Locus 6194

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 16,416,634 – 16,416,748
Length 114
Max. P 0.766166
window9947

overview

Window 7

Location 16,416,634 – 16,416,748
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.49
Mean single sequence MFE -47.68
Consensus MFE -38.53
Energy contribution -39.28
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.766166
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16416634 114 + 23771897
AUUUACGGAUAUUCCGCUUCACGGUCUCAAUAUCCGCCCGGGUUUUGGCCGA------AGUCAAACCCGGCUUGGGAUUGGGAUUGGAGCGGGGUUGCUCUUGGAAGUAAGUCCGUGCGC
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>DroSec_CAF1 29252 114 + 1
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>DroSim_CAF1 29369 114 + 1
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>DroEre_CAF1 30715 114 + 1
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>DroYak_CAF1 29697 114 + 1
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>DroAna_CAF1 28318 120 + 1
ACUUCCUAAUGUUCCGCUUCACAGUCUCGAUGUCCGCCCGGGUCUUGGCCGACUGGCCGGUGAGGCUGGGAUUGGGAUUCGGCUGGGAACGGGGUGACUCCUGGAAGUAGGUGCGUGCCC
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>consensus
AUUUACGGAUAUUCCUCUUCACGGUCUCAAUAUCCGCCCGGGUUUUGGCCGA______AGUCAAACCGGGCUUGGGAUUGGGAUUGGAGCGGGGUUGCUCCUGGAAGUAAGUCCGUGCGC
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alignment

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secondary structure

Postscript

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