| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,204,870 – 17,204,990 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 17,204,870 – 17,204,990 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.00 |
| Mean single sequence MFE | -41.70 |
| Consensus MFE | -29.15 |
| Energy contribution | -29.43 |
| Covariance contribution | 0.28 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -1.51 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 17204870 120 - 23771897 CUGGGCUACGCCCAGUAUCUGCCCAAGGAUCACUACUUGCUGUCCAAGGAGCAGUUGUUCGAUCGCAUGUGCAUGACGCUCGGCGGACGUGUGGCCGAAGAGCUGUUCUUUAAUCGCAUU ((((((...))))))....(((....((((..(.....)..))))(((((((((((.((((..(((((((.(.((.....))..).)))))))..)))).)))))))))))....))).. ( -48.20) >DroPse_CAF1 95064 120 - 1 CUGGGCUAUGCCCAGUACCUGCCCAGGGACCACUACCUACUGUCCAAGGAGCAGCUGUUCGACCGCAUGUGCAUGACCAUCGGUGGACGAGUGGCAGAGGAGCUCUUUUUCAACCGUAUC ((((((...))))))(((.(((((..((((...........))))..)).)))(((.(((..((((.(((.(((........))).))).))))..))).)))............))).. ( -39.50) >DroGri_CAF1 75354 120 - 1 UUGGGCUAUGCUCAGUAUUUGCCCAAGGAUCACUAUCUGCUGUCGAAGGAGCAGCUCUUUGAUCGCAUGUGUAUGACACUGGGCGGUCGUGUGGCCGAGGAGCUGUUCUUCAAUCGGAUC ((((((.((((...))))..)))))).((((((........))((((((((((((((((((..((((((....((........))..))))))..)))))))))))))))...))))))) ( -45.00) >DroWil_CAF1 114958 120 - 1 UUGGGUUAUGCUCAGUAUUUGCCCAAAGAUCAUUAUUUGCUAUCGAAGGAGCAACUUUUCGAUCGCAUGUGCAUGACUUUAGGUGGACGCGUGGCCGAAGAGCUAUUUUUCAAUCGCAUU ...((((((((......((..((.((((.(((((((.(((.((((((((......)))))))).))).))).)))))))).))..)).))))))))((((((...))))))......... ( -34.70) >DroMoj_CAF1 109915 120 - 1 CUUGGCUACGCUCAGUAUUUGCCCAAGGAUCAUUAUUUGUUGUCCAAGGAGCAGCUCUUCGAUCGCAUGUGCAUGACCCUGGGCGGCCGUGUGGCUGAGGAGUUGUUCUUCAAUCGCAUC ...((((((.....)))...)))...((((.((.....)).)))).(((((((((((((((..((((((.((.((.((...))))))))))))..))))))))))))))).......... ( -41.50) >DroAna_CAF1 71347 120 - 1 UUGGGCUAUGCCCAGUACCUGCCCAAGGAUCAUUAUUUGCUCUCCAAGGAGCAGCUUUUCGAUCGCAUGUGCAUGACUUUGGGUGGUCGUGUCGCGGAAGAGUUGUUCUUCAAUAGGAUC ((((((...))))))..((((.....(((.((.....))...))).((((((((((((((...(((....((((((((......)))))))).)))))))))))))))))...))))... ( -41.30) >consensus CUGGGCUAUGCCCAGUAUCUGCCCAAGGAUCACUAUUUGCUGUCCAAGGAGCAGCUCUUCGAUCGCAUGUGCAUGACCCUGGGCGGACGUGUGGCCGAAGAGCUGUUCUUCAAUCGCAUC (((((((((.....)))...))))))((((...........)))).(((((((((((((((.((((((((((..........)))..))))))).))))))))))))))).......... (-29.15 = -29.43 + 0.28)
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