Locus 6296

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 16,775,845 – 16,776,023
Length 178
Max. P 0.981727
window10098 window10099 window10100 window10101

overview

Window 8

Location 16,775,845 – 16,775,964
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.11
Mean single sequence MFE -48.88
Consensus MFE -30.94
Energy contribution -30.37
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.833093
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16775845 119 - 23771897
AAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCCGCUGUUCUGGCGGCUGCCAAGAGGGGAUCGAGGAGCUCCCAGGGCUCCAGCGACAGUAACAACAGCACGCGGGUGAGU-AA
.....(((..((((((..((.((((..((....(((((((((.....)))))))))..............((((((.....)))))).))..)))).))..))))))....)))...-.. ( -49.40)
>DroVir_CAF1 24008 119 - 1
AAUGCGACCAGCGCGGCGGUUACCGCAGCUGCUGCGGCGGCUGUGCUGGCGGCUGCCAAGCGUGGAUCACGCUCCUCGCAGGGCUCCAGCGACAGCAACAACAGCACACGGGUGAGU-AA
..(((.((((((((((......)))).)))((((..(..((((((((((.....(((..(((.(((......))).)))..))).))))).)))))..)..)))).....)))..))-). ( -54.00)
>DroGri_CAF1 24716 120 - 1
AAUGCCACAAGUGCAGCAGUUACAGCUGCUGCGGCGGCAGCAGUGCUGGCUGCUGCCAAGCGAGGAUCACGCUCCUCCCAGGGCUCCAGCGAUAGCAACAAUAGCACAAGGGUAGGUCAA
..((((....((((((((((((..((((((((....))))))))..))))))))(((..(.(((((......))))).)..)))....((....)).......))))...))))...... ( -50.00)
>DroWil_CAF1 62886 119 - 1
AAUGCCACAAGUGCAGCUGUGACAGCAGCAGCAGCCGCUGCUGUACUUGCAGCAGCCAAACGUGGUUCACGCUCUUCCCAAGGAUCCAGUGAUAGCAAUAAUAGCACACGGGUAAGU-UA
..((((....((((.((((..(..((((((((....))))))))..)..))))........((...((((.....(((...)))....))))..)).......))))...))))...-.. ( -42.20)
>DroMoj_CAF1 24522 119 - 1
AAUGGAACUAGCGCAGCUGUCACAGCGGCUGCUGCGGCGGCUGUCUUGGCGGCUGCCAAGCGCGGAUCACGCUCGUCACAGGGCUCCAGCGACAGCAACAACAGCACACGGGUGAGU-AG
......(((.((((((((((((..((((((((....))))))))..))))))))))...(((((((....((((......))))))).))).).))........(((....))))))-.. ( -48.30)
>DroAna_CAF1 24691 118 - 1
-AUGCGACAAGUGCUGCUGUGACAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGUUCUGGCGGCUGCCAAAAGGGGAUCACGGAGCUCUCAGGGCUCCAGCGAUAGCAACAACAGCACACGGGUGAGU-AA
-.(((.((..(((.((((((....((....((((((((.((.......)).)))))).............((((((.....)))))).))....))....)))))))))..))..))-). ( -49.40)
>consensus
AAUGCCACAAGUGCAGCUGUGACAGCGGCAGCAGCGGCGGCUGUGCUGGCGGCUGCCAAGCGGGGAUCACGCUCCUCCCAGGGCUCCAGCGACAGCAACAACAGCACACGGGUGAGU_AA
..(((.......((((((((....)))))))).(((((((((((....)))))))))......(((((..(.......)..)).))).))....)))....((.(.....).))...... (-30.94 = -30.37 +  -0.58)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 16,775,884 – 16,775,993
Length 109
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.82
Mean single sequence MFE -40.27
Consensus MFE -26.93
Energy contribution -26.77
Covariance contribution -0.17
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 1.81
SVM RNA-class probability 0.978310
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16775884 109 - 23771897
CCAGUAACACUAGCAGCAUUCACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCCGCUGUUCUGGCGGCUGCCAAGAGGGGAUCGAGGAGCUCCCA
.((((...(((.((((((((..................))))))))))).)))).((.(((.(((((((((.....)))))))))...((.....)).....))).)). ( -38.17)
>DroVir_CAF1 24047 104 - 1
-----AACGUUUCGGAUGCGACCAAUUCGAAUGCGACCAGCGCGGCGGUUACCGCAGCUGCUGCGGCGGCUGUGCUGGCGGCUGCCAAGCGUGGAUCACGCUCCUCGCA
-----.....(((((((.......)))))))(((((...(.(((((.((((.(((((((((....))))))))).)))).)))))).((((((...))))))..))))) ( -48.00)
>DroSec_CAF1 24704 109 - 1
CCAGUAACAGUGGCAGCAUUAACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGGCUGUUCUGGCGGCAGCCAAGAGGGGAUCGAGGAGCUCCCA
((((.((((((.((((((((..................)))))))).((..((((....))))..)).)))))))))).((.((((..((.....))...).))).)). ( -37.27)
>DroEre_CAF1 25123 109 - 1
CCAGUAACAGUAGCAACAUUAACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGGCUGUUCUGGCUGCUGCCAAGAGGGGAUCGAGGAGUUCCCA
.((((.((.((((((..((((..........)))).....)))))).)).)))).(((((((((..(((.....))))))))))))....((((((......)))))). ( -37.70)
>DroMoj_CAF1 24561 101 - 1
-----AUCCACUCC---ACAACCAAUUCGAAUGGAACUAGCGCAGCUGUCACAGCGGCUGCUGCGGCGGCUGUCUUGGCGGCUGCCAAGCGCGGAUCACGCUCGUCACA
-----.((((.((.---...........)).))))....((((((((((....)))))))).))(((((((((....)))))))))..(.(((.....))).)...... ( -41.00)
>DroAna_CAF1 24730 106 - 1
CCAGCAACAUCGCCAGCAGCAACAAUA---AUGCGACAAGUGCUGCUGUGACAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGUUCUGGCGGCUGCCAAAAGGGGAUCACGGAGCUCUCA
..(((..((((.((.((.(((......---.)))......((((((((...))))))))))((((((.((.......)).))))))....)).)))...)..))).... ( -39.50)
>consensus
CCAGUAACAGUACCAGCAUUAACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGGCUGUUCUGGCGGCUGCCAAGAGGGGAUCAAGGAGCUCCCA
.......................................(((((((.((....)).))))).))(((((((((....)))))))))....((((..........)))). (-26.93 = -26.77 +  -0.17)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 16,775,924 – 16,776,023
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.51
Mean single sequence MFE -37.63
Consensus MFE -20.20
Energy contribution -20.82
Covariance contribution 0.62
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824374
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16775924 99 + 23771897
CGGCCGCUGCUGCCGCAGUUACUGCAGCACUUGUAUUAUUGUUAUUGUGAAUGCUGCUAGUGUUACUGGGCGAACUGCGUUGGUUUAGGGUAGGUGGAU
...(((((((((((.((((((((((((((.(..((.((....)).))..).)))))).))))..)))))))(((((.....)))))..)))).)))).. ( -35.10)
>DroSec_CAF1 24744 99 + 1
CCGCCGCUGCUGCCGCAGUUACUGCAGCACUUGUAUUAUUGUUAUUGUUAAUGCUGCCACUGUUACUGGGCGAACUGCGCUGGUUUAGGGUAGGCGGAU
(((((..((((((.(......).))))))...((((((..........))))))((((.(((..((..(((.....)).)..)).)))))))))))).. ( -33.40)
>DroEre_CAF1 25163 99 + 1
CCGCCGCUGCUGCCGCAGUUACUGCAGCACUUGUAUUAUUGUUAUUGUUAAUGUUGCUACUGUUACUGGGCGAACUGCGCUGGUUCAGUGUGGGCGGAU
(((((((.((((((.((((.((.((((((.(..((.((....)).))..).))))))....)).)))))))(((((.....)))))))))).))))).. ( -33.50)
>DroYak_CAF1 24928 99 + 1
CCGCCGCUGCUGCCGCAGUUACAGCAGCACUUGUAUUGUUGUUAUUGUUAAUGCUGCUACUGUUACUGGGCGAACUGCGCUGGUUCAGGGUAGGCGGAU
(((((..(((((((.((((.((((.((((...((((((..........)))))))))).)))).)))))))(((((.....)))))..))))))))).. ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 24601 87 + 1
CCGCCGCAGCAGCCGCUGUGACAGCUGCGCUAGUUCCAUUCGAAUUGGUUGU---GGAGUGGAU---------GCUGCGCUGUGCAAGCGUUGGCGGAU
(((((((((((.(((((.(.(((.....((((((((.....)))))))))))---.)))))).)---------)))))(((.....)))...))))).. ( -40.60)
>DroAna_CAF1 24770 96 + 1
CCGCCGCCGCUGCCGCUGUCACAGCAGCACUUGUCGCAU---UAUUGUUGCUGCUGGCGAUGUUGCUGGGAGAGCUGCGCUGGUUGAGGGUGGGCGGAU
(((((((((.(((.(((.((.((((((((.((((((((.---((....)).))).))))))))))))).)).))).))).))))........))))).. ( -43.90)
>consensus
CCGCCGCUGCUGCCGCAGUUACAGCAGCACUUGUAUUAUUGUUAUUGUUAAUGCUGCUACUGUUACUGGGCGAACUGCGCUGGUUCAGGGUAGGCGGAU
((((((((((....)))))(((.((((((......................))))))..............(((((.....)))))...)))))))).. (-20.20 = -20.82 +   0.62)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 1

