| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,554,202 – 18,554,322 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.851940 |
| Location | 18,554,202 – 18,554,322 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.96 |
| Mean single sequence MFE | -56.22 |
| Consensus MFE | -32.63 |
| Energy contribution | -30.75 |
| Covariance contribution | -1.88 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -2.27 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | 0.79 |
| SVM RNA-class probability | 0.851940 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 18554202 120 - 23771897 CGGCCUGCUGUUGCUUGGUAAGAUGCAAGCCCUGUGAUGCUUCUCCUCCCCGCAGCCAAUGCUGGGAGGGCGGCUCAUCUGCGUCGAUGGAGCUGUAGCAGGUGGCACAUUCGUGUAACU ..((((((((..((((.((..((((((.(....((((.(((.(.((((((.(((.....))).))))))).)))))))))))))).)).))))..)))))))).((((....)))).... ( -53.90) >DroVir_CAF1 260385 117 - 1 CCGCCUGCUGUUGCUUGGUGAGCUGCGGCCGCUG---CUCCUCGCCACGUCGCAGCCAGUGCUGGCUGGGCGGCUCAUCCGCAUCGAUGCUGCUGUAGCAGGUGGUGCACUCAUGCAACU ((((((((((..((.(((((((..((((...)))---)..)))))))(((((((((((....)))))).((((.....))))..)))))..))..))))))))))((((....))))... ( -58.90) >DroGri_CAF1 347334 117 - 1 CAGCCUGCUGCUGUUUGCUGAGUUGGGGGCGUUG---GUCUUCGGCAUGUCGCAGCCAGUGCUGGCUGGGCGGCUCAUCGGCAUCGAUGCUGCUGUAGCAGCUGCUGCACUCAUGCAACU ((((.....)))).(((((((((.((.(((((((---((((..(((.((((.((((((....)))))))))))))....)).))))))))).))(((((....)))))))))).)))).. ( -50.30) >DroSec_CAF1 178265 120 - 1 CGGCCUGCUGUUGUUUGGUGAGCUGCAGGCCCUGUGAUGCUUCUCCUCCUCGCAACCAAUGCUGGGAGGGCGGCUCAUCUGCGUCGAUGGAGCUGUAGCAGGUGGCGCAUUCGUGCAACU ..((((((((..((((((((((((((((((........))))..((((((.(((.....))).))))))))))))))))..((....))))))..)))))))).((((....)))).... ( -52.40) >DroEre_CAF1 174606 120 - 1 CGGCCUGCUGCUGCUUUGUGAGCUGGAGGCCCUGUGAAGCUUCUCCUCCGCGCAGCCAAUGCUGGGAGGGCGGCUCAUCUGCGUCGAUGGAGCUGUAGCAGGUGGCACAUUCGUGUAACU ..(((((((((.((((((((((((((((((........)))))((((((...((((....))))))))))))))))))..........))))).))))))))).((((....)))).... ( -53.10) >DroMoj_CAF1 342434 117 - 1 CGGCUUGCUGCUGCUUGGUGAGCUGCGGCUGCUG---CUGCUCGCCACGGCGCAGCCAGUGCUGGCUGGGCGGCUCGUCCGCGUCGAUGCUGCUGCGGCAGGUGCUGCACUCAUGCAGCU ..(((((((((.((.((((((((.((((...)))---).))))))))(((((((((((....)))))(((((...))))))))))).....)).)))))))))((((((....)))))). ( -68.70) >consensus CGGCCUGCUGCUGCUUGGUGAGCUGCAGGCCCUG___CGCUUCGCCACCUCGCAGCCAAUGCUGGCAGGGCGGCUCAUCUGCGUCGAUGCAGCUGUAGCAGGUGGCGCACUCAUGCAACU ..(((((((((.((..(((((((((((((..........)))..(((.((((((.....))).))))))))))))))))..((....))..)).)))))))))...(((....))).... (-32.63 = -30.75 + -1.88)
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