Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,761,453 – 1,761,573 |
Length | 120 |
Max. P | 0.924964 |
Location | 1,761,453 – 1,761,573 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.50 |
Mean single sequence MFE | -49.05 |
Consensus MFE | -29.15 |
Energy contribution | -32.52 |
Covariance contribution | 3.37 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -2.22 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 1.17 |
SVM RNA-class probability | 0.924964 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 1761453 120 + 23771897 UGGAUGACACGCUCUACCUUUUGGUACAGCAGAAGCUGGGCCAGCAGGAGCACCUCAUUCUACCGCAGGGAAAGCGUGAGGAGGGAGAGUCCAUGCGUCAGACUGCAGAAAGAGUGCUCC ..........(((.((((....)))).)))....((((...)))).(((((((.((.((((...((((.....(((((.(((.......))).)))))....)))))))).))))))))) ( -40.90) >DroVir_CAF1 5385 120 + 1 UGGAGGACACGCUCUAUCUGGUAGUUAAGCAAAAGCUCGGCCAACAGGAGCAUUUGGUGCUGCCGCAGGGUCUCCGCCAGGAGGGCGAAUCCAUGCGACAAACAGCGGAGCGUGUGCUUC .((((.(((((((((..((((((((..(.((((.((((.........)))).)))).))))))((((((((...((((.....)))).)))).)))).....))).))))))))).)))) ( -50.50) >DroPse_CAF1 5778 120 + 1 UGGAGGACACGCUCUAUUUGCUGGUGCAACAAAAGCUCGGCCAGCAGCAGCACAUGAUCCUGCCGCAGGGAAAGCGCCAAGACGGUGAGUCCAUGCGCCAGACGGCGGAGCGUGUGCUAC ...((.(((((((((.....((((((((.......((((((.((...((.....))...)))))).))(((...((((.....))))..))).)))))))).....))))))))).)).. ( -51.50) >DroMoj_CAF1 5229 120 + 1 UAGAGGACACGCUUUAUUUGGUUGUCAAGCAAAAGCUUGGGGAGCAGGAGCAUUUCGUGCUACCGCAGGGACUGCGCAAGGAUGGCGAAUCCAUGCGACAGACGGCGGAACGUGUGCUGA ...((.(((((.....((((.((.((((((....)))))).)).))))(((((...))))).((((..(..(((((((.((((.....)))).)))).))).).))))..))))).)).. ( -46.40) >DroAna_CAF1 5043 120 + 1 UAGAGGACACCCUGUACCUGCUCGUUCAGCAGAAGCUGGGUCAGCAGCAGCACCUAAUCCUGCCGCAGGGCAAGCGGCUGGAAGGCGAAUCCAUGAGACAGACCGCGGAGCGAGUCCUCC ..((((((...((((..(((((.(..((((....))))..).)))))...(.(((..(((.(((((.......))))).)))))).)..........))))..(((...))).)))))). ( -48.00) >DroPer_CAF1 5764 120 + 1 UGGAGGACACGCUCUAUUUGCUGGUGCAACAAAAGCUCGGCCAGGAGCAGCACAUGAUCCUGCCGCAGGGAAAGCGCCAAGACGGUGAGUCCAUGCGCCAGACGGCGGAGCGUGUGCUAC ...((.(((((((((.....((((((((.......((((((.((((.((.....)).)))))))).))(((...((((.....))))..))).)))))))).....))))))))).)).. ( -57.00) >consensus UGGAGGACACGCUCUAUCUGCUGGUGCAGCAAAAGCUCGGCCAGCAGCAGCACAUGAUCCUGCCGCAGGGAAAGCGCCAGGACGGCGAAUCCAUGCGACAGACGGCGGAGCGUGUGCUAC ...((.(((((((((..((((((((..(((....)))..))))))))............(((.((((.(((...((((.....))))..))).)))).))).....))))))))).)).. (-29.15 = -32.52 + 3.37)
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