Locus 6621

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	17,614,307 – 17,614,449
Length	142
Max. P	0.860344

overview

Window 4

Location	17,614,307 – 17,614,411
Length	104
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.36
Mean single sequence MFE	-53.33
Consensus MFE	-41.71
Energy contribution	-43.97
Covariance contribution	2.26
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.69
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.860344
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17614307 104 + 23771897
UCGGCAGCUGCACUUGCAUCUGUAUCGGGAUCUGACUGGGAUCGGGUGUGGCCAAGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCUACCUGCUGGCCAUGGCCA
..(((.((..((((((.((((...((((...))))...))))))))))..))((.((((((((((((((.(((......)))))))))).))))))).))))). ( -55.30)
>DroSec_CAF1 26565 104 + 1
CCGGCAGCUGCACCUGCAUCUGCAUCGGGAUCUGACUGGGAUCGGGUGUGGCUAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGCCAUGGCCC
..((((((..((((((.((((.((((((...)))).))))))))))))..)))..((((((((((((((.(((......)))))))))).)))))))...))). ( -60.70)
>DroSim_CAF1 27790 104 + 1
CCGGCAGCUGCACCUGCAUCUGCAUCGGGAUCUGACUGGGAUCGGGUGUGGCUAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGCCAUGGCCC
..((((((..((((((.((((.((((((...)))).))))))))))))..)))..((((((((((((((.(((......)))))))))).)))))))...))). ( -60.70)
>DroEre_CAF1 27939 104 + 1
CCGGCAGCUGCACCUGCAUCUGCAUCGGGAUCUGACUGGGAUCGGGGUUGGCUAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGCCAUGGCCC
(((((((.(((....))).))))..)))(((((.....)))))......(((((.((((((((((((((.(((......)))))))))).))))))).))))). ( -57.40)
>DroYak_CAF1 28406 104 + 1
CCGGCAGCUGCACCUGCAUCUGCAUCGGGAUCUGACUGGGAUCGGGUGUGGCCAGGGCCAGCGUAGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGCCAUGGCCC
..(((.((..((((((.((((.((((((...)))).))))))))))))..))((.((((((((..((((.(((......)))))))...)))))))).))))). ( -52.20)
>DroPer_CAF1 29137 92 + 1
CCUGCAUCGGCCCCCCCAUCU----CGUG--CCCGCUGA---CAUGCGUGGUCAGCGACAGUGAGGGCAUCUGAGCCUGCAGCGUGCCCUG-UGGCCCU--CCC
........((((....(((.(----((((--(((((...---...))).)))..))))..)))((((((((((......))).))))))).-.))))..--... ( -33.70)
>consensus
CCGGCAGCUGCACCUGCAUCUGCAUCGGGAUCUGACUGGGAUCGGGUGUGGCCAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGCCAUGGCCC
(((((((.(((....))).))))..)))(((((.....)))))......(((((.((((((((((((((.(((......)))))))))).))))))).))))). (-41.71 = -43.97 +   2.26)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	17,614,338 – 17,614,449
Length	111
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.50
Mean single sequence MFE	-53.43
Consensus MFE	-29.75
Energy contribution	-31.53
Covariance contribution	1.78
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.75
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.613736
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17614338 111 + 23771897
CUGACUGGGAUCGGGUGUGGCCAAGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCUACCUGCUGGC---CAUGGCCA---ACGUUCGCCUCGUACGGUGGCGGAGCACUGAAGUCCGC
.......((((..((((((((((.((((((((((((((.(((......)))))))))).))))))---).))))).---...((((((.(.....).)))))))))))...)))).. ( -60.10)
>DroGri_CAF1 31460 113 + 1
-UCCCCGGC---AUGUGUCGUCACCGUCAACGUGGGCAUCUGAUGCGGCAACAUCACCUGCUGACCCCCAUGACCCAGUGCAUCCGGCUCGUAUGGGGGUGGUGCACUAAAGUCCGC
-.....(((---..(((....))).)))...((((((...(((((......)))))..((((.(((((((((.....(.((.....)).).))))))))).).))).....)))))) ( -37.20)
>DroSec_CAF1 26596 111 + 1
CUGACUGGGAUCGGGUGUGGCUAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGC---CAUGGCCC---ACGUUCGCCUCGUACGGCGGCGGAGCACUGAAGUCCGC
.......((((((((((.(((((.((((((((((((((.(((......)))))))))).))))))---).))))))---))(((((((((....)).))).)))).))))..))).. ( -61.00)
>DroSim_CAF1 27821 111 + 1
CUGACUGGGAUCGGGUGUGGCUAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGC---CAUGGCCC---ACGUUCGCCUCGUACGGUGGCGGAGCACUGAAGUCCGC
.......((((((((((.(((((.((((((((((((((.(((......)))))))))).))))))---).))))))---))(((((((.(.....).))).)))).))))..))).. ( -61.10)
>DroYak_CAF1 28437 111 + 1
CUGACUGGGAUCGGGUGUGGCCAGGGCCAGCGUAGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGC---CAUGGCCC---ACGUUCGCCUCGUACGGUGGCGGAGCACUGAAGUCCGC
.......((((((((((.(((((.((((((((..((((.(((......)))))))...)))))))---).))))))---))(((((((.(.....).))).)))).))))..))).. ( -55.60)
>DroPer_CAF1 29162 105 + 1
CCCGCUGA---CAUGCGUGGUCAGCGACAGUGAGGGCAUCUGAGCCUGCAGCGUGCCCUG-UGGC---CCU--CCC---ACAUUGGCCUCGUAUGGCGGUGGUGCACUGAAAUCGGC
.((((((.---((((((.((((((........((((((((((......))).)))))))(-(((.---...--.))---)).)))))).)))))).))))))....(((....))). ( -45.60)
>consensus
CUGACUGGGAUCGGGUGUGGCCAGGGCCAGCGGUGGCAUCUGAGCCGGCAGUGCCACCUGCUGGC___CAUGGCCC___ACGUUCGCCUCGUACGGUGGCGGAGCACUGAAGUCCGC
.....((((....((((((((((..(((......)))......((((((((......)))))))).....))))).....((.(((((......)))))))..)))))....)))). (-29.75 = -31.53 +   1.78)

alignment

secondary structure

dotplot

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