Locus 6555

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 17,310,985 – 17,311,081
Length 96
Max. P 0.842368
window10673

overview

Window 3

Location 17,310,985 – 17,311,081
Length 96
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.21
Mean single sequence MFE -38.65
Consensus MFE -32.25
Energy contribution -33.83
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.842368
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17310985 96 + 23771897
GUCCCAAUCGAUGGUGUUCGUGCCAUCCGUGAUUACCAGCGGAACAAAGUGGCCGGUCAUGUAGAUGUCCGGAUCGCUGACGUCUCCGCUGGAGGA
...((((((((((((......))))))...)))).((((((((((..(((((((((.(((....))).)))).)))))...)).)))))))).)). ( -42.60)
>DroSec_CAF1 9884 96 + 1
GUCCCAAUCGAUAGUGUUGGUGCCAUCCGUGAUUACUAGCGGAACAAAGUGACCGGUCAUGUAGAUGUCCGGAUCGCUGGCGUCUCCGCUGGAUGA
(..((((((....).)))))..)(((((((....)).((((((((..(((((((((.(((....))).)))).)))))...)).))))))))))). ( -36.60)
>DroSim_CAF1 8779 96 + 1
GUCCCAAUCGAUGGUGUUGGUGCCAUCCGUGAUUACCAGCGGAACAAAGUGACCGGUCAUGUAGAUGUCCGGAUCGCUGGCGUCUCCGCUGGAUGA
.....((((((((((......))))))...)))).((((((((((..(((((((((.(((....))).)))).)))))...)).)))))))).... ( -41.20)
>DroEre_CAF1 8216 96 + 1
GUCCCAGUCGAUGGUGUUGGUGCCAUCCGUGAUUACCAGCGGAACAAAGUGACCGGUCAUGUAGAUGUCCGGAUCGCUGGCGUCUCCGCUGGAUGA
.....((((((((((......))))))...)))).((((((((((..(((((((((.(((....))).)))).)))))...)).)))))))).... ( -41.20)
>DroYak_CAF1 10146 96 + 1
GUCCCAAUCGAUGGUGUUGGUGCCAUCCGUGAUUACCAGCGGAACAAAGUGACCGGUCAUGUAGAUGUCCGGAUCGCUGGCGUCUCCGCUGGAUGA
.....((((((((((......))))))...)))).((((((((((..(((((((((.(((....))).)))).)))))...)).)))))))).... ( -41.20)
>DroAna_CAF1 7053 87 + 1
CUCCCAGUCGAUGGUGUUGGUGCCGUCGGUGAUGACCAGCGGUACAAAGUGUCCGGUCAUGUAGAUGUCCGGGUCCCCCGAGUC---------AGA
((((((.....))).....(((((((.(((....))).)))))))...(..(((((.(((....))).)))))..)...)))..---------... ( -29.10)
>consensus
GUCCCAAUCGAUGGUGUUGGUGCCAUCCGUGAUUACCAGCGGAACAAAGUGACCGGUCAUGUAGAUGUCCGGAUCGCUGGCGUCUCCGCUGGAUGA
.....((((((((((......))))))...)))).((((((((((..(((((((((.(((....))).)))).)))))...)).)))))))).... (-32.25 = -33.83 +   1.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:24:14 2006