Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,012,747 – 17,012,867 |
Length | 120 |
Max. P | 0.900078 |
Location | 17,012,747 – 17,012,867 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.27 |
Mean single sequence MFE | -41.95 |
Consensus MFE | -35.56 |
Energy contribution | -35.20 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.900078 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 17012747 120 + 23771897 CACCUGCCUGAAGGAGAUCCUCAAGGAGCUGGACGACCAGCUGACCGAACAGGAGCUGGACAUUAUGAUCGAGGAGAUCGAUUCCGAUGGCUCCGGUACAGUGGAUUUCGAUGGUGAGUG (((..(((.....(((((((.(..((((((((....))))))..))(.((.(((((....((((..((((((.....))))))..))))))))).)).).).)))))))...)))..))) ( -43.60) >DroVir_CAF1 1991 120 + 1 CACCUGUCUGAAGGAGAUCCUCAAGGAGCUCGACGAUCAGCUGACCGAACAGGAAUUGGACAUCAUGAUCGAGGAAAUCGAUAGCGAUGGCUCCGGUACAGUUGAUUUCGAUGGUGAGUA ((((.(((.....(((.(((....))).)))((.(((((((((.((.....)).((((((((((...(((((.....)))))...))))..)))))).)))))))))))))))))).... ( -41.80) >DroPse_CAF1 7633 120 + 1 CACCUGCCUGAAGGAGAUCCUGAAGGAGCUCGACGAUCAGCUGACCGAUCAGGAACUCAACAUGAUGAUUGAGGAGAUCGAUAGUGAUGGUUCCGGUACAGUGGAUUUCGACGGUGAGUC ((((..(((..(((....)))..))).(.((((.((((.(((((((.....(((((.((.(((....(((((.....))))).))).)))))))))).)))).))))))))))))).... ( -40.30) >DroGri_CAF1 693 119 + 1 CACCUGCUUGAAGGAGAUCCUGAAGGAGCUCGACGAUCAGCUGACCGAACAGGAAUUGGACAUUAUGAUCGAGGAAAUCGAUAGUGAUGGUUCCGGUACAGUUGAUUUCGAUGGUGAGU- ((((.((((..(((....)))....))))((((.(((((((((.((.....)).((((((((((((.(((((.....))))).))))))..)))))).))))))))))))).))))...- ( -44.00) >DroMoj_CAF1 747 119 + 1 CACCUGCCUGAAGGAGAUCCUCAAGGAGCUCGACGAUCAACUGACCGAACAGGAAUUGGACAUUAUGAUCGAGGAAAUCGAUAGCGAUGGUUCCGGUACAGUUGAUUUCGAUGGUGAGU- ((((..(((..(((....)))..)))...((((.(((((((((.((.....)).((((((((((...(((((.....)))))...))))..)))))).))))))))))))).))))...- ( -41.70) >DroPer_CAF1 7288 120 + 1 CACCUGCCUGAAGGAGAUCCUGAAGGAGCUCGACGAUCAGCUGACCGAUCAGGAACUCAACAUGAUGAUUGAGGAGAUCGAUAGUGAUGGUUCCGGUACAGUGGAUUUCGACGGUGAGUC ((((..(((..(((....)))..))).(.((((.((((.(((((((.....(((((.((.(((....(((((.....))))).))).)))))))))).)))).))))))))))))).... ( -40.30) >consensus CACCUGCCUGAAGGAGAUCCUCAAGGAGCUCGACGAUCAGCUGACCGAACAGGAACUGGACAUUAUGAUCGAGGAAAUCGAUAGCGAUGGUUCCGGUACAGUGGAUUUCGAUGGUGAGU_ ((((..(((..(((....)))..)))...((((.((((.(((((((.....(((((....((((...(((((.....)))))...)))))))))))).)))).)))))))).)))).... (-35.56 = -35.20 + -0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:16:27 2006