Locus 6567

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 17,384,078 – 17,384,177
Length 99
Max. P 0.659022
window10692

overview

Window 2

Location 17,384,078 – 17,384,177
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.27
Mean single sequence MFE -28.12
Consensus MFE -12.30
Energy contribution -12.92
Covariance contribution 0.61
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.43
Structure conservation index 0.44
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.659022
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17384078 99 - 23771897
AGCUUAAACAAUAAGCGCCGUAAGUGUGCUAUGUGGAUUUGAAACA-----------CCU---AUAUACAGGUGCU----AGUAUAGUUAUGUGCAUGUUUUAUA---AUGCAUGUGGAA
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>DroPse_CAF1 10991 115 - 1
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>DroSec_CAF1 10855 102 - 1
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>DroSim_CAF1 10764 102 - 1
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>DroEre_CAF1 11066 90 - 1
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>DroYak_CAF1 13333 105 - 1
AGCUCAAACAAUAAGCGCCGUAAGUGUGCUAUGUGCAUAUGAAACA-----------CCUA-CAUAUAUAGGUGCUAGCUAGUAUAGUUAUGUGCUUGUUUUAUA---AUGCAUGUGGAA
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>consensus
AGCUCAAACAAUAAGCGCCGUAAGUGUGCUAUGUGCAUAUGAAACA___________CCUA_UAUAUACAGGUGCU____AGUAUAGUUAUGUGCAUGUUUUAUA___AUGCAUGUGGAA
.............((((((....).))))).........................................(((((....)))))..((((((((((...........)))))))))).. (-12.30 = -12.92 +   0.61)

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