Locus 6380

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 17,077,864 – 17,077,963
Length 99
Max. P 0.990052
window10220

overview

Window 0

Location 17,077,864 – 17,077,963
Length 99
Sequences 5
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.44
Mean single sequence MFE -33.82
Consensus MFE -27.96
Energy contribution -30.00
Covariance contribution 2.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 2.19
SVM RNA-class probability 0.990052
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17077864 99 + 23771897
AGUGCACAUCUGCGGCUGAAUGUGCGCUGUGAUGGAUGUGUGAUGUGCACUAAUGGCAGCAUUAUGCAAGCAAUGGGCAUUAAUUUGCUCAUUAUCUGC
((((((((((.......).))))))))).....(((((((((((((((.(....)))).))))))))....((((((((......)))))))))))).. ( -33.60)
>DroSec_CAF1 35985 99 + 1
AGUGCACAUUUGCGGCUGAAUGUGCGCUGUGAUGGAUGUGUGAUGUGCACUAAUGGCAGCAUUAUGCAAGCAUCGGGCAUUACUUUGCUCAUUAUCUGC
(((((((((((......)))))))))))..((((..((((((((((((.(....)))).)))))))))..))))(((((......)))))......... ( -37.90)
>DroSim_CAF1 37262 99 + 1
AGUGCACAUUUGCGGCUGAAUGUGCGCUGUGAUGGAUGUGUGAUGUGCACUAAUGGCAGCAUUAUGCAAGCAUCGGGCAUUAAUUUGCUCAUUAUCUGC
(((((((((((......)))))))))))..((((..((((((((((((.(....)))).)))))))))..))))(((((......)))))......... ( -37.90)
>DroEre_CAF1 35773 99 + 1
CGUGCCCAUUUGCGGCUGAAUGUCCGCCGUGAUGGAUAUGCGAUGUGCACUAAUGGCAGCAAUAUGCAAGCAUCGGGCAUUAAUUUGCUCAUUACCUGC
((((.(((.(..((((.(.....).))))..)))).)))).(((((((.(....))).((.....))..)))))(((((......)))))......... ( -30.20)
>DroYak_CAF1 38059 99 + 1
AGUGCUCAUUUGCGGCUGAAUGUCCGCUGUGAUGGAUAUGUGAUGUGCACUAAUGGCAGCAUUAUGCAAGCAUCGGGCAUUAAUUUGCUCAUUAUCUGC
.....((((..(((((.....).)))).)))).(((((...((((((((.(((((....))))))))..)))))(((((......)))))..))))).. ( -29.50)
>consensus
AGUGCACAUUUGCGGCUGAAUGUGCGCUGUGAUGGAUGUGUGAUGUGCACUAAUGGCAGCAUUAUGCAAGCAUCGGGCAUUAAUUUGCUCAUUAUCUGC
(((((((((((......)))))))))))..((((..((((((((((((.(....)))).)))))))))..))))(((((......)))))......... (-27.96 = -30.00 +   2.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:16:58 2006