Locus 6186

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,386,734 – 16,386,894
Length	160
Max. P	0.924849

overview

Window 1

Location	16,386,734 – 16,386,854
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.11
Mean single sequence MFE	-44.22
Consensus MFE	-29.40
Energy contribution	-30.18
Covariance contribution	0.79
Combinations/Pair	1.46
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924849
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16386734 120 + 23771897
GCACAUCGUUAAAACAGCAACCCUGAGCAGCAGUUUGGAUUGCACUUCCUUCAGCGAACUAAGUGUCAUGGCCACUCCGAUUCUCCGCGUGGCCAUCGAACCCGUUCAACCGCAGGACAU
................((((.((.((((....)))))).))))...((((...(((...........((((((((..((......)).)))))))).(((....)))...)))))))... ( -30.50)
>DroVir_CAF1 1506 120 + 1
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......((((..(.((((..(((((.(((((......).))))..(((((((((....))))))...((((((((((.(.....).)))))))))).))).)))))..)))))..)))). ( -55.00)
>DroGri_CAF1 1593 120 + 1
GCACGUCGUGAAGACGGCAACGCUGAGCAGCAGCUUGGACUGCACCUCGUUCAGUGAACUGAGCAUUAUGGCCACGCCCAUCUUGAGGGUGGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCACAGGAUAU
((.((((.....))))))...((((.....)))).(((.(((((((((((((((....))))))...((((((((.(((.....).)))))))))).)))...)))))))))........ ( -53.80)
>DroWil_CAF1 1689 120 + 1
GUCCAUUGUCAAGACGGCAACAUUGAGUAGUACAUUGGCUUGCUCAUCUUUCAGUGAACUAAGCAUUAUGGCCACGCCCAUUUUGCGUGUGGCCAUUGAACCGGAGCUUCCCCAAGAUAU
((.(((((..((((.(....)..((((((((......)).)))))))))).))))).))........((((((((((.(.....).))))))))))......((.....))......... ( -32.60)
>DroMoj_CAF1 1591 120 + 1
GCACAUAGUGAAGACAGCCACACUGAGCAGCACGCUGGACUGCACCUCGUUCAGCGAGCUGAGCAUCAUGGCUACGCCUAUACUGCGUGUUGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCGCAGGACAU
....((((.(.....(((((...((..((((.((((((((........)))))))).))))..))...)))))...))))).(((((.(((((.((((...))))))))))))))..... ( -47.10)
>DroAna_CAF1 2006 120 + 1
UCACAUCGUGAAAACAGCCACUCUUAGUAGCAGCUUGGAUUGCACCUCCUUCAGUGAGCUGAGCAUCAUGGCCACCCCCAUUCUCCGGGUGGCCAUUGAGCCGGUGCAGCCGCAGGAUAU
....(((.((......((.((.....)).)).....((.(((((((....((((....))))((.((((((((((((.........))))))))).))))).))))))))).)).))).. ( -46.30)
>consensus
GCACAUCGUGAAGACAGCAACACUGAGCAGCACCUUGGACUGCACCUCGUUCAGUGAACUGAGCAUCAUGGCCACGCCCAUUCUGCGCGUGGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCGCAGGAUAU
((.((..(((........)))..)).)).....(((((.((((((.....((((....))))((.((((((((((((.(.....).)))))))))).))))..)))))).).)))).... (-29.40 = -30.18 +   0.79)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	16,386,734 – 16,386,854
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.11
Mean single sequence MFE	-47.20
Consensus MFE	-30.39
Energy contribution	-30.50
Covariance contribution	0.11
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.98
SVM RNA-class probability	0.894445
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16386734 120 - 23771897
AUGUCCUGCGGUUGAACGGGUUCGAUGGCCACGCGGAGAAUCGGAGUGGCCAUGACACUUAGUUCGCUGAAGGAAGUGCAAUCCAAACUGCUGCUCAGGGUUGCUGUUUUAACGAUGUGC
...((((.((((.((((((((((.((((((((.(.(.....).).)))))))))).)))).)))))))).))))...(((((((.............)))))))................ ( -40.52)
>DroVir_CAF1 1506 120 - 1
