Locus 6814

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,305,933 – 18,306,032
Length 99
Max. P 0.963215
window11061 window11062

overview

Window 1

Location 18,305,933 – 18,306,032
Length 99
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.73
Mean single sequence MFE -25.15
Consensus MFE -9.37
Energy contribution -10.90
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.00
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.577765
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18305933 99 + 23771897
GCCCAAGCCAAAAAA--UGCAGUGGCAUACCACAAAUUUAUACACG----UAU--AUAUAUAUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCAAUUGGUUGCAGCUU---GGG----
.((((((((((..((--((((((((....))))((((((((....(----(((--(....))))).....))))))))........))).)))..)))..))))---)))---- ( -26.80)
>DroSim_CAF1 99196 95 + 1
GCCCAAGCCAAAAAA--UGCAGUGGCAUACCACAAAUUUAUAUACG----UAU--A----UAUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCAAUUGGUUGCAGCUU---GGG----
.((((((((((..((--((((((((....)))).....((((((..----..)--)----)))).((((((.......))))))..))).)))..)))..))))---)))---- ( -25.00)
>DroEre_CAF1 86473 95 + 1
GGCCAAGCCAAAAAA--UGCAGUGGCAUACCACAAAUUUAUAUACG----UAU--A----UAUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCAAUUGGUUGCAGCUU---GGG----
..(((((((((..((--((((((((....)))).....((((((..----..)--)----)))).((((((.......))))))..))).)))..)))..))))---)).---- ( -23.00)
>DroYak_CAF1 96299 95 + 1
GCCCAAGCCAAAAAA--UGCAGUGGCAUACCACAAAUUUAUAUACG----UAU--A----UAUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCAAUUGGUUGCAGCUU---GGG----
.((((((((((..((--((((((((....)))).....((((((..----..)--)----)))).((((((.......))))))..))).)))..)))..))))---)))---- ( -25.00)
>DroAna_CAF1 87040 105 + 1
UCCCAAGCCAAAGAAAUUUUUGUGGCAUGCCACAAAUUUAUAUAAA----UAU--AUGUAUGUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCACUGGCUGGUGGCUU---GUGGAGA
((((((((((.((.....(((((((....)))))))..((((((..----..)--)))))((((.((((((.......))))))..))))....))..))))))---).))).. ( -30.20)
>DroPer_CAF1 109561 98 + 1
GAGGAAACCAAAAAA------------UACCACAAAUAUAUAUAUACGAGUAUAUA----UAUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCAAUUGGUUGCAGCUCUUCGUGGCCC
(.(....))......------------..((((...((((((((((....))))))----)))).((((((.......)))))).((((((....))))))......))))... ( -20.90)
>consensus
GCCCAAGCCAAAAAA__UGCAGUGGCAUACCACAAAUUUAUAUACG____UAU__A____UAUACAAAAGAUAAGUUUUCUUUUAUUGCAAUUGGUUGCAGCUU___GGG____
((...((((((..........((((....))))................................((((((.......)))))).......))))))...))............ ( -9.37 = -10.90 +   1.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 18,305,933 – 18,306,032
Length 99
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.73
Mean single sequence MFE -26.86
Consensus MFE -12.63
Energy contribution -13.38
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -3.77
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 1.55
SVM RNA-class probability 0.963215
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18305933 99 - 23771897
----CCC---AAGCUGCAACCAAUUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUAUAUAUAU--AUA----CGUGUAUAAAUUUGUGGUAUGCCACUGCA--UUUUUUGGCUUGGGC
----(((---(((((.........((((((((((((.......)))))))).(((((((--...----.))))))).....((((....))))))))--......)))))))). ( -28.16)
>DroSim_CAF1 99196 95 - 1
----CCC---AAGCUGCAACCAAUUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUAUA----U--AUA----CGUAUAUAAAUUUGUGGUAUGCCACUGCA--UUUUUUGGCUUGGGC
----(((---(((((((((....))))).(((((((..........((((((((----(--...----.)))))))))...((((....))))....--)))))))))))))). ( -27.40)
>DroEre_CAF1 86473 95 - 1
----CCC---AAGCUGCAACCAAUUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUAUA----U--AUA----CGUAUAUAAAUUUGUGGUAUGCCACUGCA--UUUUUUGGCUUGGCC
----.((---(((((((((....))))).(((((((..........((((((((----(--...----.)))))))))...((((....))))....--))))))))))))).. ( -24.40)
>DroYak_CAF1 96299 95 - 1
----CCC---AAGCUGCAACCAAUUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUAUA----U--AUA----CGUAUAUAAAUUUGUGGUAUGCCACUGCA--UUUUUUGGCUUGGGC
----(((---(((((((((....))))).(((((((..........((((((((----(--...----.)))))))))...((((....))))....--)))))))))))))). ( -27.40)
>DroAna_CAF1 87040 105 - 1
UCUCCAC---AAGCCACCAGCCAGUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUACAUACAU--AUA----UUUAUAUAAAUUUGUGGCAUGCCACAAAAAUUUCUUUGGCUUGGGA
..(((.(---((((((.......((((((...((((.......))))))))))......--...----..........(((((((....)))))))........)))))))))) ( -29.40)
>DroPer_CAF1 109561 98 - 1
GGGCCACGAAGAGCUGCAACCAAUUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUAUA----UAUAUACUCGUAUAUAUAUAUUUGUGGUA------------UUUUUUGGUUUCCUC
((((((.((((.((..(((.........((((((((.......))))))))(((----((((((....)))))))))..)))..)).------------)))).))))..)).. ( -24.40)
>consensus
____CCC___AAGCUGCAACCAAUUGCAAUAAAAGAAAACUUAUCUUUUGUAUA____U__AUA____CGUAUAUAAAUUUGUGGUAUGCCACUGCA__UUUUUUGGCUUGGGC
..........(((((((((....)))).((((((((.......))))))))..............................((((....))))............))))).... (-12.63 = -13.38 +   0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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