| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,106,566 – 16,106,685 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.616095 |
| Location | 16,106,566 – 16,106,685 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.52 |
| Mean single sequence MFE | -45.09 |
| Consensus MFE | -29.04 |
| Energy contribution | -28.29 |
| Covariance contribution | -0.75 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.54 |
| Structure conservation index | 0.64 |
| SVM decision value | 0.17 |
| SVM RNA-class probability | 0.616095 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16106566 119 + 23771897 UGUA-UUUAAGGUAACCUACCUGAUAGCUGCUCCUGAUCUGCAGGUGUCGAUCUUGUCCGUACUCGCUGUCCGGCAGUGGUACGUGAUGGGGACAGCGGGGAGUUUGCUGCUGCUGCAGC ....-....(((((...)))))....((((((((.((((.((....)).))))..((((((((.(((((.....)))))))))).))))))).)))).........(((((....))))) ( -43.90) >DroVir_CAF1 17512 110 + 1 UG----------UGUCUCACCUGAUAGCUGCUGCGUAUUUGCAGAUGACGAUCCUGUCCGUACUCGCUGUCCGGCAGUGGUACAUGAUGUGGGCAGCGCGGCGUCCUCUGCUGCUGCAGC ..----------((((......))))(((((.(((.....(((((.((((..(((((((((((.(((((.....))))))))).......)))))).)...)))).)))))))).))))) ( -44.01) >DroGri_CAF1 7657 119 + 1 GGGA-UUGCACAUCGCUCACCUGAUAGCUGCUGCGUAUUUGCAGAUGACGAUCCUGUCCGUACUCGCUGUCCGGCAGUGGUACAUGAUGUGGGCAGCGGGGCGUCUGCUGUUGCUGCAGC (((.-..((.....))...)))....(((((.(((.....((((((((((........))).(((((((((((.((...........))))))))))))).)))))))...))).))))) ( -46.60) >DroWil_CAF1 11375 120 + 1 UGUUUUGUCUAUGUACUAACCUGAUAGUUACUUCUGAUUUGCAGAUGCCUAUCCUGUCCGUACUCGCUGUCCGGCAGUGGUACAUGAUGUGGACAACGUGGCGUUUGCUGUUGUUGCAGC ...........((((.((((....(((......)))....(((((((((.((..(((((((((.(((((.....))))))))).......)))))..))))))))))).)))).)))).. ( -35.11) >DroMoj_CAF1 9538 110 + 1 UG----------UGCCUCACCUGGUAGCUGCUACGUAACUGCAGAUGACGAUCCUGUCCGUACUCGCUGUCCGGCAGUGGUACAUGAUGUGGACAGCGCGGCGUCUGCUGUUGCUGCAGC ..----------((((......))))(((((...(((((.(((((((.((...((((((((((.(((((.....))))))))).......))))))..)).))))))).))))).))))) ( -50.31) >DroAna_CAF1 8672 119 + 1 UGGU-UUUCGGGUCACCCACCUGAUAGCUACUCCUGAUCUGCAGGUGCCUAUCCUGUCCGUAUUCGCUGUCCGGCAGUGGUACAUGGUGCGGGCAGCGAGGCGUCUGCUGCUGUUGCAGC ((((-(.((((((.....)))))).)))))..........((((..((((...((((((((((((((((.....))))))......))))))))))..))))..))))(((....))).. ( -50.60) >consensus UG___UUUC___UCACUCACCUGAUAGCUGCUCCGGAUCUGCAGAUGACGAUCCUGUCCGUACUCGCUGUCCGGCAGUGGUACAUGAUGUGGACAGCGCGGCGUCUGCUGCUGCUGCAGC ....................(((.((((.((.........(((((((......((((((((((.(((((.....))))))))).......)))))).....))))))).)).))))))). (-29.04 = -28.29 + -0.75)
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