Locus 6071

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 16,147,043 – 16,147,163
Length 120
Max. P 0.970540
window9744

overview

Window 4

Location 16,147,043 – 16,147,163
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.39
Mean single sequence MFE -44.37
Consensus MFE -37.69
Energy contribution -39.50
Covariance contribution 1.81
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970540
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16147043 120 + 23771897
GAGCGAUGAACGGUGAACGGUGAACAACAAGCGGAGAACGAGGACGUCUGACGAUGUCUGCACCGGCGUCUAUUAUUGCCGAUUUGGCAUUGUUGUUAUUGUUCUGCACGUUGUUGUUGC
.((((((.(((((((((((((((.((((((((.(((...(.(((((((....))))))).)..(((((........))))).))).)).))))))))))))))).)).)))))))))).. ( -44.40)
>DroSec_CAF1 9062 120 + 1
CAACGACGAGCGAUGAACGGUGAACAACGAGCGGAGAACGAGGACGUCUGACGAUGUCUGCACCGGCGUCUGUUAUUGCCGAUUUGGCAUUGUUGUUAUUGUUCUGCACGUUGUUGUUGC
((((((((.(((..(((((((((.((((((((.(((...(.(((((((....))))))).)..(((((........))))).))).)).)))))))))))))))))).)))))))).... ( -48.20)
>DroSim_CAF1 9811 120 + 1
CAACGACGAGCGAUGAGUGGUGAACAACGAGCGGAGAACGAGGACGUCUGACGAUGUCUGCACCGGCGUCUAUUAUUGCCGAUUUGGCAUUGUUGUUAUUGUUCUGCACGUUGUUGUUGC
((((((((.(((..(((..((((.((((((((.(((...(.(((((((....))))))).)..(((((........))))).))).)).))))))))))..)))))).)))))))).... ( -46.30)
>DroEre_CAF1 8599 110 + 1
----------CGAUGAACGGUGAACAACGAGCGGAGAACGAGGACGUCUGACGAUGUCUGCACCGGCGUCUAUUAUUGCCGAUUUGGCAUUGUUGUUAUGGUUCUGUGCGUUGUUGUUGC
----------............(((((((((((.(((((.(.(((....(((((((((.....(((((........)))))....)))))))))))).).))))).))).)))))))).. ( -38.60)
>consensus
CAACGACGAGCGAUGAACGGUGAACAACGAGCGGAGAACGAGGACGUCUGACGAUGUCUGCACCGGCGUCUAUUAUUGCCGAUUUGGCAUUGUUGUUAUUGUUCUGCACGUUGUUGUUGC
(((((((.((((..(((((((((.((((((((.(((...(.(((((((....))))))).)..(((((........))))).))).)).)))))))))))))))....))))))))))). (-37.69 = -39.50 +   1.81)

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