Locus 6038

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 16,105,597 – 16,105,832
Length 235
Max. P 0.998198
window9666 window9667 window9668 window9669

overview

Window 6

Location 16,105,597 – 16,105,701
Length 104
Sequences 5
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.62
Mean single sequence MFE -21.04
Consensus MFE -18.02
Energy contribution -17.90
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.29
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.603350
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16105597 104 - 23771897
UAACUACAUUAAACAAAUCUGGUGGUGCGGAAACCACUGGAGAUUUUAGAACAUUAGUUAAGUUUCAACAGUUCACUAGCCGAUUUGAACUUCUCAAACCGUAA
((((((..(((((....((..(((((......)))))..))...))))).....)))))).((((....((((((..........))))))....))))..... ( -20.80)
>DroSec_CAF1 7809 104 - 1
UAACUACAUUAAACAAAUCUGGUGGUGCGGAAACCACUGGAGAUUUUAGAACAUUGGUUAAGUUUCAACAGUUCACUAGCCGAUUUGAACUUCACAAACCAUAA
((((((..(((((....((..(((((......)))))..))...))))).....)))))).((((....((((((..........))))))....))))..... ( -20.50)
>DroSim_CAF1 7815 104 - 1
UAACUACAUUAAACAAAUCUGGUGGUGCGGAAACCACUGGAGAUUUUAGAACAUUGGUUAAGUUUCAACAGUUCACUAGCCGAUUUGAACUUCACAAACCAUAA
((((((..(((((....((..(((((......)))))..))...))))).....)))))).((((....((((((..........))))))....))))..... ( -20.50)
>DroEre_CAF1 7867 104 - 1
UAACUACAUUAAACAAAUCUGGUGGUGCGGAAACCACUGGAGAUUUUAGAACAUUAGUUAAGUUACAAGUGCUCACUAGCUGAUUUGAACUUCACACACUAUAA
........(((((....((..(((((......)))))..))...))))).......((.(((((.((((((((....)))..)))))))))).))......... ( -22.40)
>DroYak_CAF1 12508 104 - 1
UAACUACAUUAAACAAAUCUGGUGGAGCGGAAACCACUGGAGAUUUUAGAACAUUAGUUAAGUUUCAAGUGCUCACUAGCUGAUUUGAACUUCACAAACUAUAA
.............((((((.(((.(((((....).(((.(((((((...(((....)))))))))).)))))))....)))))))))................. ( -21.00)
>consensus
UAACUACAUUAAACAAAUCUGGUGGUGCGGAAACCACUGGAGAUUUUAGAACAUUAGUUAAGUUUCAACAGUUCACUAGCCGAUUUGAACUUCACAAACCAUAA
........(((((....((..(((((......)))))..))...))))).....((((((((((.(((..((......))....))))))))....)))))... (-18.02 = -17.90 +  -0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 16,105,701 – 16,105,804
Length 103
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.19
Mean single sequence MFE -38.52
Consensus MFE -35.51
Energy contribution -36.12
Covariance contribution 0.61
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 3.03
SVM RNA-class probability 0.998198
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16105701 103 + 23771897
--------------AACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGUUGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUUCGGCCAUUGCAGCUGCAGUGGUAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
--------------.........(.((((((((.((((((((.((((...(..((((((((.......))))))))..).))))))))))))...))).))))).)........... ( -38.40)
>DroPse_CAF1 8365 117 + 1
UGUAACUAAGAGUUAACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGUUGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAAUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
.((((.((((......))))...(.((((((((.((((((((.(((....(..((((((((.......))))))))..)..)))))))))))...))).))))).).....)))).. ( -39.80)
>DroEre_CAF1 7971 103 + 1
--------------AACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGUUGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGUAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
--------------.........(.((((((((.((((((((.((((...(..((((((((.......))))))))..).))))))))))))...))).))))).)........... ( -39.10)
>DroYak_CAF1 12612 103 + 1
--------------AACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGUUGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGUAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
--------------.........(.((((((((.((((((((.((((...(..((((((((.......))))))))..).))))))))))))...))).))))).)........... ( -39.10)
>DroAna_CAF1 7799 103 + 1
--------------AACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGGCGGCUCCACAGUGACUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
--------------.........((..((((....)))).))...((.((((((.(.((((((..((...((.((((((....))))))))....))..)))))).).)))))).)) ( -34.90)
>DroPer_CAF1 8336 117 + 1
UGUAACUAAGAGUUAACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGUUGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAAUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
.((((.((((......))))...(.((((((((.((((((((.(((....(..((((((((.......))))))))..)..)))))))))))...))).))))).).....)))).. ( -39.80)
>consensus
______________AACUUAACACGAGCUCAGUUAUGAGUUGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGG
.......................(.((((((((.((((((((.((((...(((((((((((.......))))))))))).))))))))))))...))).))))).)........... (-35.51 = -36.12 +   0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 16,105,701 – 16,105,804
Length 103
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.19
