| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,094,991 – 17,095,109 |
| Length | 118 |
| Max. P | 0.597054 |
| Location | 17,094,991 – 17,095,109 |
|---|---|
| Length | 118 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.74 |
| Mean single sequence MFE | -45.83 |
| Consensus MFE | -32.85 |
| Energy contribution | -33.38 |
| Covariance contribution | 0.53 |
| Combinations/Pair | 1.13 |
| Mean z-score | -2.35 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | 0.13 |
| SVM RNA-class probability | 0.597054 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 17094991 118 + 23771897 GCUGCAGUGCAUUCGUAUAUGUGUGCGUUAGCUGCUGGCUUUCAUGGUGUGCGCGUGUGCGUGUGCGUAUAUGUGUGUAGUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCAGCAGGCAAGCGUAAA (((((.(..(((........)))..).....(((((((((....(((((((((((((((((....)))))))))))(.....).))))))........))))))))))).)))..... ( -49.50) >DroSec_CAF1 53068 112 + 1 CGCGCAGUGCAUUCGUGCAUGUGUGCGUUAGCUGCUGGCUGUCAUGGUGUGCGCGUGUGCGUGUG------UGUGUGUAGUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCAGCAGGCAAGCGUAAA .((((((((((....))))).)))))(((.(((((((((((...((((((((((.((..((....------..))..)))))).)))))).......))))))))).)).)))..... ( -49.60) >DroSim_CAF1 56417 112 + 1 CGCGCAGUGCAUUUGUGCAUGUGUGCGUUAGCUGCUGGCUGUCAUGGUGUGCGCGUGUGCGUGUG------UGUGUGUAGUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCAGCAGGCAAGCGUAAA .((((((((((....))))).)))))(((.(((((((((((...((((((((((.((..((....------..))..)))))).)))))).......))))))))).)).)))..... ( -49.60) >DroEre_CAF1 53166 110 + 1 GCCGCAGUGCAUGCGUGUGUGUGUGUGCUAGCUGCUGGCUGUCAUGGUGUGCGUGUGUGCGUGUGCG--------UGUAGUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCAGCAGGCAAGCGUAAA (((((((..((((((....))))))..)).))(((((((((...(((((((((((..(((....)))--------..)).))).)))))).......))))))))))))......... ( -49.20) >DroYak_CAF1 55982 116 + 1 UUUGCAGUGCAUUCGUGCAUGUGUGUGCCAGCUGCUGGCUGUCAUGGUGUGCGCGUGUGCGUGUGCGUA--UGUGUGUAGUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCAGCAGGCAAGCGUAAA .((((.(((((....)))))..((.((((...(((((((((...(((((((((((..((((....))))--..)))))......)))))).......))))))))))))).)))))). ( -48.30) >DroAna_CAF1 53732 106 + 1 CUCCAAGUGCAU--GGGAAUGUGUGUGUUACCCUCCAGCUAAACGGGUGUGCGUGUGUGC-UCUGC---------UGUAUUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCCGCAGGCAAGCGUAAA .......(((.(--((((..(((.....)))..))).((((((.((((..((((..((((-.....---------.))))....))))..)))).))))))...)).)))........ ( -28.80) >consensus CCCGCAGUGCAUUCGUGCAUGUGUGCGUUAGCUGCUGGCUGUCAUGGUGUGCGCGUGUGCGUGUGC_____UGUGUGUAGUGCAACGCCAGCCUUUUUAGCCAGCAGGCAAGCGUAAA ..(((.(..(((........)))..).....((((((((((....(((.((.((((((((...................)))).)))))))))....))))))))))....))).... (-32.85 = -33.38 + 0.53)
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