Locus 610

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	1,773,729 – 1,773,849
Length	120
Max. P	0.782815

overview

Window 5

Location	1,773,729 – 1,773,849
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.56
Mean single sequence MFE	-46.43
Consensus MFE	-34.95
Energy contribution	-34.98
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.782815
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1773729 120 + 23771897
GCCUUUUGGGCUUUUCGAAGCAGCUCGGCCAGAUCUUCUUGACUGCCCACAUAUUCUGGCCGCAAGCUGAGGCAGUGCAACCACUGCUGGAGCUGAUAGAGAAACUCCGACAGGCUGAAU
((((.(((((.(((((....(((((((((((((......((......)).....))))))).........(((((((....))))))).))))))...))))).).)))).))))..... ( -49.20)
>DroVir_CAF1 11981 120 + 1
GCCUGCCGCGUGCGUUUGAGCAGCGGCAGCAGAUCGCCCAAAUUGGGCAGAAAUUCGGGUCGCAUGCUGAGGCAGUGCACCCACUGCUGCAGCUCGUGUAGAAUCUGCGACAAGCUGAGC
((.((((((.(((......))))))))))).....((((.....)))).....(((((((((((.((((.(((((((....))))))).))))((.....))...))))))...))))). ( -54.70)
>DroSec_CAF1 11038 120 + 1
GCUUUUUGGGCUUUUCGAAGCAGCUCGGCCAGAUCUUCUUGACUGCCCACAUAUUCUGGCCGCAAGCUGAGGCAGUGCAACCACUGCUGGAGCUGAUAGAGAAACUCCGACAGGCUGAAU
((((.(((((.(((((....(((((((((((((......((......)).....))))))).........(((((((....))))))).))))))...))))).).)))).))))..... ( -46.50)
>DroSim_CAF1 11005 120 + 1
GCUUUUUGGGCUUUUCGAAGCAGCUCGGCCAGAUCUUCUUGACUGCCCACAUAUUCUGGCCGCAAGCUGAGGCAGUGCAACCACUGCUGGAGCUGAUAGAGAAACUCCGACAGGCUGAAU
((((.(((((.(((((....(((((((((((((......((......)).....))))))).........(((((((....))))))).))))))...))))).).)))).))))..... ( -46.50)
>DroEre_CAF1 11010 120 + 1
GCCUUUUGGCAUUUUUGAAGCAGCUCGGCCAGAUCUUCACGACUGCCCACAUAUUCUGGCCGCAAGCUUAGGCAGUGCAGCCACUGCUGCAGCUGAUACAGCAGCUCUGACAGGCUGAAU
((((.(..(..........((((((((((((((.....................))))))))..))))..(((((((....)))))))))(((((......))))))..).))))..... ( -42.20)
>DroYak_CAF1 10931 120 + 1
GCCUUUUGGGAUUUUCGAAGCAGCUCGGCCAGAUCUUCACGACUGCUCACAUAAUCGGGCCGCAAGCUCAGGCAGUGUAGCCACUGCUGCAGCUGAUAGAGCAGCUCUGACAGGCUGAAU
((((.(..(((((.....(((((.(((............)))))))).....))))(((.(....)))).(((((((....)))))))..(((((......))))))..).))))..... ( -39.50)
>consensus
GCCUUUUGGGCUUUUCGAAGCAGCUCGGCCAGAUCUUCUUGACUGCCCACAUAUUCUGGCCGCAAGCUGAGGCAGUGCAACCACUGCUGCAGCUGAUAGAGAAACUCCGACAGGCUGAAU
((((.((((..(((((..(((((((((((((((.....................))))))))..))))..(((((((....)))))))...)))....))).))..)))).))))..... (-34.95 = -34.98 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,773,729 – 1,773,849
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.56
Mean single sequence MFE	-44.77
Consensus MFE	-29.50
Energy contribution	-30.95
Covariance contribution	1.45
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.91
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1773729 120 - 23771897
AUUCAGCCUGUCGGAGUUUCUCUAUCAGCUCCAGCAGUGGUUGCACUGCCUCAGCUUGCGGCCAGAAUAUGUGGGCAGUCAAGAAGAUCUGGCCGAGCUGCUUCGAAAAGCCCAAAAGGC
.....((((...((.((((.((...((((((..((((((....))))))..........(((((((.....(((....)))......)))))))))))))....)).))))))...)))) ( -43.00)
>DroVir_CAF1 11981 120 - 1
GCUCAGCUUGUCGCAGAUUCUACACGAGCUGCAGCAGUGGGUGCACUGCCUCAGCAUGCGACCCGAAUUUCUGCCCAAUUUGGGCGAUCUGCUGCCGCUGCUCAAACGCACGCGGCAGGC
.....(((((((((............(((.(((((((((((((((.(((....)))))).)))))......(((((.....)))))..))))))).)))((......))..))))))))) ( -54.40)
>DroSec_CAF1 11038 120 - 1
AUUCAGCCUGUCGGAGUUUCUCUAUCAGCUCCAGCAGUGGUUGCACUGCCUCAGCUUGCGGCCAGAAUAUGUGGGCAGUCAAGAAGAUCUGGCCGAGCUGCUUCGAAAAGCCCAAAAAGC
.....((...(((((((..(((....((((...((((((....))))))...))))...(((((((.....(((....)))......))))))))))..)))))))...))......... ( -41.30)
>DroSim_CAF1 11005 120 - 1
AUUCAGCCUGUCGGAGUUUCUCUAUCAGCUCCAGCAGUGGUUGCACUGCCUCAGCUUGCGGCCAGAAUAUGUGGGCAGUCAAGAAGAUCUGGCCGAGCUGCUUCGAAAAGCCCAAAAAGC
.....((...(((((((..(((....((((...((((((....))))))...))))...(((((((.....(((....)))......))))))))))..)))))))...))......... ( -41.30)
>DroEre_CAF1 11010 120 - 1
AUUCAGCCUGUCAGAGCUGCUGUAUCAGCUGCAGCAGUGGCUGCACUGCCUAAGCUUGCGGCCAGAAUAUGUGGGCAGUCGUGAAGAUCUGGCCGAGCUGCUUCAAAAAUGCCAAAAGGC
.....((((.((...(((((((((.....)))))))))(((((((..((....)).))))))).)).......((((....(((((....(((...))).)))))....))))...)))) ( -45.60)
>DroYak_CAF1 10931 120 - 1
AUUCAGCCUGUCAGAGCUGCUCUAUCAGCUGCAGCAGUGGCUACACUGCCUGAGCUUGCGGCCCGAUUAUGUGAGCAGUCGUGAAGAUCUGGCCGAGCUGCUUCGAAAAUCCCAAAAGGC
.....((((.((..(((.((((....((((.((((((((....))))).)))))))...((((.(((((((........)))...)))).)))))))).)))..))..........)))) ( -43.00)
>consensus
AUUCAGCCUGUCGGAGUUUCUCUAUCAGCUCCAGCAGUGGUUGCACUGCCUCAGCUUGCGGCCAGAAUAUGUGGGCAGUCAAGAAGAUCUGGCCGAGCUGCUUCGAAAAGCCCAAAAGGC
.....((((...((((((........))))))(((((((((((((..((....)).))))))).........((.(((((.....)).))).))..))))))..............)))) (-29.50 = -30.95 +   1.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:46:39 2006