Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,595,023 – 17,595,113 |
Length | 90 |
Max. P | 0.917115 |
Location | 17,595,023 – 17,595,113 |
---|---|
Length | 90 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.45 |
Mean single sequence MFE | -29.32 |
Consensus MFE | -25.75 |
Energy contribution | -25.17 |
Covariance contribution | -0.58 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.05 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 1.11 |
SVM RNA-class probability | 0.917115 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 17595023 90 + 23771897 AUA-AAU-------UAUCUUU-------------UUUUCAGGUGGCGUAUUCGUGUGUAUCGCAGAGUGUUCUACGGCACCGAGUUCGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGA ...-...-------.......-------------...((((.(((((.(((((.((((..((.((......)).))))))))))).))))).))))(((((....))))). ( -28.70) >DroVir_CAF1 8076 102 + 1 UUA-UCU-------UAUCUUCUCCUCCAUCCGCU-UAACAGAUGGCGCAUUCGUGUCUAUCGCAAGGUGUUCUAUGGCAGCGAAUUUGUCAGCUGGCUUAUUGAGGUGGGC ...-...-------....(((.((((.((..((.-...(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).)))))..)).)))).))). ( -27.00) >DroPse_CAF1 19372 97 + 1 CC--UAUUCUUGUGUGUGUGU--U---------U-CCUCAGGUGGCGCAUUCGUGUCUACCGCAAGGUAUUCUAUGGCAGCGAAUUCGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC ((--(((.((((.(((.((..--.---------.-...(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).))))).)))))))))))). ( -35.01) >DroMoj_CAF1 8016 91 + 1 AUU-UCU-------GGUAUUCCCC------------AACAGAUGGCGCAUUCGUGUUUACCGCAAGGUAUUCUAUGGCAGCGAAUUCGUUAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC ...-..(-------((......))------------).(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).)))((((((....)))))) ( -29.50) >DroAna_CAF1 7322 92 + 1 AUAUUAA-------UCUCUAU--U---------U-CCGCAGAUGGCGCAUUCGAGUCUAUCGCAAAGUAUUCUAUGGCAGCGAGUUCGUUAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC .......-------.......--.---------(-((((.((((((.(((..((((((.......)).)))).)))))(((.(((......))).)))))))...))))). ( -22.00) >DroPer_CAF1 7741 97 + 1 CC--UAUUCUUGUAUGUGUGU--U---------U-CCACAGGUGGCGCAUUCGUGUCUACCGCAAGGUGUUCUAUGGCAGCGAAUUUGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC ((--(((.((((.(((.((..--.---------.-...(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).))))).)))))))))))). ( -33.71) >consensus AUA_UAU_______UGUCUUU__U_________U_CCACAGAUGGCGCAUUCGUGUCUACCGCAAGGUAUUCUAUGGCAGCGAAUUCGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC ......................................(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).)))((((((....)))))) (-25.75 = -25.17 + -0.58)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:25:44 2006