Mean single sequence MFE -31.12
Consensus MFE -28.10
Energy contribution -27.47
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948583
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16105701 103 - 23771897
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUACCACUGCAGCUGCAAUGGCCGAAAUUGCAGCCACUGUGCGGCCAACUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUU--------------
.............((((.((((((((((.(((..(((.(..((((((((.......))))))))..).))).))))).((((....)))).))))))))))))-------------- ( -29.80)
>DroPse_CAF1 8365 117 - 1
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUGCCAUUGCAGCUGCAAUAGCCGGAAUUGCAGCCACUGUGCGGCCAACUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUUAACUCUUAGUUACA
.............((((.((((((((((.(((((((.((..((((((((.......)))))))))).)).))))))).((((....)))).)))))))))))).............. ( -33.70)
>DroEre_CAF1 7971 103 - 1
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUACCACUGCAGCUGCAAUAGCCGGAAUUGCAGCCACUGUGCGGCCAACUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUU--------------
.............((((.((((((((((.(((..(((.(..((((((((.......))))))))..).))).))))).((((....)))).))))))))))))-------------- ( -28.90)
>DroYak_CAF1 12612 103 - 1
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUACCACUGCAGCUGCAAUAGCCGGAAUUGCAGCCACUGUGCGGCCAACUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUU--------------
.............((((.((((((((((.(((..(((.(..((((((((.......))))))))..).))).))))).((((....)))).))))))))))))-------------- ( -28.90)
>DroAna_CAF1 7799 103 - 1
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUGCCACUGCAGCUGCAAUAGCCGGAAUUGCAGUCACUGUGGAGCCGCCUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUU--------------
.............((((.((((((((.(.(((.((((.(..((((((((.......))))))))..).))))))))((.(((....)))))))))))))))))-------------- ( -31.70)
>DroPer_CAF1 8336 117 - 1
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUGCCAUUGCAGCUGCAAUAGCCGGAAUUGCAGCCACUGUGCGGCCAACUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUUAACUCUUAGUUACA
.............((((.((((((((((.(((((((.((..((((((((.......)))))))))).)).))))))).((((....)))).)))))))))))).............. ( -33.70)
>consensus
CCGCAAUAAUUCCAACUCUAGCAUGAUGAGCUACCACUGCAGCUGCAAUAGCCGGAAUUGCAGCCACUGUGCGGCCAACUCAUAACUGAGCUCGUGUUAAGUU______________
.............((((.((((((((((.(((..(((.(..((((((((.......))))))))..).))).))))).((((....)))).)))))))))))).............. (-28.10 = -27.47 +  -0.64)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 16,105,727 – 16,105,832
Length 105
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.38
Mean single sequence MFE -44.82
Consensus MFE -37.24
Energy contribution -36.80
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.89
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948660
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16105727 105 + 23771897
UGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUUCGGCCAUUGCAGCUGCAGUGGUAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUCGUGGUCAGCGGGAGAUCCCCCG
(((((((.(((((((((......))))))))).(((((((((((((((((.........)))))...))))))))))))....))))))).((((......)))) ( -46.50)
>DroPse_CAF1 8405 105 + 1
UGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAAUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUUGUGGCAGGGAGCAGGGACUCUG
..((((((..((((((((((((((((((...((((((((....)))))......)))...)))))))...)))))))).)))))))))..((((......)))). ( -45.40)
>DroEre_CAF1 7997 105 + 1
UGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGUAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUCGUGGUCAGCGGGAGAUCCCCCG
(((((((...((((((((((((((((((...((((((((....)))))......)))...)))))))...)))))))).))).))))))).((((......)))) ( -45.40)
>DroYak_CAF1 12638 105 + 1
UGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGUAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUCGUGGUCAGCGGGAAAUCACCCG
(((((((...((((((((((((((((((...((((((((....)))))......)))...)))))))...)))))))).))).))))))).((((......)))) ( -45.00)
>DroAna_CAF1 7825 100 + 1
CGGCUCCACAGUGACUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUCGUGGUCAGCGGGGCAGC-----
(.(((((((.((((((((((((((((((...((((((((....)))))......)))...)))))))...))))))).)))).))))..))).)......----- ( -41.20)
>DroPer_CAF1 8376 105 + 1
UGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAAUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUUGUGGCAGGGAGCAGGGACUCUG
..((((((..((((((((((((((((((...((((((((....)))))......)))...)))))))...)))))))).)))))))))..((((......)))). ( -45.40)
>consensus
UGGCCGCACAGUGGCUGCAAUUCCGGCUAUUGCAGCUGCAGUGGCAGCUCAUCAUGCUAGAGUUGGAAUUAUUGCGGCUCAUCGUGGUCAGCGGGAGAGCCCCCG
(((((((...((((((((((((((.((((((((....))))))))(((((.........))))))))...)))))))).))).)))))))............... (-37.24 = -36.80 +  -0.44)

alignment

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