Location 16,775,924 – 16,776,023
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.51
Mean single sequence MFE -31.89
Consensus MFE -16.23
Energy contribution -16.65
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 1.90
SVM RNA-class probability 0.981727
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16775924 99 - 23771897
AUCCACCUACCCUAAACCAACGCAGUUCGCCCAGUAACACUAGCAGCAUUCACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCCG
....................(((.(((.(((((((...(((.((((((((..................))))))))))).)))).)))))).))).... ( -27.17)
>DroSec_CAF1 24744 99 - 1
AUCCGCCUACCCUAAACCAGCGCAGUUCGCCCAGUAACAGUGGCAGCAUUAACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGG
..(((((....((.....)).((.(((.(((((((.((....((((((((..................)))))))).)).)))).)))))).))))))) ( -31.97)
>DroEre_CAF1 25163 99 - 1
AUCCGCCCACACUGAACCAGCGCAGUUCGCCCAGUAACAGUAGCAACAUUAACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGG
..(((((....(((...))).((.(((.(((((((.((.((((((..((((..........)))).....)))))).)).)))).)))))).))))))) ( -30.30)
>DroYak_CAF1 24928 99 - 1
AUCCGCCUACCCUGAACCAGCGCAGUUCGCCCAGUAACAGUAGCAGCAUUAACAAUAACAACAAUACAAGUGCUGCUGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGG
..(((((....(((...))).((.(((.(((((((.(((((((((.........................))))))))).)))).)))))).))))))) ( -35.41)
>DroMoj_CAF1 24601 87 - 1
AUCCGCCAACGCUUGCACAGCGCAGC---------AUCCACUCC---ACAACCAAUUCGAAUGGAACUAGCGCAGCUGUCACAGCGGCUGCUGCGGCGG
..(((((...(((.((.....)))))---------.((((.((.---...........)).))))....((((((((((....)))))))).))))))) ( -33.40)
>DroAna_CAF1 24770 96 - 1
AUCCGCCCACCCUCAACCAGCGCAGCUCUCCCAGCAACAUCGCCAGCAGCAACAAUA---AUGCGACAAGUGCUGCUGUGACAGCGGCAGCGGCGGCGG
..(((((.................(((.....)))......(((.(..(((......---.)))..)....((((((((....)))))))))))))))) ( -33.10)
>consensus
AUCCGCCUACCCUAAACCAGCGCAGUUCGCCCAGUAACAGUAGCAGCAUUAACAAUAACAAUAAUACAAGUGCUGCAGUAACUGCGGCAGCAGCGGCGG
..(((((..............((.....)).......................................(((((((.((....)).))))).))))))) (-16.23 = -16.65 +   0.42)

alignment

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