Locus 6568

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	17,384,296 – 17,384,403
Length	107
Max. P	0.969122

overview

Window 3

Location	17,384,296 – 17,384,403
Length	107
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.72
Mean single sequence MFE	-35.82
Consensus MFE	-26.09
Energy contribution	-27.05
Covariance contribution	0.96
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969122
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17384296 107 + 23771897
GAAUUAAUUAGUCUAGGUCUAGAUUCUAGC-------CA-----GUCUAGAGUCUAGAGUCUAGCC-CUACUCCCAUCGCAAAAUAACGGUUAGUUGGGCGGGCUAAAAUGAAAAUGUGC
.......((((((((((((((((((((((.-------..-----..)))))))))))).))).(((-(.(((...((((........)))).))).)))))))))))............. ( -35.40)
>DroSec_CAF1 11077 106 + 1
GAAUUAAUUAGUCUAGGUCUAGAUUCUAGC-------CA-------CUAGAGUCUAGAGUCUAGCCCCCACUCCGAUCGCGAAAUAACGGUCAGUUGGGCGGGCUAAAAUGAAAAUGUGC
.......((((((((((((((((((((((.-------..-------)))))))))))).))).((((..(((..(((((........)))))))).)))))))))))............. ( -36.10)
>DroSim_CAF1 10985 106 + 1
GAAUUAAUUAGUCUAGGUCUGGAUUCUAGC-------CA-------CUAGAGUCUAGAGUCUAGCCCCCACUCCGAUCGCGAAAUAACGGUCAGUUGGGCGGGCUAAAAUGAAAAUGUGC
.......((((((((((((((((((((((.-------..-------)))))))))))).))).((((..(((..(((((........)))))))).)))))))))))............. ( -35.80)
>DroEre_CAF1 11253 119 + 1
CAAUUAAUUAGUCUAGGUCUAGAGUAUAGAGUGCAGAGUCUAGAGUCUAGAGCCUAGAGUCUAGA-CCCACUGCGAUCGCGAAAUAACGGUCAGCUGGGCGGGCUAAAAUGAAAAUGUGC
.......(((((((..((((((..........((((.(((((((.(((((...))))).))))))-)...))))(((((........)))))..)))))))))))))............. ( -40.50)
>DroYak_CAF1 13557 106 + 1
GCAUUAAUUAGUCUAGGUCUAGGGUAUAGA-------AU-------CUAGAGUCUAGAGUCUAGACCCCACUCCGAUCGCGAAAUAACGGUCAGUUGGGCGGGCUAAAAUGAAAAUGUGC
.((((..(((((((..(((((((((.((((-------.(-------((((...))))).)))).))))......(((((........)))))...))))))))))))))))......... ( -31.30)
>consensus
GAAUUAAUUAGUCUAGGUCUAGAUUCUAGC_______CA_______CUAGAGUCUAGAGUCUAGCCCCCACUCCGAUCGCGAAAUAACGGUCAGUUGGGCGGGCUAAAAUGAAAAUGUGC
.......((((((((((((((((((((((.................)))))))))))).)))....((((((..(((((........))))))).)))).)))))))............. (-26.09 = -27.05 +   0.96)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	17,384,296 – 17,384,403
Length	107
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.72
Mean single sequence MFE	-29.70
Consensus MFE	-19.77
Energy contribution	-21.25
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.566465
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17384296 107 - 23771897
GCACAUUUUCAUUUUAGCCCGCCCAACUAACCGUUAUUUUGCGAUGGGAGUAG-GGCUAGACUCUAGACUCUAGAC-----UG-------GCUAGAAUCUAGACCUAGACUAAUUAAUUC
............((((((((.((((......(((......))).))))....)-))))))).((((((.(((((..-----..-------.))))).))))))................. ( -30.30)
>DroSec_CAF1 11077 106 - 1
GCACAUUUUCAUUUUAGCCCGCCCAACUGACCGUUAUUUCGCGAUCGGAGUGGGGGCUAGACUCUAGACUCUAG-------UG-------GCUAGAAUCUAGACCUAGACUAAUUAAUUC
............((((((((.((...((((.(((......))).))))...)))))))))).((((((.(((((-------..-------.))))).))))))................. ( -31.60)
>DroSim_CAF1 10985 106 - 1
GCACAUUUUCAUUUUAGCCCGCCCAACUGACCGUUAUUUCGCGAUCGGAGUGGGGGCUAGACUCUAGACUCUAG-------UG-------GCUAGAAUCCAGACCUAGACUAAUUAAUUC
..........(((((((((..((((.((((.(((......))).))))..)))).((((((........)))))-------))-------))))))))...................... ( -27.90)
>DroEre_CAF1 11253 119 - 1
GCACAUUUUCAUUUUAGCCCGCCCAGCUGACCGUUAUUUCGCGAUCGCAGUGGG-UCUAGACUCUAGGCUCUAGACUCUAGACUCUGCACUCUAUACUCUAGACCUAGACUAAUUAAUUG
............((((((((((...((.((.(((......))).)))).)))))-.))))).((((((.((((((.(.((((........)))).).))))))))))))........... ( -32.80)
>DroYak_CAF1 13557 106 - 1
GCACAUUUUCAUUUUAGCCCGCCCAACUGACCGUUAUUUCGCGAUCGGAGUGGGGUCUAGACUCUAGACUCUAG-------AU-------UCUAUACCCUAGACCUAGACUAAUUAAUGC
...((((.....(((((..(......((((.(((......))).))))..((((((.((((.(((((...))))-------).-------)))).)))))))..)))))......)))). ( -25.90)
>consensus
GCACAUUUUCAUUUUAGCCCGCCCAACUGACCGUUAUUUCGCGAUCGGAGUGGGGGCUAGACUCUAGACUCUAG_______UG_______GCUAGAAUCUAGACCUAGACUAAUUAAUUC
.............(((((((((....((((.(((......))).)))).)))))..((((..((((((.(((((.................))))).)))))).)))).))))....... (-19.77 = -21.25 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

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