Locus 690

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	2,070,604 – 2,070,752
Length	148
Max. P	0.918798

overview

Window 6

Location	2,070,604 – 2,070,721
Length	117
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.81
Mean single sequence MFE	-37.47
Consensus MFE	-26.15
Energy contribution	-25.65
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.830052
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2070604 117 - 23771897
CUUAGAACGACGCAUCUCGGCCUUUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAGUCCUCUUCCUCUGGCCGGGAGGACAGUGCCCCCGAGUCGCCACACGCUUUCCAACCUGG
..(((...(((.(((((((((...(((((((....)))))))....))))).)))).))).........((((((((.((......))))))....)))).............))). ( -36.60)
>DroPse_CAF1 159113 108 - 1
UUUAGAACGACGAAUCUCGGCCUUUCAAUUGCGCACAAUUGAUUCCGCCGAAGAUGAGUCCUCAUCCUCCGGCCGGGAGGA---CGCACCCGACUCGCCCC------UGCAGCCAGG
.............((((((((...(((((((....)))))))....)))).))))(((((..(.((((((.....))))))---.).....)))))...((------((....)))) ( -34.50)
>DroGri_CAF1 123135 115 - 1
UUUAGAGCGACGUAUCUCGGCUUAUCAAUUGCGUACGAUUGAUUCUGUCGAAGAUGAGUCCUCGUCAUCUGGCAAGGAUGAUAGCUCGCCUGAAUCACCCCAAAAUUACCAGCAG--
....(((((((.(((((((((..((((((((....))))))))...)))).))))).)))...(((((((.....))))))).))))((.((.................))))..-- ( -34.93)
>DroWil_CAF1 166853 117 - 1
UUUAGAACGACGUAUCUCGGCUUUUCAAUUGCGCACAAUUGAUUCUGCCGAAGAUGAGUCUUCUUCUUCUGGCCGGGAAGAUAGUGCACCUGAAUCACAAUAUCCCCAGCAGCCAGG
...((((.(((.(((((((((...(((((((....)))))))....)))).))))).)))))))....(((((.(((..(((((((.........)))..)))))))....))))). ( -37.00)
>DroMoj_CAF1 126714 117 - 1
UCUAGAACGACGUAUCUCGGCUUAUCAAUUGCGUACGAUUGAUUCUGUCGAAGAUGAGUCCUCGUCAUCUGGCAGGGAAGAUAGUUCACCUGAAUCGCCCAACCAGUUCCAGCAGCA
.((.(((((((.(((((((((..((((((((....))))))))...)))).))))).))).........(((..(((......((((....))))..)))..))))))).))..... ( -33.00)
>DroAna_CAF1 128849 117 - 1
CUUAGAACGCCGCAUCUCGGCCUAUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAAUCCUCGUCUUCUGGUCGGGAGGAGAGCGGUCCGGAGUCGCCGAGUGCUUUCCAUCCUGG
........(((....((((((..((((((((....))))))))...))))))(((((....)))))....)))(((((((((((((.((.((.....)))).)))))))).))))). ( -48.80)
>consensus
UUUAGAACGACGUAUCUCGGCCUAUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAAGAUGAGUCCUCGUCAUCUGGCCGGGAGGAUAGCGCACCUGAAUCGCCCCACCCUUUCCAGCCAGG
....((..(((.(((((((((...(((((((....)))))))....))))).)))).)))....((((((.....)))))).............))..................... (-26.15 = -25.65 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,070,641 – 2,070,752
Length	111
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.58
Mean single sequence MFE	-31.12
Consensus MFE	-25.27
Energy contribution	-24.83
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.918798
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2070641 111 - 23771897
AUAUAUUAA---AUAA--AGU-CUCCAAUUAAUCC--CUCUUAGAACGACGCAUCUCGGCCUUUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAGUCCUCUUCCUCUGGCCGGGAGG
.........---....--...-..........(((--(..(((((..(((.(((((((((...(((((((....)))))))....))))).)))).))).......)))))..)))).. ( -30.30)
>DroVir_CAF1 148525 109 - 1
--CUACUAACACAUAA--ACU--UCCAUUUAAA----CUUCUAGAACGACGUAUCUCGGCUUAUCAAUUGCGUCCGAUUGAUUCUGUCGAAGAUGAGUCAUCAUCGUCUGGCAGGGAAG
--..............--.((--(((.......----((.(((((..(((.(((((((((..((((((((....))))))))...)))).))))).))).......))))).))))))) ( -27.61)
>DroEre_CAF1 131579 111 - 1
AUAUAUUAA---AUAA--AAU-AUACACUUAAUCC--CUCUUAGAACGACGCAUCUCGGCCUUUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAGUCCUCUUCCUCUGGCCGGGAGG
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>DroWil_CAF1 166890 109 - 1
--GUAUUAA---AUGAAAAAU-CU----GUCACCCCUAUUUUAGAACGACGUAUCUCGGCUUUUCAAUUGCGCACAAUUGAUUCUGCCGAAGAUGAGUCUUCUUCUUCUGGCCGGGAAG
--.......---.........-..----....((((((....((((.(((.(((((((((...(((((((....)))))))....)))).))))).))))))).....)))..)))... ( -29.40)
>DroYak_CAF1 125271 112 - 1
GUAUAUUAA---AAAA--AAUUCUCCACUUAAUCC--CUCUUAGAACGACGCAUCUCGGCCUUUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAGUCCUCUUCCUCUGGCCGGGAGG
.........---....--..............(((--(..(((((..(((.(((((((((...(((((((....)))))))....))))).)))).))).......)))))..)))).. ( -30.30)
>DroAna_CAF1 128886 113 - 1
AUAUGGGAA--CAUAA-UGGUUCUU-CCUUAAUCU--CCCUUAGAACGCCGCAUCUCGGCCUAUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAAUCCUCGUCUUCUGGUCGGGAGG
....(((((--(....-..))))))-.......((--(((((((((........((((((..((((((((....))))))))...))))))(((((....)))))))))))..))))). ( -37.70)
>consensus
AUAUAUUAA___AUAA__AAU_CUCCACUUAAUCC__CUCUUAGAACGACGCAUCUCGGCCUUUCAAUUGCGAACGAUUGAUUCCGCCGAGGAUGAGUCCUCUUCCUCUGGCCGGGAGG
.....................................................((((((((..(((((((....))))))).......(((((.((....)).))))).)))))))).. (-25.27 = -24.83 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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