Locus 6114

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,211,111 – 16,211,271
Length	160
Max. P	0.905140

overview

Window 0

Location	16,211,111 – 16,211,231
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.17
Mean single sequence MFE	-29.12
Consensus MFE	-26.32
Energy contribution	-26.12
Covariance contribution	-0.20
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.04
SVM RNA-class probability	0.905140
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16211111 120 + 23771897
GCAUUGGCCCAGUUAGCUGUGCGGUAUAUUACCUUCCUUUUGGCUGCUCGACUGCGCUUAGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCGCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGAC
((...(((.((((((((...((((((...))))...(....))).))).))))).)))((((((((((.....)))))))))).....))((((((((((((...))))))..)))))). ( -30.80)
>DroSec_CAF1 29881 120 + 1
GCAUUGGCCCAGUUAGCUGUGCGGUCUAUUACCUUCCUUUUGGCUGCUCGACUGCGCUUGGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGAC
(((((..((.((((((.((.((((((...............)))))).)).))).))).))....)))))....................((((((((((((...))))))..)))))). ( -29.56)
>DroSim_CAF1 31753 120 + 1
GCAUUGGCCCAGUUAGCUGUGCGGUCUAUUACCUUCCUUUUGGCUGCUCGACUGCGCUUGGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGAC
(((((..((.((((((.((.((((((...............)))))).)).))).))).))....)))))....................((((((((((((...))))))..)))))). ( -29.56)
>DroEre_CAF1 29367 120 + 1
GCAUUGGCCCAGUUAGCAAUGCGGUCUAUUACCUUCCUUUUGGCUGCUCGACUGCGUUUGGAAUAAAUGUUUUGUUUAUUUUAUUUUUCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGAC
.....(((.(((((((((....(((.....)))..((....)).)))).))))).)))((((((((((.....)))))))))).......((((((((((((...))))))..)))))). ( -26.10)
>DroYak_CAF1 66475 119 + 1
GCAUUGGGCCAGUUAGCUGUGCGGUCUAUUACCUUCCU-UUGGCUGCUCGACUGCGUUUGGAAUAAAUGUUUUGUUUAUUUUAUUUUUCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGAC
(((((((((.((((((..(...(((.....)))..)..-)))))))))))).)))...((((((((((.....)))))))))).......((((((((((((...))))))..)))))). ( -29.60)
>consensus
GCAUUGGCCCAGUUAGCUGUGCGGUCUAUUACCUUCCUUUUGGCUGCUCGACUGCGCUUGGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGAC
.....(((.((((((((...(((((.....)))...(....))).))).))))).)))((((((((((.....)))))))))).......((((((((((((...))))))..)))))). (-26.32 = -26.12 +  -0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,211,151 – 16,211,271
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.45
Mean single sequence MFE	-32.32
Consensus MFE	-26.04
Energy contribution	-26.72
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.92
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.80
SVM RNA-class probability	0.855040
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16211151 120 + 23771897
UGGCUGCUCGACUGCGCUUAGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCGCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGACGGUCCAGGCACGUAGUUUGUUCGUAGCUCGUUAUUCCCGA
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>DroSec_CAF1 29921 118 + 1
UGGCUGCUCGACUGCGCUUGGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGACGGUCCAGUCACGUAGUUUGCUC--AGCUCGUUAUUCCCGA
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>DroSim_CAF1 31793 118 + 1
UGGCUGCUCGACUGCGCUUGGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGACGGUCCAGGCACGUAGUUUGCUC--AGCUCGUUAUUCCCGA
.(((((...(((((((((((((((((((.....))))))........((.((((((((((((...))))))..)))))).)))))))))..))))))....)--))))............ ( -34.80)
>DroEre_CAF1 29407 117 + 1
UGGCUGCUCGACUGCGUUUGGAAUAAAUGUUUUGUUUAUUUUAUUUUUCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGACGGUCCAGGCACGUAGC-UGCUC--AGCUCGUUAUUCCCAA
.(((((..((.(((((((((((((((((.....)))))).........((((((((((((((...))))))..)))))).)))))))..)))))).-))..)--))))............ ( -31.40)
>DroYak_CAF1 66514 118 + 1
UGGCUGCUCGACUGCGUUUGGAAUAAAUGUUUUGUUUAUUUUAUUUUUCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGACGGUCCAGGCACGUAGUUUGCUC--AGCUCGUUAUUCCCGA
.(((((...(((((((((((((((((((.....)))))).........((((((((((((((...))))))..)))))).)))))))..))))))))....)--))))............ ( -32.30)
>consensus
UGGCUGCUCGACUGCGCUUGGAAUAAAUGCUUUGUUUAUUUUAUUUUCCCUCUAUUUCGGAUUCCAUCCGACAAAUGGACGGUCCAGGCACGUAGUUUGCUC__AGCUCGUUAUUCCCGA
.((((((..(((((((((((((((((((.....)))))).........((((((((((((((...))))))..)))))).)))))))))..)))))).))....))))............ (-26.04 = -26.72 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

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