Locus 645

Window 6

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1908744 116 + 23771897
UCCUCUUUCCUCUUCCCCUCCCUCCAUCG----GCAACAAUUGCAGUUGGCGCCCAAGUGUUCCCCCUGCCUCCUGGCCAGGGAUUCCCCUGGGCCCAUUCGACGCGUGGCAAGCCUCGC
..........................(((----(((.....)))...(((.(((((.(.(....(((((((....)).)))))...).).))))))))..))).(((.((....)).))) ( -34.10)
>DroEre_CAF1 32736 114 + 1
UCCUCAUUU-----CCCGUUCCCCC-UCUGGUUGCAACAAUUGCAGUUGGCGCCCAAGUGUUUCCCCUGCCGCCUGGCCAGGGAUUCCCCUGGGCGCACUCGACGCGUGGCAAGCCCCGC
.........-----...(((.....-..(..(((((.....)))))..)(((((((.(.(..((((..(((....)))..))))..).).)))))))....)))(((.((....)).))) ( -39.00)
>DroWil_CAF1 46716 98 + 1
-CCAUUUU------ACAAUU---------------UCCAAUUGCAGUGGGCGCCCAAGUGUUUCCCCUGCCACCUGGUCAGGGCUUCCCCUGGGCGCAUUCAACGCGUGGCAAGCCUCGU
-(((((..------.((((.---------------....)))).)))))(((((((.(.(....(((((((....)).)))))...).).))))))).......(((.((....)).))) ( -35.10)
>DroYak_CAF1 31997 109 + 1
UCCUCUUU------CCACUCUCUCC-UCU----GCAACAAUUGCAGUUGGCGCCCAAGUGUUCCCCCUGCCUCCUGGCCAGGGAUUCCCCUGGGCUCACUCGACGCGUGGCAAGCCCCGC
....(((.------((((.....(.-.((----(((.....)))))..)(((..(.((((..(((...(((....))).((((....)))))))..)))).).))))))).)))...... ( -35.10)
>DroAna_CAF1 35776 108 + 1
UCCUUU---CUG---C-AACCCCAC-CUU----GCACCCAUUGCAGUUGGCGCCCAAGUGUUCCCACUGCCCCCUGGCCAAGGAUUCCCCUGGGCUCACUCGACGCGUGGCAAGCCCCGA
......---..(---(-....((((-.((----(((.....)))))...(((..(.((((..(((...(((....)))..(((.....))))))..)))).).)))))))...))..... ( -27.60)
>DroPer_CAF1 35078 95 + 1
UCCCCC---AU----------------------GUUGCAAUUGCAGUUGGCGCCCAAGUGUUUCCCCUGCCGCCGGGCCAGGGCUUCCCCUGGGCCCAUUCGACGCGUGGCAAGCCCCGA
....((---((----------------------(((((....)))(((((((....((........))..))))(((((((((....)))).)))))....))))))))).......... ( -33.30)
>consensus
UCCUCUUU______CC_AUCCC_CC_UCU____GCAACAAUUGCAGUUGGCGCCCAAGUGUUCCCCCUGCCGCCUGGCCAGGGAUUCCCCUGGGCCCACUCGACGCGUGGCAAGCCCCGC
.............................................(((((.(((((.(.(....(((((((....)).)))))...).).)))))....)))))(((.((....)).))) (-24.13 = -24.88 +   0.75) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 7

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1908744 116 - 23771897
GCGAGGCUUGCCACGCGUCGAAUGGGCCCAGGGGAAUCCCUGGCCAGGAGGCAGGGGGAACACUUGGGCGCCAACUGCAAUUGUUGC----CGAUGGAGGGAGGGGAAGAGGAAAGAGGA
......(((.((.(.(((((..(((((((((((...((((((.((....))))))))...).))))))).)))...(((.....)))----)))))).)).)))................ ( -43.40)
>DroEre_CAF1 32736 114 - 1
GCGGGGCUUGCCACGCGUCGAGUGCGCCCAGGGGAAUCCCUGGCCAGGCGGCAGGGGAAACACUUGGGCGCCAACUGCAAUUGUUGCAACCAGA-GGGGGAACGGG-----AAAUGAGGA
((((.(((((.(....).)))))(((((((((....(((((.(((....))).)))))....)))))))))...))))..(((((.(..(....-)..).))))).-----......... ( -44.90)
>DroWil_CAF1 46716 98 - 1
ACGAGGCUUGCCACGCGUUGAAUGCGCCCAGGGGAAGCCCUGACCAGGUGGCAGGGGAAACACUUGGGCGCCCACUGCAAUUGGA---------------AAUUGU------AAAAUGG-
.((((.((((((((((((.....)))).(((((....))))).....))))))))(....).)))).....(((.((((((....---------------.)))))------)...)))- ( -37.70)
>DroYak_CAF1 31997 109 - 1
GCGGGGCUUGCCACGCGUCGAGUGAGCCCAGGGGAAUCCCUGGCCAGGAGGCAGGGGGAACACUUGGGCGCCAACUGCAAUUGUUGC----AGA-GGAGAGAGUGG------AAAGAGGA
......(((.((((((((((((((..(((((((....)))).(((....)))...)))..))))).)))))...(((((.....)))----)).-.......))))------...))).. ( -43.50)
>DroAna_CAF1 35776 108 - 1
UCGGGGCUUGCCACGCGUCGAGUGAGCCCAGGGGAAUCCUUGGCCAGGGGGCAGUGGGAACACUUGGGCGCCAACUGCAAUGGGUGC----AAG-GUGGGGUU-G---CAG---AAAGGA
((...((..(((.(((.(((((((..(((((((....)))).(((....)))...)))..))))))))))(((..((((.....)))----)..-.)))))).-)---).)---)..... ( -38.60)
>DroPer_CAF1 35078 95 - 1
UCGGGGCUUGCCACGCGUCGAAUGGGCCCAGGGGAAGCCCUGGCCCGGCGGCAGGGGAAACACUUGGGCGCCAACUGCAAUUGCAAC----------------------AU---GGGGGA
(((((((((.((..(.(((.....))).)..)).)))))))))(((((((.(((((....).))).).))))...(((....)))..----------------------..---)))... ( -42.00)
>consensus
GCGGGGCUUGCCACGCGUCGAAUGAGCCCAGGGGAAUCCCUGGCCAGGAGGCAGGGGAAACACUUGGGCGCCAACUGCAAUUGUUGC____AGA_GG_GGGAG_GG______AAAGAGGA
.(((.((.......)).))).....((((((((...((((((.((....))))))))...).)))))))((.....)).......................................... (-29.90 = -29.90 +   0.00) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:47:30 2006