Locus 6263

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,681,893 – 16,682,016
Length	123
Max. P	0.790487

overview

Window 8

Location	16,681,893 – 16,681,989
Length	96
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.08
Mean single sequence MFE	-41.62
Consensus MFE	-34.36
Energy contribution	-34.58
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.59
SVM RNA-class probability	0.790487
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16681893 96 - 23771897
UGGGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGCUGCUCACCACUUUGGACGUGUCGAAG
(((((.((..(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))...))..))))).((((----..(.((.....)))..)))).......... ( -43.40)
>DroSec_CAF1 3599 96 - 1
UGCGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGCUGCUCACCACUUUGGACGUGUCGAAG
...((((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))))))......((......))..----.....)))).)))).((.((....)).)). ( -39.70)
>DroSim_CAF1 3394 96 - 1
UGCGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGCUGCUCACCACUUUGGACGUGUCGAAG
...((((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))))))......((......))..----.....)))).)))).((.((....)).)). ( -39.70)
>DroEre_CAF1 3870 96 - 1
UGGGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGGGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGUUGCUCACCACUUUGGAAGUGUCAAAU
(((((.((..(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))...))..))))).((((----..((........))..)))).......... ( -44.00)
>DroYak_CAF1 3163 96 - 1
UGGGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACGGAACCCAAUCCA----CUGUGGCUCACCACUUUGGAAGUGUCAAAG
(((((.(...(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))...)...))))).((((----..((((....))))..)))).......... ( -48.60)
>DroAna_CAF1 1134 99 - 1
UGCGUGGGCGUGGCCGUGGACUCGCUGGAAGCCAGAGGUGCCAUCGUCAUAAUAGAGCCCAGUCCGGCAGCAGCUGU-GCCCACUUUGGUGGUAUCGAAG
...(((((((..((((((((((..((((...)))).))).))).))..........(((......)))....))..)-))))))((((((...)))))). ( -34.30)
>consensus
UGCGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA____CUGCUGCUCACCACUUUGGACGUGUCGAAG
...((((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))))))......((......))...........)))).))))(((((.....))))). (-34.36 = -34.58 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	16,681,916 – 16,682,016
Length	100
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.24
Mean single sequence MFE	-45.45
Consensus MFE	-34.45
Energy contribution	-35.32
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-2.65
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.17
SVM RNA-class probability	0.614886
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16681916 100 - 23771897
GAUCCUGCAGCAACCUCCGUCAGUUGUUGGGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGCUGC
......((((((((........)))(((((((.((..(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))...))..)))))))...----..))))) ( -49.50)
>DroSec_CAF1 3622 100 - 1
GAUCCUGCAGCAAUCUCCGUCAGUUGUUGCGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGCUGC
......((((((.(((((((........))).)))).(((((((((.((((((((...)))))))).))))))))).................----.)))))) ( -44.40)
>DroSim_CAF1 3417 100 - 1
GAUCCUGCAGCAAUCUCCGUCAGUUGUUGCGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGCUGC
......((((((.(((((((........))).)))).(((((((((.((((((((...)))))))).))))))))).................----.)))))) ( -44.40)
>DroEre_CAF1 3893 100 - 1
GAUCCUACAGCAACCUCCGACAGUUGUUGGGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGGGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA----CUGUUGC
.................(((((((.(((((((.((..(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))...))..)))))))..)----)))))). ( -50.10)
>DroYak_CAF1 3186 100 - 1
GAUCCUACAGCUACCUCCGUCAGUUGUUGGGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACGGAACCCAAUCCA----CUGUGGC
................(((.((((.(((((((.(...(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))...)...)))))))..)----)))))). ( -46.60)
>DroAna_CAF1 1156 101 - 1
GUUCCCC---CCAUCUCCGUUAGCUGUUGCGUGGGCGUGGCCGUGGACUCGCUGGAAGCCAGAGGUGCCAUCGUCAUAAUAGAGCCCAGUCCGGCAGCAGCUGU
.......---..........((((((((((.((((((((((.(((((((..((((...)))).))).)))).)))))....(....).))))))))))))))). ( -37.70)
>consensus
GAUCCUGCAGCAACCUCCGUCAGUUGUUGCGUGGGAGUGGCCGUGGAUUCGCUGGAGGCCAGCGGAGCCAUGGCCAAAACCGAACCCAAUCCA____CUGCUGC
..((((((.(((((........)))))...)))))).(((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))............................ (-34.45 = -35.32 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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