| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,013,225 – 17,013,318 |
| Length | 93 |
| Max. P | 0.816465 |
| Location | 17,013,225 – 17,013,318 |
|---|---|
| Length | 93 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 100 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.38 |
| Mean single sequence MFE | -34.22 |
| Consensus MFE | -18.62 |
| Energy contribution | -19.43 |
| Covariance contribution | 0.81 |
| Combinations/Pair | 1.15 |
| Mean z-score | -2.42 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 0.67 |
| SVM RNA-class probability | 0.816465 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 17013225 93 - 23771897 -GGGAAAGUG-GGUGGUGUUUUCCAGGGUGGGUUGGCGGUUG-----GUGGGUGGCAGACGCAUUGCGUUUAUUUACUCGCCAGUCAUCAUCUCCAUGAA -......(..-(((((((((..((......))..)))(..((-----((((((((.((((((...))))))..))))))))))..)))))))..)..... ( -32.20) >DroPse_CAF1 8232 83 - 1 -GUGGAUGUG-GGCG---------UGGG---CGUGGUCGUGGU---CGUGGGCAAAAGACGCAGUGCGUCUAUUUACUCGCCGGUCAUCAUCUCCAUGAA -(((((.(((-.(((---------....---)))....(((..---((((((.(((((((((...)))))).))).)))).))..)))))).)))))... ( -28.30) >DroSec_CAF1 2178 93 - 1 UAGGAAAGUG-GGUGGUGUUUUCCAGGG---GGUGGUGGUUGG---AGUGGGUGGCAGACGCAGUGCGUUUAUUUACUCGCCAGUCAUCAUCUCCAUGAA ..(((((..(-.....)..))))).(((---(((((((..(((---...((((((.((((((...))))))..)))))).)))..))))))))))..... ( -36.80) >DroSim_CAF1 2107 92 - 1 GGGGAAAGUG-GGUGGUGUUUUCCAGGG---GGUGGUGGUUGG----GUGGGUGGCAGACGCAGUGCGUUUAUUUACUCGCCAGUCAUCAUCUCCAUGAA ..(((((..(-.....)..))))).(((---(((((((..(((----.(((((((.((((((...))))))..))))))))))..))))))))))..... ( -38.30) >DroYak_CAF1 2122 92 - 1 GG----GGUG-GGUGGUGUUUUCCAGGG---GGUGGUGGGUGGCUGAGUGGGUGGCAGACGCAGUGCGUUUAUUUACUCGCCAGUCAUCAUCUCCAUGAA ..----..((-((........))))(((---((((((((.((((.(((((((((...(((((...)))))))))))))))))).)))))))))))..... ( -41.50) >DroAna_CAF1 1716 84 - 1 -GUGCAAGUGGGGUGGU--------GGG---UGUGGUGUGUGG----GUGGCUGGCAGACGCAGUGCGUUUAUUUACUCGCCGGUCAUCAUCUCCAUGAA -......((((((((((--------((.---..(((((.((((----(((((..((....))...))...))))))).))))).)))))))).))))... ( -28.20) >consensus _GGGAAAGUG_GGUGGUGUUUUCCAGGG___GGUGGUGGUUGG____GUGGGUGGCAGACGCAGUGCGUUUAUUUACUCGCCAGUCAUCAUCUCCAUGAA .........................(((...(((((((..((.....((((((((.((((((...))))))..))))))))))..))))))))))..... (-18.62 = -19.43 + 0.81)
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