AUAUCCUGCGGCUGCACUGGCUCAAUGGCCACGCGCAAUAUGGGCGUGGCCAUGAUGCUCAGUUCACUGAACGAGGUGCAGUCCAGGGUGCUGCUCAGUGUCGCCGUCUUGACAAUGUGC
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>DroGri_CAF1 1593 120 - 1
AUAUCCUGUGGCUGCACUGGCUCAAUGGCCACCCUCAAGAUGGGCGUGGCCAUAAUGCUCAGUUCACUGAACGAGGUGCAGUCCAAGCUGCUGCUCAGCGUUGCCGUCUUCACGACGUGC
......((.(((((((((.((...(((((((((((......))).))))))))...))((((....))))....))))))))))).((((.....))))...((((((.....)))).)) ( -48.90)
>DroWil_CAF1 1689 120 - 1
AUAUCUUGGGGAAGCUCCGGUUCAAUGGCCACACGCAAAAUGGGCGUGGCCAUAAUGCUUAGUUCACUGAAAGAUGAGCAAGCCAAUGUACUACUCAAUGUUGCCGUCUUGACAAUGGAC
.......((((...))))(((...((((((((.(.(.....).).))))))))...)))..(((((.((.((((((.((((..((.((.......)).))))))))))))..)).))))) ( -35.30)
>DroMoj_CAF1 1591 120 - 1
AUGUCCUGCGGCUGCACUGGCUCAAUGGCAACACGCAGUAUAGGCGUAGCCAUGAUGCUCAGCUCGCUGAACGAGGUGCAGUCCAGCGUGCUGCUCAGUGUGGCUGUCUUCACUAUGUGC
.......(((((..(((((((...(((((...((((.......)))).)))))...)).((((.(((((.((........)).))))).))))..)))))..)))))............. ( -48.70)
>DroAna_CAF1 2006 120 - 1
AUAUCCUGCGGCUGCACCGGCUCAAUGGCCACCCGGAGAAUGGGGGUGGCCAUGAUGCUCAGCUCACUGAAGGAGGUGCAAUCCAAGCUGCUACUAAGAGUGGCUGUUUUCACGAUGUGA
(((((.((.((.((((((.((...((((((((((.........))))))))))...))((((....))))....))))))..))((((.(((((.....))))).)))).)).))))).. ( -49.50)
>consensus
AUAUCCUGCGGCUGCACUGGCUCAAUGGCCACACGCAAAAUGGGCGUGGCCAUGAUGCUCAGUUCACUGAACGAGGUGCAAUCCAAGCUGCUGCUCAGUGUUGCCGUCUUCACGAUGUGC
......((.(((((((((.((...((((((((.(.(.....).).))))))))...))((((....))))....)))))))))))..............((((......))))....... (-30.39 = -30.50 +   0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	16,386,774 – 16,386,894
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.50
Mean single sequence MFE	-43.97
Consensus MFE	-26.65
Energy contribution	-27.07
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.514323
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16386774 120 + 23771897
UGCACUUCCUUCAGCGAACUAAGUGUCAUGGCCACUCCGAUUCUCCGCGUGGCCAUCGAACCCGUUCAACCGCAGGACAUGCCCAAACUGGUGAAGGGAUUGAAGCUUCUGAACCAAGCA
..((.((((((((.(((((...((.((((((((((..((......)).)))))))).))))..))))....(((.....))).......).)))))))).))..((((.......)))). ( -37.30)
>DroVir_CAF1 1546 120 + 1
UGCACCUCGUUCAGUGAACUGAGCAUCAUGGCCACGCCCAUAUUGCGCGUGGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCGCAGGAUAUGCCCAAGCUGGUCAAAGGACUCAAGCUGCUCAAUCAGGCG
((((((((((((((....))))))...((((((((((.(.....).)))))))))).)))...)))))((((((.....)))...((((((((....))))..)))).........))). ( -51.70)
>DroGri_CAF1 1633 120 + 1
UGCACCUCGUUCAGUGAACUGAGCAUUAUGGCCACGCCCAUCUUGAGGGUGGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCACAGGAUAUGCCCAAGUUGGUCAAGGGACUCAAGCUGCUCAAUCAGGCA
((((((((((((((....))))))...((((((((.(((.....).)))))))))).)))...)))))(((...((......)).((((((((....))))..)))).........))). ( -45.40)
>DroWil_CAF1 1729 120 + 1
UGCUCAUCUUUCAGUGAACUAAGCAUUAUGGCCACGCCCAUUUUGCGUGUGGCCAUUGAACCGGAGCUUCCCCAAGAUAUGCCCAAACUAAUCAAGGGACUGAAGCUGCUCAAUCAGGCG
...((((......)))).....((....(((((((((.(.....).)))))))))((((...(.(((((((((..(((............)))..)))...)))))).)....)))))). ( -33.50)
>DroMoj_CAF1 1631 120 + 1
