Locus 6462

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	17,237,195 – 17,237,471
Length	276
Max. P	0.991596

overview

Window 5

Location	17,237,195 – 17,237,314
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.79
Mean single sequence MFE	-40.78
Consensus MFE	-34.18
Energy contribution	-33.90
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.614168
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17237195 119 + 23771897
UCAACGUUUACCAAUUUGAGAGCU-GUGUGGCUUAGCGUCGGCUGGGGCACCUUUCGAAGUUGAUUCCAAAGGUGUGCCGCUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUA
...................(((..-(((((.......(.((((.((.((((((((.(((.....))).)))))))).)))))).)((((((((.......)))))))))))))...))). ( -44.30)
>DroSec_CAF1 121188 119 + 1
UCAACGUUUACCAACUUGAGAGCU-GUGUGGCUUAGCGUCGACUGGGGCACCUUUCGAAGUUGAUUCCAAAGGUGUGCCGCUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUA
((((.(((....)))))))(((..-(((((..........((((((.((((((((.(((.....))).)))))))).)))..)))((((((((.......)))))))))))))...))). ( -42.40)
>DroSim_CAF1 115033 119 + 1
UCAACGUUUACCAAUUUGAGAGCU-GUGUGGCUUAGCGUCGACUGGGGCACCUUUCGAAGUUGAUUCCAAAGGUGUGCCGCUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUA
((.(((((...........(((((-....)))))))))).)).((((((((((((.(((.....))).)))))))).....(((.((((((((.......)))))))).))))))).... ( -41.10)
>DroEre_CAF1 124443 104 + 1
UCAGCGCUUACCAAUUUGAGAGCUGGUGUGGCUUAGCGUC----------------GAAGUUGAUUCCAAAGGUGUGCCGCUGUCUGUCAGCCUGUCACUGGCUGGCACACACCCACUUA
.((((.((((......)))).))))((((((.(((((...----------------...)))))..)))..((((((........((((((((.......)))))))))))))))))... ( -36.00)
>DroYak_CAF1 127589 119 + 1
UCAACGUUUACCAAUUUGAGAGCU-GUGUGGCUUAGCGUCGGCCGGGGAACCUUUCGAAGUUGAUUCCAAAGGUGUGCCGCUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCGCACACCCACUUA
.....((((.(......).)))).-..((((....(((((((((((.(.((((((.(((.....))).)))))).).))((((.....))))........)))))))))....))))... ( -40.10)
>consensus
UCAACGUUUACCAAUUUGAGAGCU_GUGUGGCUUAGCGUCGACUGGGGCACCUUUCGAAGUUGAUUCCAAAGGUGUGCCGCUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUA
.....((((.(......).))))..((((((.(((((.((((..((....))..)))).)))))..)))..((((((........((((((((.......)))))))))))))))))... (-34.18 = -33.90 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	17,237,274 – 17,237,391
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.79
Mean single sequence MFE	-31.82
Consensus MFE	-26.47
Energy contribution	-27.24
Covariance contribution	0.77
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.41
SVM RNA-class probability	0.951211
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17237274 117 + 23771897
CUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUAUCCGCCAGCUGAGCCACCCCACCA---CAAGUAGUGCACCACCGCCAGUGCACCACCGCCAGUGCACCACCCACUUGGCC
.(((.((((((((.......)))))))).)))...........(((((.((.(......(((..---...((.((((((........)))))).)).....)))......))).))))). ( -33.80)
>DroSec_CAF1 121267 103 + 1
CUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUAUCCGCCAGCUGAGCCACCACACCA---CCAGUAGUGCAACACCGCCAGUGC--------------ACCACCCACUUGGCC
.(((.((((((((.......)))))))).)))...........(((.((((.............---.)))).).))......(((((((.--------------......))).)))). ( -28.24)
>DroSim_CAF1 115112 115 + 1
CUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUAUCCGCCAGCUGAGCCACCUCACCA---CCAGCAGUGCAACACCGCCAGUGCACCAC--UCAGUGCACCACCCACUUGGCC
..........((((((..(((((((((................))))))((((....)))).))---)..)))).))......((((((((((...--...))))))........)))). ( -35.39)
>DroEre_CAF1 124507 94 + 1
CUGUCUGUCAGCCUGUCACUGGCUGGCACACACCCACUUAUGCGCCAGCCGAGCCACCC-ACC-----------------------AGUGCACCAC--UCAGCGCACCACCCACUUGGCC
.(((.((((((((.......)))))))).)))...............((((((......-...-----------------------.((((.....--...))))........)))))). ( -27.37)
>DroYak_CAF1 127668 112 + 1
CUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCGCACACCCACUUAUCCGCCAGCUGAACCACCC-ACCAGUGCCACCAGUG-----CCACCAGUGCACCAC--UCAGUGCACCACCCACUUGGCC
.(((.((((((((.......)))))))).)))...........(((((.((........-....(((.((....))-----.)))..((((((...--...))))))....)).))))). ( -34.30)
>consensus
CUGUCUGUCAGCCUGUCAGUGGCUGGCACACACCCACUUAUCCGCCAGCUGAGCCACCCCACCA___CCAGCAGUGCA_CACCGCCAGUGCACCAC__UCAGUGCACCACCCACUUGGCC
.(((.((((((((.......)))))))).)))...........(((((.((......................(((......)))..((((((........))))))....)).))))). (-26.47 = -27.24 +   0.77)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	17,237,274 – 17,237,391
