Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 245,398 – 245,489 |
Length | 91 |
Max. P | 0.978532 |
Location | 245,398 – 245,489 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.51 |
Mean single sequence MFE | -36.67 |
Consensus MFE | -28.86 |
Energy contribution | -29.75 |
Covariance contribution | 0.89 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -4.45 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 1.82 |
SVM RNA-class probability | 0.978532 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 245398 91 + 23771897 GUUUUUCUGGCAGCCGAUUGCAAACAGUAAA-CAGCACGACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAGCGAGCUGC----GAACU .........(((((((.((((..(((((..(-((((((.(.(((.(((.....))).)))).)))))))))))))))).)).)))))----..... ( -35.60) >DroPse_CAF1 13818 94 + 1 AUUUAUCUAGCAGCCGCCUGCU--CAGUAAAGCAGCACAUCGCAAGGUUAUGUACCAAUUGGGUGCUGCGCUGAGCAAACGAGCUGCCUAUGAACU .(((((...(((((((..((((--((((...((((((((((....)))......((....)))))))))))))))))..)).)))))..))))).. ( -41.90) >DroSec_CAF1 13379 91 + 1 GUUUUUCUAGCAGCCGAUUGGAAACAGUAGA-CAGCACAACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAACGAGCUGC----GAACU .........(((((((.(((...(((((..(-((((((...(((.(((.....))).)))..)))))))))))).))).)).)))))----..... ( -33.70) >DroSim_CAF1 13796 91 + 1 GUUUUUCUAGCAGCCGAUUGGAAACAGUAGA-CAGCACAACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAACGAGCUGC----GAACU .........(((((((.(((...(((((..(-((((((...(((.(((.....))).)))..)))))))))))).))).)).)))))----..... ( -33.70) >DroEre_CAF1 13256 91 + 1 GUUUUUCUGGCAGCCGAUUGCAAACAGUAAA-CAGCACAAUCAUAGGUUAUUUACCAAUUUAGUGCUGUGCUGUGCAAGCGAGCUGC----GAACU .........(((((((.((((..(((((..(-((((((.......(((.....)))......)))))))))))))))).)).)))))----..... ( -33.22) >DroPer_CAF1 14188 94 + 1 AUUUAUCUAGCAGCCGCCUGCU--CAGUAAAGCAGCACAUCGCAAGGUUAUGUACCAAUUGGGUGCUGCGCUGAGCAAACGAGCUGCCUAUGAACU .(((((...(((((((..((((--((((...((((((((((....)))......((....)))))))))))))))))..)).)))))..))))).. ( -41.90) >consensus GUUUUUCUAGCAGCCGAUUGCAAACAGUAAA_CAGCACAACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAACGAGCUGC____GAACU ((((.....(((((((.(((((..(((((...((((((.......(((.....)))......)))))))))))))))).)).)))))....)))). (-28.86 = -29.75 + 0.89)
Location | 245,398 – 245,489 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.51 |
Mean single sequence MFE | -34.15 |
Consensus MFE | -26.83 |
Energy contribution | -26.50 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -4.25 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 1.70 |
SVM RNA-class probability | 0.972992 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 245398 91 - 23771897 AGUUC----GCAGCUCGCUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUCGUGCUG-UUUACUGUUUGCAAUCGGCUGCCAGAAAAAC .....----(((((.((.((((((((.(((((((......(((.....))).......))))))-)...))))..)))).)))))))......... ( -30.92) >DroPse_CAF1 13818 94 - 1 AGUUCAUAGGCAGCUCGUUUGCUCAGCGCAGCACCCAAUUGGUACAUAACCUUGCGAUGUGCUGCUUUACUG--AGCAGGCGGCUGCUAGAUAAAU ........((((((.(((((((((((.(((((((......(((.....))).......)))))))....)))--))))))))))))))........ ( -43.12) >DroSec_CAF1 13379 91 - 1 AGUUC----GCAGCUCGUUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUUGUGCUG-UCUACUGUUUCCAAUCGGCUGCUAGAAAAAC .....----(((((.((.(((.((((.(((((((......(((.....))).......))))))-)...))))...))).)))))))......... ( -27.92) >DroSim_CAF1 13796 91 - 1 AGUUC----GCAGCUCGUUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUUGUGCUG-UCUACUGUUUCCAAUCGGCUGCUAGAAAAAC .....----(((((.((.(((.((((.(((((((......(((.....))).......))))))-)...))))...))).)))))))......... ( -27.92) >DroEre_CAF1 13256 91 - 1 AGUUC----GCAGCUCGCUUGCACAGCACAGCACUAAAUUGGUAAAUAACCUAUGAUUGUGCUG-UUUACUGUUUGCAAUCGGCUGCCAGAAAAAC .....----(((((.((.((((((((.(((((((...((.(((.....))).))....))))))-)...))))..)))).)))))))......... ( -31.90) >DroPer_CAF1 14188 94 - 1 AGUUCAUAGGCAGCUCGUUUGCUCAGCGCAGCACCCAAUUGGUACAUAACCUUGCGAUGUGCUGCUUUACUG--AGCAGGCGGCUGCUAGAUAAAU ........((((((.(((((((((((.(((((((......(((.....))).......)))))))....)))--))))))))))))))........ ( -43.12) >consensus AGUUC____GCAGCUCGUUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUUGUGCUG_UUUACUGUUUGCAAUCGGCUGCUAGAAAAAC .........(((((.((.((((((((..((((((......(((.....))).......)))))).....)))..))))).)))))))......... (-26.83 = -26.50 + -0.33)
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