Locus 6925

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	18,689,943 – 18,690,043
Length	100
Max. P	0.974640

overview

Window 9

Location	18,689,943 – 18,690,043
Length	100
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.63
Mean single sequence MFE	-35.60
Consensus MFE	-22.77
Energy contribution	-22.97
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.78
SVM RNA-class probability	0.847981
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18689943 100 + 23771897
UUAUUAUUAUUCGCCUGCGUUUGGCUAAAAUGCCUGCA---UGC---CAA----GUUGCCACCACGCGGAGUAACAGC----------UGCUGUGAGACAACUGCGUACAACGCGGCGUA
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>DroSec_CAF1 19273 110 + 1
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...........((((.(((((.(((......))).(((---...---...----..)))....((((((.((.(((((...........)))))...))..))))))..))))))))).. ( -33.50)
>DroAna_CAF1 17137 113 + 1
UUAUUAUUAUUCGCUUGUGUUUGCCUAAAAUGCCAGAA---AGU---UGAUUCUGUUGAUUCUGUGCGGAGUAACAGCUGCCAGCAGCUGCUGUAAGACAACG-GGCACAACGUGGCGUA
............((........)).....((((((...---.((---((..(((((((..(((.(((((.....((((((....)))))))))))))))))))-))..)))).)))))). ( -33.00)
>DroSim_CAF1 19286 110 + 1
UUAUUAUUAUUCGUCUGCGUUUGGCUAAAAUGCCUGCA---UGC---CAA----GUUGCCACCACGCGGAGUAACAGCUGCCAACAGCUGCUGUGAGACAACUGCGUACAACGCGGCGUA
...........((.(((((((.(((......))).(((---...---...----..)))....((((((.((.(((((.((.....)).)))))...))..))))))..))))))))).. ( -34.30)
>DroEre_CAF1 19262 105 + 1
UUAUUAUUAUUCGCCGGUGUUUGGCUAAAAUGCC-----------AGAAA----GUUGUCAGCUAGCGGGAUAACAGCUGCCAACAGCUGCUACAAGACAACUGCGUACAACGCGGCGUA
...........((((....((((((......)))-----------))).(----((((((...(((((......)(((((....)))))))))...)))))))(((.....))))))).. ( -36.70)
>DroYak_CAF1 19959 116 + 1
UUAUUAUUAUUCGCCAGUGUUUGGCUAAAAUGCCAGCCAGUUGCCAGCAA----GUUGCCAGCUAGCGGCGCAACAGCUGCCAACAGCUGCUGCAGAACAACUGCGUACAACGCGGCGUA
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>consensus
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...........((((.(((((.(((......)))....................((((......(((((.....((((((....)))))))))))...)))).......))))))))).. (-22.77 = -22.97 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	18,689,943 – 18,690,043
Length	100
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.63
Mean single sequence MFE	-40.06
Consensus MFE	-22.80
Energy contribution	-24.50
Covariance contribution	1.70
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-3.15
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.73
SVM RNA-class probability	0.974640
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18689943 100 - 23771897
UACGCCGCGUUGUACGCAGUUGUCUCACAGCA----------GCUGUUACUCCGCGUGGUGGCAAC----UUG---GCA---UGCAGGCAUUUUAGCCAAACGCAGGCGAAUAAUAAUAA
..((((((((((((.((((((((......)))----------))))))))...(((((.((....)----..)---.))---))).(((......))).))))).))))........... ( -36.40)
>DroSec_CAF1 19273 110 - 1
UACGCCGCGUUGUACGCAGUUGUCUCACAGCAGUUGUUGGCAGCUGUUACUCCGCGUGGUGGCAAC----UUG---GCA---UGCAGGCAUUUUAGCCAAACGCAGGCGAAUAAUAAUAA
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>DroAna_CAF1 17137 113 - 1
UACGCCACGUUGUGCC-CGUUGUCUUACAGCAGCUGCUGGCAGCUGUUACUCCGCACAGAAUCAACAGAAUCA---ACU---UUCUGGCAUUUUAGGCAAACACAAGCGAAUAAUAAUAA
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>DroSim_CAF1 19286 110 - 1
UACGCCGCGUUGUACGCAGUUGUCUCACAGCAGCUGUUGGCAGCUGUUACUCCGCGUGGUGGCAAC----UUG---GCA---UGCAGGCAUUUUAGCCAAACGCAGACGAAUAAUAAUAA
..(((.((((((((.(((((((((((((((((((((....)))))))).......)))).))))))----)..---)).---))).(((......))).))))).).))........... ( -38.71)
>DroEre_CAF1 19262 105 - 1
UACGCCGCGUUGUACGCAGUUGUCUUGUAGCAGCUGUUGGCAGCUGUUAUCCCGCUAGCUGACAAC----UUUCU-----------GGCAUUUUAGCCAAACACCGGCGAAUAAUAAUAA
..(((((.(((((...(((((((...((((((((((....))))))))))...)).))))))))))----....(-----------(((......)))).....)))))........... ( -38.60)
>DroYak_CAF1 19959 116 - 1
UACGCCGCGUUGUACGCAGUUGUUCUGCAGCAGCUGUUGGCAGCUGUUGCGCCGCUAGCUGGCAAC----UUGCUGGCAACUGGCUGGCAUUUUAGCCAAACACUGGCGAAUAAUAAUAA
......(((.....))).(((((((.((((((((((....))))))))))(((((((((.(....)----..))))))...(((((((....)))))))......))))))))))..... ( -53.50)
>consensus
UACGCCGCGUUGUACGCAGUUGUCUCACAGCAGCUGUUGGCAGCUGUUACUCCGCGUGGUGGCAAC____UUG___GCA___UGCAGGCAUUUUAGCCAAACACAGGCGAAUAAUAAUAA
..(((((((..(((.((((((((....((((....)))))))))))))))..)))...............................(((......))).......))))........... (-22.80 = -24.50 +   1.70)

alignment

secondary structure

dotplot

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