Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,712,651 – 16,712,779 |
Length | 128 |
Max. P | 0.980678 |
Location | 16,712,651 – 16,712,750 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 5 |
Columns | 99 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.31 |
Mean single sequence MFE | -35.55 |
Consensus MFE | -22.82 |
Energy contribution | -24.98 |
Covariance contribution | 2.16 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.37 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.87 |
SVM RNA-class probability | 0.980678 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16712651 99 + 23771897 GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGAGGGUGGUUUGGCCACCACCCGAGUGCAAAUCACGGCUAGCCACCCACCACCCACCACCCACCGCCCACUGAGAAA (((.((((...((((.((((....(((((((......)))))))..)))).))))..((....)).)))).)))......................... ( -34.10) >DroSec_CAF1 19994 95 + 1 GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGAGGGUGGUUUAGCCACCCCUUGAGUGCAAAUCACGGCUAGCCACCCACC----ACCACCCACCGCCCACUGAGAAA (((.((((...((((.(((((((.((((((.....)))))))))..)))).))))..((....)).)))).)----))..................... ( -34.90) >DroSim_CAF1 20928 92 + 1 GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGGGGGUGGUUUAGCCACCCCAUGAGUGCAAAUCACUGCUAGCUACCCAC-------CACCCACCGCCCACUGAGAAA (((.((((..((.(((((.....(((((((.....)))))))...((((.....))))))))))).)))).-------))).................. ( -33.60) >DroEre_CAF1 20038 96 + 1 GUGGGCGGCUAGGCUGGCGCA-AGGGGUGGUUUAGCCACCCC--GAGUGCAAAUCAGGGCUAACCACUCACCACCCACCACCCACCACCCACUGAGAAG (((((.((...((.(((.(((-.(((((((.....)))))))--...)))......(((..............))).))).)).)).)))))....... ( -40.14) >DroYak_CAF1 22065 83 + 1 GUGGGCGGGGAGUCUGCCUCAGAGGGGUGGUUUAGCCAUCCC--GAGUGCAAAUCAGAGCUAACC--------------ACCCACCACCCACUGGGAAA (((((.((..((((((((((...(((((((.....)))))))--))).)).....))).))..))--------------.)))))..(((...)))... ( -35.00) >consensus GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGGGGGUGGUUUAGCCACCCC__GAGUGCAAAUCACGGCUAGCCACCCACC____ACCACCCACCGCCCACUGAGAAA (((.((((...((((.((((...(((((((.....)))))))....)))).))))..((....))...............)))).)))........... (-22.82 = -24.98 + 2.16)
Location | 16,712,651 – 16,712,750 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 5 |
Columns | 99 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.31 |
Mean single sequence MFE | -40.58 |
Consensus MFE | -22.20 |
Energy contribution | -23.76 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.41 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 1.63 |
SVM RNA-class probability | 0.968803 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16712651 99 - 23771897 UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCGGGUGGUGGCCAAACCACCCUCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC .......(((((.(((.(((((.(((((((.(((.((((.(((.(.......).))).)))).)))..))))))).))...))).)))...)))))... ( -41.00) >DroSec_CAF1 19994 95 - 1 UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGU----GGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCAAGGGGUGGCUAAACCACCCUCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC ...((((.(....).))))..((----((((((.((....))..((((.((((....(((((((.....)))))))...)))).))))...)))))))) ( -37.70) >DroSim_CAF1 20928 92 - 1 UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUG-------GUGGGUAGCUAGCAGUGAUUUGCACUCAUGGGGUGGCUAAACCACCCCCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC .............((((((((-------.(((....))).))..((((.((((....(((((((.....)))))))...)))).))))...)))))).. ( -35.60) >DroEre_CAF1 20038 96 - 1 CUUCUCAGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGUGAGUGGUUAGCCCUGAUUUGCACUC--GGGGUGGCUAAACCACCCCU-UGCGCCAGCCUAGCCGCCCAC .......(((((((((((.(((((((((((...((((((.((((((.......))--)))))))))).)))))))..-...)))).))..))))))))) ( -52.10) >DroYak_CAF1 22065 83 - 1 UUUCCCAGUGGGUGGUGGGU--------------GGUUAGCUCUGAUUUGCACUC--GGGAUGGCUAAACCACCCCUCUGAGGCAGACUCCCCGCCCAC .......((((((((.((((--------------((((((((((((.......))--))...)))).))))))))....(((.....))).)))))))) ( -36.50) >consensus UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGU____GGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUC__GGGGUGGCUAAACCACCCCCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC .............((((((...............((....))..((((.((((....(((((((.....)))))))...)))).))))...)))))).. (-22.20 = -23.76 + 1.56)
Location | 16,712,673 – 16,712,779 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.15 |
Mean single sequence MFE | -46.83 |
Consensus MFE | -26.14 |
Energy contribution | -27.42 |
Covariance contribution | 1.28 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.53 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 1.51 |
SVM RNA-class probability | 0.960011 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16712673 106 - 23771897 GGCUUAGCCAUCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCGGGUGGUGGCCAAACCACCCUC ((((.(((((((((.(((.(((.(((((((..((.....))..))))))).))).))))))))))))))))(((.....)))..(((((((......))))))).. ( -56.10) >DroSec_CAF1 20016 102 - 1 GGCUUAGCCAGCCGGCUGGUCAGCGUCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGU----GGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCAAGGGGUGGCUAAACCACCCUC ((((.(((((.(((((((.(((.((((((........)))))).))).))))----..))).)))))))))(((.....)))....(((((((.....))))))). ( -49.20) >DroSim_CAF1 20950 99 - 1 GGCUUAGCCAGCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUG-------GUGGGUAGCUAGCAGUGAUUUGCACUCAUGGGGUGGCUAAACCACCCCC .(((.(((..(((.((((.(((.((((((........)))))).))).))-------)).))).))))))((((.....))))...(((((((.....))))))). ( -47.80) >DroEre_CAF1 20059 104 - 1 GGCUUAGCCAUCCGGCUGGUCAGCGCCCGCUUCUCAGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGUGAGUGGUUAGCCCUGAUUUGCACUC--GGGGUGGCUAAACCACCCCU ......((((((((.(((.(((.((((((((....)))))))).))).)))))))))))(((((((((....))))...)))))--(((((((.....))))))). ( -53.10) >DroYak_CAF1 22087 90 - 1 GGCUUAACCAUCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCCCAGUGGGUGGUGGGU--------------GGUUAGCUCUGAUUUGCACUC--GGGAUGGCUAAACCACCCCU ......((((((((.((((..(((....)))..))))))))))))((((--------------((((((((((((.......))--))...)))).)))))))).. ( -40.30) >DroAna_CAF1 17000 83 - 1 GGCUUAGCC-GCCGGCUGGUCAGCGAGCGCUACUCUGUGGG---------------------UGGUUAGCAGUGAUUUACACUCG-GGGGUGGCAAGAACCCCGUA .(((.((((-(((.((.(((.(((....))))))..)).))---------------------))))))))((((.....))))..-(((((.......)))))... ( -34.50) >consensus GGCUUAGCCAGCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUG_______GUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUC__GGGGUGGCUAAACCACCCCC ((((.((((..((....))(((.(((((((......))))))).)))................))))))))...............(((((((.....))))))). (-26.14 = -27.42 + 1.28)
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