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.79
Mean single sequence MFE	-49.20
Consensus MFE	-33.53
Energy contribution	-34.00
Covariance contribution	0.47
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.94
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	2.28
SVM RNA-class probability	0.991596
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17237274 117 - 23771897
GGCCAAGUGGGUGGUGCACUGGCGGUGGUGCACUGGCGGUGGUGCACUACUUG---UGGUGGGGUGGCUCAGCUGGCGGAUAAGUGGGUGUGUGCCAGCCACUGACAGGCUGACAGACAG
((((..(..((((((((((((.((.(((....))).)).))))))))))))..---)((((.(.((((.(((((.((......)).))).)).)))).)))))....))))......... ( -52.60)
>DroSec_CAF1 121267 103 - 1
GGCCAAGUGGGUGGU--------------GCACUGGCGGUGUUGCACUACUGG---UGGUGUGGUGGCUCAGCUGGCGGAUAAGUGGGUGUGUGCCAGCCACUGACAGGCUGACAGACAG
((((.(((((.(((.--------------.((((((.(.((..((((((....---))))))..)).))))(((.((......)).))))))..))).)))))....))))......... ( -42.80)
>DroSim_CAF1 115112 115 - 1
GGCCAAGUGGGUGGUGCACUGA--GUGGUGCACUGGCGGUGUUGCACUGCUGG---UGGUGAGGUGGCUCAGCUGGCGGAUAAGUGGGUGUGUGCCAGCCACUGACAGGCUGACAGACAG
((((.(((((.(((..((((((--((.(..(((..((((((...))))))..)---))......).)))))(((.((......)).))))))..))).)))))....))))......... ( -51.70)
>DroEre_CAF1 124507 94 - 1
GGCCAAGUGGGUGGUGCGCUGA--GUGGUGCACU-----------------------GGU-GGGUGGCUCGGCUGGCGCAUAAGUGGGUGUGUGCCAGCCAGUGACAGGCUGACAGACAG
((((...(.(.(((((((((..--..))))))))-----------------------).)-.)((.(((.((((((((((((......))))))))))))))).)).))))......... ( -46.30)
>DroYak_CAF1 127668 112 - 1
GGCCAAGUGGGUGGUGCACUGA--GUGGUGCACUGGUGG-----CACUGGUGGCACUGGU-GGGUGGUUCAGCUGGCGGAUAAGUGGGUGUGCGCCAGCCACUGACAGGCUGACAGACAG
((((.(((((.(((((((((((--((..(.(((..(((.-----((....)).)))..))-).)..)))))(((.((......)).))))))))))).)))))....))))......... ( -52.60)
>consensus
GGCCAAGUGGGUGGUGCACUGA__GUGGUGCACUGGCGGUG_UGCACUACUGG___UGGUGGGGUGGCUCAGCUGGCGGAUAAGUGGGUGUGUGCCAGCCACUGACAGGCUGACAGACAG
((((..((.(((((((((((......)))))))......................................(((((((.(((......))).))))))))))).)).))))......... (-33.53 = -34.00 +   0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	17,237,351 – 17,237,471
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.15
Mean single sequence MFE	-43.66
Consensus MFE	-37.03
Energy contribution	-38.34
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.56
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.862241
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17237351 120 - 23771897
CAAACUGCACCGCCAACUAACCACAAUGCAAAUCCGCAGAGCAAACAAUGUCAGGUGACGUUCGUCGGGGCCUUCGCAGUGGCCAAGUGGGUGGUGCACUGGCGGUGGUGCACUGGCGGU
........(((((((....(((((..((((.((((((....(..((((((((....)))))).))..)((((........))))..))))))..))))......)))))....))))))) ( -46.90)
>DroSec_CAF1 121344 106 - 1
CAAACUGCACCGCCAACUAACCACAAUGCAAAUCCGCAGAGCAAACAAUGUCAGGUGACGUUCGUCGGGGCCUUCGCAGUGGCCAAGUGGGUGGU--------------GCACUGGCGGU
........(((((((....(((((.((....))((((....(..((((((((....)))))).))..)((((........))))..)))))))))--------------....))))))) ( -37.50)
>DroSim_CAF1 115189 118 - 1
CAAACUGCACCGCCAACUAACCACAAUGCAAAUCCGCAGAGCAAACAAUGUCAGGUGACGUUCGUCGGGGCCUUCGCAGUGGCCAAGUGGGUGGUGCACUGA--GUGGUGCACUGGCGGU
........(((((((....(((((..((((.((((((....(..((((((((....)))))).))..)((((........))))..))))))..))))....--)))))....))))))) ( -47.10)
>DroEre_CAF1 124569 112 - 1
CAAACUGCACCGCCAACUAACCACAAUGCAAAUCCGCAGAGCAAACAAUGUCAGGUGACGUUCGUCGGGGCCGCCGCAGUGGCCAAGUGGGUGGUGCGCUGA--GUGGUGCACU------
.....((((((((((....(((((.((....))((((....(..((((((((....)))))).))..)((((((....))))))..)))))))))....)).--))))))))..------ ( -42.60)
>DroYak_CAF1 127743 117 - 1
CAAACUGCACCGCCAACUAACCACAAUGCAAAUCCGCAGAGCAAACAAUGUCAGGUGACGUUCGUCGGGGCCUCGGCAGUGGCCAAGUGGGUGGUGCACUGA--GUGGUGCACUGGUGG-
.........((((((....(((((..((((.((((((....(..((((((((....)))))).))..)((((.(....).))))..))))))..))))....--)))))....))))))- ( -44.20)
>consensus
CAAACUGCACCGCCAACUAACCACAAUGCAAAUCCGCAGAGCAAACAAUGUCAGGUGACGUUCGUCGGGGCCUUCGCAGUGGCCAAGUGGGUGGUGCACUGA__GUGGUGCACUGGCGGU
.........(((((......((((..(((......)))...(..((((((((....)))))).))..)((((........))))..))))..((((((((......))))))))))))). (-37.03 = -38.34 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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