Locus 6322

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,894,051 – 16,894,171
Length	120
Max. P	0.935778

overview

Window 0

Location	16,894,051 – 16,894,171
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-52.65
Consensus MFE	-25.99
Energy contribution	-26.38
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	1.25
SVM RNA-class probability	0.935778
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16894051 120 + 23771897
AUUGCGAGUGGGCAAUGAAAUGCUGAAGGCAGCUGCCUCCUCGGGAGAAACUCCAGCAAUGGCUGUGGCCUUGGGCGAAGCUACGGCCAAUCCAUUCCGGCCGGAGAGAGCCACAGCGUU
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>DroVir_CAF1 7597 120 + 1
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>DroGri_CAF1 6946 120 + 1
AUUGCGUGAUGGCAGUGUUAUGCUAAACGCAGCAGCUUCUUCUGGCGACACGCCAGCGAUGGCCGUUGCCUUAGGUGAAGCCACCGCCAAUCCAUUGCGUCCAGAGAGCGCAAUCGCAUU
..((((...((((.(((...((((......))))(((((.(((((((((..((((....)))).))))))..))).)))))))).))))....(((((((.......))))))))))).. ( -46.30)
>DroWil_CAF1 6739 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 7822 120 + 1
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>DroAna_CAF1 6088 120 + 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,894,051 – 16,894,171
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-48.23
Consensus MFE	-24.39
Energy contribution	-25.25
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.39
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	1.19
SVM RNA-class probability	0.928951
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16894051 120 - 23771897
AACGCUGUGGCUCUCUCCGGCCGGAAUGGAUUGGCCGUAGCUUCGCCCAAGGCCACAGCCAUUGCUGGAGUUUCUCCCGAGGAGGCAGCUGCCUUCAGCAUUUCAUUGCCCACUCGCAAU
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>DroVir_CAF1 7597 120 - 1
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>DroGri_CAF1 6946 120 - 1
AAUGCGAUUGCGCUCUCUGGACGCAAUGGAUUGGCGGUGGCUUCACCUAAGGCAACGGCCAUCGCUGGCGUGUCGCCAGAAGAAGCUGCUGCGUUUAGCAUAACACUGCCAUCACGCAAU
..((((((((((.((....)))))))).(((.((((((((((((......(((....)))....((((((...))))))..)))))(((((....)))))...)))))))))).)))).. ( -52.20)
>DroWil_CAF1 6739 120 - 1
AAUGCAGUUGCCCUUUCUGGGCGCAAUGGUCUGGCAGUUGCCUCACCCAAGGCCACAGCCAUUGCUGGUGUCUCUCCGGAGGAAGCCGCCGCUUUCAGCAUCUCAUUGCCCACCCGCAAU
..(((....((((.....))))(((((((...(((.(((.((((.....((((..((((....))))..)))).....)))).))).)))((.....))...)))))))......))).. ( -45.10)
>DroMoj_CAF1 7822 120 - 1
AAUGCCGUUGCGCUCUCGGGCCGCAAUGGCCUGGCUGUAGCCUCACCCAAAGCCACGGCCAUUGCGGGCGUUACGCCCGAGGAGGCGGCUGCGUUCAGCAUUACGCUGCCAUCACGCAAC
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>DroAna_CAF1 6088 120 - 1
AAUGCCGUGGCCCUUUCCGGCCGUAAUGGCUUAGCCGUAGCCUCUCCAAAAGCCACUGCCAUUGCCGGAGUCUCACCCGAGGAGGCAGCUGCUUUCAGCAUUUCCUUGCCUUCCAGGAAU
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>consensus
AAUGCCGUUGCCCUCUCUGGCCGCAAUGGCCUGGCCGUAGCCUCACCCAAGGCCACAGCCAUUGCUGGCGUCUCGCCCGAGGAAGCAGCUGCGUUCAGCAUUACACUGCCAUCACGCAAU
...((.((.((..((((.....(((((((.(((......((((......))))..)))))))))).((((...)))).))))..)).)).)).....(((......)))........... (-24.39 = -25.25 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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