UGCACCUCGUUCAGCGAGCUGAGCAUCAUGGCUACGCCUAUACUGCGUGUUGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCGCAGGACAUGCCGAAGCUGGUGAAGGGACUGAAGCUGCUCAACCAAGCG
.((..(((((((((....))))))...(((((.(((((......).)))).))))).)))...(.(((((..(((..(.(((((....)))))...)..)))..))))).)......)). ( -42.90)
>DroAna_CAF1 2046 120 + 1
UGCACCUCCUUCAGUGAGCUGAGCAUCAUGGCCACCCCCAUUCUCCGGGUGGCCAUUGAGCCGGUGCAGCCGCAGGAUAUGCCCAAGCUGGUUAAGGGCUUGAAACUGCUCAACCAGGCG
((((((....((((....))))((.((((((((((((.........))))))))).))))).))))))((((((.....)))......(((((..((((........)))))))))))). ( -53.00)
>consensus
UGCACCUCGUUCAGUGAACUGAGCAUCAUGGCCACGCCCAUUCUGCGCGUGGCCAUUGAGCCAGUGCAGCCGCAGGAUAUGCCCAAGCUGGUCAAGGGACUGAAGCUGCUCAACCAGGCG
.............((....((((((((((((((((((.(.....).)))))))))).))((((((......(((.....)))....))))))..............)))))).....)). (-26.65 = -27.07 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	16,386,774 – 16,386,894
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.50
Mean single sequence MFE	-46.00
Consensus MFE	-31.43
Energy contribution	-31.63
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.597420
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16386774 120 - 23771897
UGCUUGGUUCAGAAGCUUCAAUCCCUUCACCAGUUUGGGCAUGUCCUGCGGUUGAACGGGUUCGAUGGCCACGCGGAGAAUCGGAGUGGCCAUGACACUUAGUUCGCUGAAGGAAGUGCA
...(((((...((((.........))))))))).....((((.((((.((((.((((((((((.((((((((.(.(.....).).)))))))))).)))).)))))))).)))).)))). ( -42.80)
>DroVir_CAF1 1546 120 - 1
CGCCUGAUUGAGCAGCUUGAGUCCUUUGACCAGCUUGGGCAUAUCCUGCGGCUGCACUGGCUCAAUGGCCACGCGCAAUAUGGGCGUGGCCAUGAUGCUCAGUUCACUGAACGAGGUGCA
(((((...((((((...((((.((..((..(((((((((.....)))).)))))))..))))))((((((((((.(.....).))))))))))..))))))((((...)))).))))).. ( -52.50)
>DroGri_CAF1 1633 120 - 1
UGCCUGAUUGAGCAGCUUGAGUCCCUUGACCAACUUGGGCAUAUCCUGUGGCUGCACUGGCUCAAUGGCCACCCUCAAGAUGGGCGUGGCCAUAAUGCUCAGUUCACUGAACGAGGUGCA
.((((...(((((((((..(((..........)))..)))......((((((..(..(((((....)))))(((.......))).)..)))))).))))))((((...)))).))))... ( -45.30)
>DroWil_CAF1 1729 120 - 1
CGCCUGAUUGAGCAGCUUCAGUCCCUUGAUUAGUUUGGGCAUAUCUUGGGGAAGCUCCGGUUCAAUGGCCACACGCAAAAUGGGCGUGGCCAUAAUGCUUAGUUCACUGAAAGAUGAGCA
........(((((((((((...(((..(((..((....))..)))..)))))))).........((((((((.(.(.....).).))))))))..))))))(((((.(....).))))). ( -40.50)
>DroMoj_CAF1 1631 120 - 1
CGCUUGGUUGAGCAGCUUCAGUCCCUUCACCAGCUUCGGCAUGUCCUGCGGCUGCACUGGCUCAAUGGCAACACGCAGUAUAGGCGUAGCCAUGAUGCUCAGCUCGCUGAACGAGGUGCA
(((((.(((.(((((((..(((....(((...((....)).........((((((.((.(((...((....))...)))...)).)))))).))).))).)))).))).))).))))).. ( -42.30)
>DroAna_CAF1 2046 120 - 1
CGCCUGGUUGAGCAGUUUCAAGCCCUUAACCAGCUUGGGCAUAUCCUGCGGCUGCACCGGCUCAAUGGCCACCCGGAGAAUGGGGGUGGCCAUGAUGCUCAGCUCACUGAAGGAGGUGCA
.(((((((((((..((.....)).))))))))((..(((....))).))))).(((((.((...((((((((((.........))))))))))...))((((....))))....))))). ( -52.60)
>consensus
CGCCUGAUUGAGCAGCUUCAGUCCCUUGACCAGCUUGGGCAUAUCCUGCGGCUGCACUGGCUCAAUGGCCACACGCAAAAUGGGCGUGGCCAUGAUGCUCAGUUCACUGAACGAGGUGCA
.(((((((((((..((....))..))))))))......(((.....)))))).(((((.((...((((((((.(.(.....).).))))))))...))((((....))))....))))). (-31.43 = -31.63 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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