Locus 6247

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,615,729 – 16,615,846
Length	117
Max. P	0.992496

overview

Window 8

Location	16,615,729 – 16,615,846
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.95
Mean single sequence MFE	-37.78
Consensus MFE	-30.82
Energy contribution	-30.90
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.02
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.647124
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16615729 117 + 23771897
GCUGUACAUCACCGAGUGCACGCAGUAGUUCAUCACGAUGAACCAGCGGGCAGAGCUGGUAUAUUCCGUAUAGCUGAACCACGAGUAGAUCAGCACGGUGAUGUGGUGAUACCUGU---G
....((((((((((..(((.(((....((((((....))))))..))).)))..((((((.(((((.((...........))))))).)))))).))))))))))...........---. ( -39.90)
>DroVir_CAF1 407 111 + 1
GCUGUACAUCACCGAAUGCACACAGUAGUUCAUCACAAUGAACCAGCGUGCGGAACUAGUGUAUUCCGUAUAGCUGAACCACGAGUAGAUUAGCACCGUAAUGUGAUGAUA---------
(((((.(((......)))...)))))...((((((((......((((((((((((........)))))))).))))....(((.((........)))))..))))))))..--------- ( -30.90)
>DroGri_CAF1 391 111 + 1
GCUGUACAUCACCGAGUGCACACAGUAGUUCAUCACAAUGAACCAGCGCGCCGAACUGGUGUAUUCGGUGUAGCUGAACCACGAGUAGAUCAGCACAGUGAUGUGAUGAUA---------
(((((....((((((((((((.((((.((((((....))))))...((...)).))))))))))))))))..(((((.(........).))))))))))............--------- ( -38.20)
>DroWil_CAF1 56776 111 + 1
GGAGUACAUCACGGAAUGCACACAGUAGUUCAUCACAAUGAACCAGCGCGCCGAGCUGGUGUAUUCGGUGUAGCUGAACCACGAGUAGAUCAGCACGGUGAUGUGAUGAUA---------
......(((((((...........((.((((((....))))))..)).(((((.((((((.((((((..((......))..)))))).)))))).))))).)))))))...--------- ( -40.10)
>DroMoj_CAF1 404 111 + 1
GCUGUACAUCACAGAGUGCACACAGUAGUUCAUCACAAUGAACCAGCGGGCGGAACUAGUGUAUUCGGUGUAGCUGAACCACGAGUAGAUCAGCACAGUGAUGUGAUGAUA---------
....((((((((.((((((((...((.((((((....))))))..))((......)).))))))))..(((.(((((.(........).))))))))))))))))......--------- ( -34.10)
>DroAna_CAF1 407 120 + 1
GCUGUACAUCACCGAGUGGACGCAGUAGUUCAUCACGAUGAACCAGCGUGCCGAGCUGGUGUACUCCGUGUAGCUGAACCACGAGUAGAUCAGCACAGUGAUGUGAUGGUACCUGUUUCG
((((((((((((.(..(((((((....((((((....))))))..)))).))).((((((.(((((.(((.........)))))))).)))))).).))))))).))))).......... ( -43.50)
>consensus
GCUGUACAUCACCGAGUGCACACAGUAGUUCAUCACAAUGAACCAGCGCGCCGAACUGGUGUAUUCCGUGUAGCUGAACCACGAGUAGAUCAGCACAGUGAUGUGAUGAUA_________
....((((((((.((((((((.((((.((((((....))))))..(....)...))))))))))))......(((((.(........).)))))...))))))))............... (-30.82 = -30.90 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	16,615,729 – 16,615,846
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.95
Mean single sequence MFE	-37.87
Consensus MFE	-34.14
Energy contribution	-34.37
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.65
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.33
SVM RNA-class probability	0.992496
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16615729 117 - 23771897
C---ACAGGUAUCACCACAUCACCGUGCUGAUCUACUCGUGGUUCAGCUAUACGGAAUAUACCAGCUCUGCCCGCUGGUUCAUCGUGAUGAACUACUGCGUGCACUCGGUGAUGUACAGC
.---...((.....))(((((((((.(((((.(((....))).))))).....((......)).....(((.(((((((((((....))))))))..))).)))..)))))))))..... ( -40.70)
>DroVir_CAF1 407 111 - 1
---------UAUCAUCACAUUACGGUGCUAAUCUACUCGUGGUUCAGCUAUACGGAAUACACUAGUUCCGCACGCUGGUUCAUUGUGAUGAACUACUGUGUGCAUUCGGUGAUGUACAGC
---------...(((((((((((((((......))).))))))..........(((((......)))))((((((((((((((....))))))))..)))))).....))))))...... ( -34.30)
>DroGri_CAF1 391 111 - 1
---------UAUCAUCACAUCACUGUGCUGAUCUACUCGUGGUUCAGCUACACCGAAUACACCAGUUCGGCGCGCUGGUUCAUUGUGAUGAACUACUGUGUGCACUCGGUGAUGUACAGC
---------.......(((((((((.(((((.(((....))).))))).....(((((......)))))((((((((((((((....))))))))..))))))...)))))))))..... ( -41.10)
>DroWil_CAF1 56776 111 - 1
---------UAUCAUCACAUCACCGUGCUGAUCUACUCGUGGUUCAGCUACACCGAAUACACCAGCUCGGCGCGCUGGUUCAUUGUGAUGAACUACUGUGUGCAUUCCGUGAUGUACUCC
---------.......(((((((((.((((...((.(((..((......))..))).))...)))).))((((((((((((((....))))))))..)))))).....)))))))..... ( -36.40)
>DroMoj_CAF1 404 111 - 1
---------UAUCAUCACAUCACUGUGCUGAUCUACUCGUGGUUCAGCUACACCGAAUACACUAGUUCCGCCCGCUGGUUCAUUGUGAUGAACUACUGUGUGCACUCUGUGAUGUACAGC
---------.......(((((((((((((((.(((....))).))))).)))..((((......)))).((.(((((((((((....))))))))..))).)).....)))))))..... ( -32.60)
>DroAna_CAF1 407 120 - 1
CGAAACAGGUACCAUCACAUCACUGUGCUGAUCUACUCGUGGUUCAGCUACACGGAGUACACCAGCUCGGCACGCUGGUUCAUCGUGAUGAACUACUGCGUCCACUCGGUGAUGUACAGC
........((((.(((((.....((((((((.(((....))).))))).)))((((((......))))((.((((((((((((....))))))))..))))))...)))))))))))... ( -42.10)
>consensus
_________UAUCAUCACAUCACUGUGCUGAUCUACUCGUGGUUCAGCUACACCGAAUACACCAGCUCGGCACGCUGGUUCAUUGUGAUGAACUACUGUGUGCACUCGGUGAUGUACAGC
................(((((((.(((((((.(((....))).))))).))..(((((......)))))((((((((((((((....))))))))..)))))).....)))))))..... (-34.14 = -34.37 +   0.23)

alignment

secondary structure

dotplot

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