 - 1 -----CCUU--UUUUUUAGGUGCCCGCGCCACAUCUGUCUUCAAGUUUGGUUUUAUUGCUCUAGAUCUACUGAGCAUUUUGGGCCAUGACGCUGGAGAAUACAUGUGUCGUGUAAGCAAC -----(((.--......)))(((.((((.(((((...((((((.(((((((((...(((((.((.....)))))))....)))))).)))..))))))....))))).))))...))).. ( -35.00) >DroMoj_CAF1 144366 118 - 1 CUCUCUUGC--UUUCACAGGUGCACGCGCCACAUCUGUCUUCAAGUUUGGCUUCAUUGCUCUGGACCUACUGAGCAUUAUGGGCCACGAUGCUGGAGAAUAUAUGUGCCGCGUCAGCAAU ....((((.--.....))))((((((((.(((((...((((((.(((((((((...(((((.(......).)))))....)))))).)))..))))))....))))).)))))..))).. ( -39.80) >DroAna_CAF1 147239 114 - 1 ----UUUGA--ACUUGCAGGUGCCCGUGCCACUUCGGUCUUUAAGUUCGGCUUCAUCGCCCUGGACCUUCUAAGCAUUAUGGGCCACGACGCCGGCGAAUACAUGUGCCGCGUGAGCAAC ----.....--..((((..((((((((((......(((((...((...(((......))))))))))......))))...))).)))..((((((((........))))).))).)))). ( -34.10) >consensus ____UUUGU__UUUCGCAGGUGCCCGCGCCACAUCUGUCUUCAAGUUUGGCUUCAUUGCUCUGGAUCUACUGAGCAUUAUGGGCCACGACGCUGGAGAAUACAUGUGCCGCGUGAGCAAC ....................(((.((((.(((((...(((((..(((((((((...(((((..........)))))....)))))).)))...)))))....))))).))))...))).. (-24.57 = -24.88 + 0.31)
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