Locus 659

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	1,957,283 – 1,957,412
Length	129
Max. P	0.745690

overview

Window 6

Location	1,957,283 – 1,957,375
Length	92
Sequences	6
Columns	93
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.22
Mean single sequence MFE	-24.85
Consensus MFE	-14.61
Energy contribution	-14.70
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.552069
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1957283 92 + 23771897
UGUUGAAUUCCGCCUUUUAGACCCGCUCAGGUGGUAAAGGUAUUCUUUGCCAUCACCACUUGGAUCUCAUA-UGCCUUGCAGGGCUAUGUGAC
..........................(((((((((...((((.....))))...)))))))))...(((((-(((((....)))).)))))). ( -26.30)
>DroPse_CAF1 8235 90 + 1
UUC--UGUGUGCAUUCUCAGACCCGCUCAGGUGGUGAAGAUCUUCUUUGCUAUUACCACUUGGAUAUCGUA-UGCCCUGCAGGGCUAUGUCAC
.((--((.(......).)))).....(((((((((((((..........)).)))))))))))....((((-.((((....)))))))).... ( -25.20)
>DroGri_CAF1 7493 90 + 1
UUU--GUUGCUAUUUUGCAGAGCCGCCCAGGUGGCGAAAAUCUUCUUCGCUAUCACCACAUACAUAUCGUA-UGCGCUGCAGGGAUAUGUCAC
...--((.((((((((((((.((......(((((((((.......))))))))).....((((.....)))-))).))))).))))).)).)) ( -24.30)
>DroEre_CAF1 8438 90 + 1
UUU--GAGACCCCUCUUCAGACCCGCGCAGGUGGUAAAGGUGUUCUUCGCCAUCACUACCUGGAUCUCAUA-UGCCUUGCAGGGCUAUGUGAC
(((--((((....)).)))))......((((((((...((((.....))))...))))))))....(((((-(((((....)))).)))))). ( -28.80)
>DroAna_CAF1 6955 87 + 1
UUC--C---UCCUCUUUCAGUCCCGCUCAGGUGGUUAAGAUCUUCUUUGCAAUCACCACCUGGAUUUCCUA-UGCCCUCCAGGGCUAUGUCAC
...--.---.................(((((((((.(((.....))).......)))))))))........-.((((....))))........ ( -20.00)
>DroPer_CAF1 8956 91 + 1
UUC--UGUGUGCAUUCUCAGACCCGCUCAGGUGGUGAAGAUCUUCUUUGCUAUUACCACUUGGAUAUCGUAGUGCCCUGCAGGGCUAUGUCAC
.((--((.(......).))))......((((((((((((..........)).))))))))))(((((......((((....)))).))))).. ( -24.50)
>consensus
UUC__GAUGCCCAUUUUCAGACCCGCUCAGGUGGUGAAGAUCUUCUUUGCUAUCACCACUUGGAUAUCGUA_UGCCCUGCAGGGCUAUGUCAC
.............................((((((((((.....)))))))))).............((((..((((....)))))))).... (-14.61 = -14.70 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,957,298 – 1,957,412
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.62
Mean single sequence MFE	-35.40
Consensus MFE	-23.50
Energy contribution	-24.70
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.46
SVM RNA-class probability	0.745690
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1957298 114 + 23771897
--UUUAGACCCGCUCAGGUGGUAAAGGUAUUCUUUGCCAUCACCACUUGGAUCUCAUA-UGCCUUGCAGGGCUAUGUGACU-GCCCACAUCCUGUGGGAUAAAUA--CUUGGCCAAGCGC
--........(((...((((((((((.....)))))))))).....((((.(((((((-(((((....)))).))))))..-.(((((.....))))).......--...))))))))). ( -38.60)
>DroPse_CAF1 8248 114 + 1
--CUCAGACCCGCUCAGGUGGUGAAGAUCUUCUUUGCUAUUACCACUUGGAUAUCGUA-UGCCCUGCAGGGCUAUGUCACU-GCCCACAUACUGUGGGGCAAGUA--CGUGAGCACAAGA
--.........(((((.((((..(((.....)))..))......((((((((((....-.((((....)))).)))))...-.(((((.....))))).))))))--).)))))...... ( -39.90)
>DroWil_CAF1 10208 116 + 1
AUCCCAGACUCGCCCAGGUGGUAAAGAUCUUCUUUGCUAUAACGACAUGGAUUUCAUA-UGCCCUGCAGGGUUAUGUCACU-GCCCAAAUUAUAUGGCACAAGUA--UUUGAGUAAGAAA
.......((((......(((((((((.....))))))))).((((((((.........-.((((....))))))))))..(-(((..........))))...)).--...))))...... ( -26.70)
>DroMoj_CAF1 8088 114 + 1
--UGCAGUCUCGCUCAGGUGGUCAAGAUUUUCUUCGCCAUCACCACAUACAUAUCGUA-UGCACUGCAGGGCUAUGUCACG-GCGCACAUCGUGUGGAAUCAGUU--CCUGAGCAAGCGG
--....(.((.(((((((((((.(((.....))).))))...((((((((.....)).-(((.(((...(((...))).))-).)))....))))))........--))))))).))).. ( -33.50)
>DroAna_CAF1 6965 114 + 1
--UUCAGUCCCGCUCAGGUGGUUAAGAUCUUCUUUGCAAUCACCACCUGGAUUUCCUA-UGCCCUCCAGGGCUAUGUCACU-GCCCAUAUCCUGUGGGACAAGUA--CUUGGUCAAGCAC
--....((((((((((((((((.(((.....))).......)))))))))........-.........((((.........-)))).......))))))).....--............. ( -33.80)
>DroPer_CAF1 8969 118 + 1
--CUCAGACCCGCUCAGGUGGUGAAGAUCUUCUUUGCUAUUACCACUUGGAUAUCGUAGUGCCCUGCAGGGCUAUGUCACUAGCCCACAUACUGUGGGGCAAGUAAACGUGAGCCCAAGA
--.........((((((((((..(((.....)))..))))).((....))....(((..(((((..((((((((......))))))......))..))))).....))))))))...... ( -39.90)
>consensus
__CUCAGACCCGCUCAGGUGGUAAAGAUCUUCUUUGCUAUCACCACUUGGAUAUCGUA_UGCCCUGCAGGGCUAUGUCACU_GCCCACAUCCUGUGGGACAAGUA__CUUGAGCAAGAGA
...........(((((((((((((((.....)))))))))).............((((..((((....))))))))..(((..(((((.....)))))...))).....)))))...... (-23.50 = -24.70 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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