Locus 6826

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,329,622 – 18,329,725
Length 103
Max. P 0.873655
window11075

overview

Window 5

Location 18,329,622 – 18,329,725
Length 103
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.05
Mean single sequence MFE -38.83
Consensus MFE -28.86
Energy contribution -27.51
Covariance contribution -1.36
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.40
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.873655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18329622 103 - 23771897
UAUUGCCACGACUGCAUAUUACGAUGUGAUUAUUAUGAUAUGCU-UAUUUCGUGGUUCAAUGAGC----------------CGUCUGCGUUUGGGUGGCAACUUUGACGGCUUAGGGAAA
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>DroPse_CAF1 138009 118 - 1
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>DroSim_CAF1 123892 103 - 1
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>DroYak_CAF1 120219 103 - 1
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>DroAna_CAF1 112071 104 - 1
UAGUGCCACGACUGCAUAUUACGAUGUGAUUAUUAUGAUAUGCUUUAUUUUGUGGUUCAAUGAGC----------------UGUCUGCGUCUGGGUGGCAACUUUGACGGCUUAGGGAAA
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>DroPer_CAF1 139163 118 - 1
UAGUGCCACGACUGCAUAUUACGAUAUGAUUAUUAUGAUAUGCUUUAUUUUGUGGUUCAUUGGGCUGCCGCGACGCCGCAACGUCGAUGUCUGGGUGGCAACUUUGGCGGCUUAAGGA--
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>consensus
UAGUGCCACGACUGCAUAUUACGAUGUGAUUAUUAUGAUAUGCU_UAUUUUGUGGUUCAAUGAGC________________CGUCUGCGUCUGGGUGGCAACUUUGACGGCUUAGGGAAA
....(((((((..((((((((..(((....)))..))))))))......)))))))((..(((((......................((((..(((....)))..)))))))))..)).. (-28.86 = -27.51 +  -1.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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