Locus 641

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,888,259 – 1,888,354
Length 95
Max. P 0.510568
window982

overview

Window 2

Location 1,888,259 – 1,888,354
Length 95
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.33
Mean single sequence MFE -32.30
Consensus MFE -22.52
Energy contribution -23.39
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.510568
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1888259 95 - 23771897
-GGCGAGAGGCAUGUGGCAGUUGCAACACAUCCAGCCAGUUGCCAUAUACACCUCUGGUCUGGCCGGGGAUAUAUGGCUAUUAUAAAAGCGUAUUU
-(((....((.(((((((....))..))))))).)))(((.((((((((...((((((.....)))))).)))))))).))).............. ( -31.00)
>DroPse_CAF1 10794 87 - 1
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(((((.(((((((((((((((((........--...)))))))))))).).)))))))))......----.(((((---(((....)))))))).. ( -33.20)
>DroSim_CAF1 10836 95 - 1
-GGCGAGAGGCAUGUGGCAGUUGCAACACAUCCAGCCAGUUGCCAUAUACACCUCUGGUCUGGCCGGGGAUAUAUGGCUAUUAUAAAAGCGUAUUU
-(((....((.(((((((....))..))))))).)))(((.((((((((...((((((.....)))))).)))))))).))).............. ( -31.00)
>DroEre_CAF1 12040 95 - 1
-GGCGAGAGGCAUGUGGCAAUUGCGACACAUCCAGCCAGUUGCCAUAUACACCUCUGGUCUGGCCGGGGAUAUAUGGCUAUUAUAAAACCGUAUUU
-(((.(((((.(((((((((((((..........).))))))))))))...))))).)))((((((........))))))................ ( -34.10)
>DroYak_CAF1 11057 95 - 1
-GGCGAGAGGCAUGUGGCAGUUGCGACACAUCCAGCCAGUUGCCAUAUACACCUCUGGUCUGGCCGGGGAUAUAUGGCUAUUAUAAAACCGUAUUU
-(((.(((((.((((((((((((.((....))))))....))))))))...))))).)))((((((........))))))................ ( -31.30)
>DroPer_CAF1 10797 87 - 1
GAGCGUGUGGCAUGUGGCAAUUGCAACACAU--AUCCAGUUGCCAUAUAGACCGCCGCUCUGGAUG----UGUGUG---GUUAUAAAACCGUAUUU
(((((.(((((((((((((((((........--...)))))))))))).).)))))))))......----.(((((---(((....)))))))).. ( -33.20)
>consensus
_GGCGAGAGGCAUGUGGCAAUUGCAACACAUCCAGCCAGUUGCCAUAUACACCUCUGGUCUGGCCGGGGAUAUAUGGCUAUUAUAAAACCGUAUUU
.(((.(((((.((((((((((((.............))))))))))))...))))).)))((((((........))))))................ (-22.52 = -23.39 +   0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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