Locus 6187

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,388,259 – 16,388,354
Length	95
Max. P	0.995470

overview

Window 5

Location	16,388,259 – 16,388,354
Length	95
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.51
Mean single sequence MFE	-26.33
Consensus MFE	-13.62
Energy contribution	-13.65
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984544
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16388259 95 + 23771897
UGAGGCCUUG--UUUACGC--UU-AAAUGCAAAACAAAUUAAUUAAACAAUUAGUG-------CGAUCGUGCCCGGGC------CCG-UGUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAAAU
.........(--(((((((--..-....))......(((((((((((((((((.((-------((.(((....)))..------.))-))))))))))))))))))).)))))) ( -23.60)
>DroVir_CAF1 3676 103 + 1
UGAGGCCAUGGGCUUGGGU--UCAAUAUGCAAAACAAAUUAAUUAAACAAUUAGUG-------UGGGCGUGGGCGUGGGCGUUGGCG-CGUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAA-U
((((.(((......))).)--))).........((.((((((((((((((((((((-------(.(((((........))))).)))-).))))))))))))))))).))..-. ( -35.50)
>DroPse_CAF1 4690 102 + 1
UGAGGCCUUG--UUUACGC--UU-AAAUGCAAAACAAAUUAAUUAAAAAAUUAGUGGGCGACGCGGGCGGACCCGGAC------ACG-UGUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAAAU
.........(--(((((((--..-....))......(((((((((((.(((((((((....).((((....))))..)------)).-..))))).))))))))))).)))))) ( -22.20)
>DroGri_CAF1 3444 94 + 1
UGAGGCCAUG--CUAGGGU--UCGACAUGCAAAACAAAUUAAUUAAACAAUUAGUG-------UGAGCG-GGGCGUGU------GCG-CGUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAA-U
.(((.((...--...)).)--))..........((.((((((((((((((((((((-------((.(((-...))).)------)))-).))))))))))))))))).))..-. ( -27.30)
>DroWil_CAF1 3277 94 + 1
UGAGGCCUUU--AUUAAG----A-AAUUGCAAAACAAAUUAAUUAAAUAAUUAAUG-------UGGGCGUGUCUCUCA------ACGCCUUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAAAU
..........--......----.-.........((.(((((((((((((((((...-------.((((((........------))))))))))))))))))))))).)).... ( -23.00)
>DroMoj_CAF1 3476 98 + 1
UGAUGCCAUAU-UUUGGGUUUUCGAUAUGCAAAACAAAUUAAUUAAACAAUUAGUU-------CGGGCGUGGGCGUGG------ACG-CAUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAA-U
.((.(((....-....)))..))..........((.((((((((((((((((((((-------((.((....)).)))------)).-..))))))))))))))))).))..-. ( -26.40)
>consensus
UGAGGCCAUG__UUUAGGU__UC_AAAUGCAAAACAAAUUAAUUAAACAAUUAGUG_______CGGGCGUGGCCGUGC______ACG_CGUAAUUGUUUAAUUAAUUCGUAA_U
.................................((.(((((((((((((((((.............(((....)))..............))))))))))))))))).)).... (-13.62 = -13.65 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	16,388,259 – 16,388,354
Length	95
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.51
Mean single sequence MFE	-22.58
Consensus MFE	-14.07
Energy contribution	-14.73
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.35
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	2.58
SVM RNA-class probability	0.995470
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16388259 95 - 23771897
AUUUACGAAUUAAUUAAACAAUUACA-CGG------GCCCGGGCACGAUCG-------CACUAAUUGUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAUUU-AA--GCGUAAA--CAAGGCCUCA
....((((((((((((((((((((..-((.------...)).((......)-------)..))))))))))))))))))))(((((....-..--..)))))--.......... ( -23.00)
>DroVir_CAF1 3676 103 - 1
A-UUACGAAUUAAUUAAACAAUUACG-CGCCAACGCCCACGCCCACGCCCA-------CACUAAUUGUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAUAUUGA--ACCCAAGCCCAUGGCCUCA
.-..((((((((((((((((((((.(-((....)))....((....))...-------...)))))))))))))))))))).........(((--..(((......)))..))) ( -23.90)
>DroPse_CAF1 4690 102 - 1
AUUUACGAAUUAAUUAAACAAUUACA-CGU------GUCCGGGUCCGCCCGCGUCGCCCACUAAUUUUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAUUU-AA--GCGUAAA--CAAGGCCUCA
....((((((((((((((.(((((..-.((------(.(((((....)))).).)))....))))).))))))))))))))(((((....-..--..)))))--.......... ( -25.10)
>DroGri_CAF1 3444 94 - 1
A-UUACGAAUUAAUUAAACAAUUACG-CGC------ACACGCCC-CGCUCA-------CACUAAUUGUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAUGUCGA--ACCCUAG--CAUGGCCUCA
.-..((((((((((((((((((((.(-((.------...)))..-.(....-------)..))))))))))))))))))))....(((((...--......)--))))...... ( -21.90)
>DroWil_CAF1 3277 94 - 1
AUUUACGAAUUAAUUAAACAAUUAAGGCGU------UGAGAGACACGCCCA-------CAUUAAUUAUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAAUU-U----CUUAAU--AAAGGCCUCA
....((((((((((((((.(((((((((((------........)))))..-------..)))))).)))))))))))))).........-.----......--.......... ( -20.00)
>DroMoj_CAF1 3476 98 - 1
A-UUACGAAUUAAUUAAACAAUUAUG-CGU------CCACGCCCACGCCCG-------AACUAAUUGUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAUAUCGAAAACCCAAA-AUAUGGCAUCA
.-..((((((((((((((((((((.(-(((------........))))...-------...))))))))))))))))))))..(((((((............-)))).)))... ( -21.60)
>consensus
A_UUACGAAUUAAUUAAACAAUUACG_CGU______CCACGCCCACGCCCA_______CACUAAUUGUUUAAUUAAUUUGUUUUGCAUUU_GA__ACCCAAA__CAAGGCCUCA
....((((((((((((((((((((...............((....))..............))))))))))))))))))))................................. (-14.07 = -14.73 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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