Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,051,029 – 16,051,189 |
Length | 160 |
Max. P | 0.889666 |
Location | 16,051,029 – 16,051,149 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.91 |
Mean single sequence MFE | -44.62 |
Consensus MFE | -40.10 |
Energy contribution | -40.85 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.65 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 0.96 |
SVM RNA-class probability | 0.889666 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16051029 120 - 23771897 CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGACUUGCGCUGCCUUGUGUGCGCAUCUG (((((((((..((....))....((((((..(((((((((.(((((........)))))((..(((......)))..))...........)))))))))))))))......))))))))) ( -45.40) >DroSim_CAF1 19002 119 - 1 CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGG-GGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGACUUGCGCUGCCUUGUGUGCGCAUCUG (((((((((..((....))....((((((..(((((((((((((((........))))))(-(..(((....)))..))...........)))))))))))))))......))))))))) ( -44.10) >DroEre_CAF1 21838 118 - 1 CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGAC--GCGCUGACUUGUGUGCGCAUCUG (((((((((.(.((((.(((((..((((.((((((((((.((((((........)))))).))))......))))))))(((((......)))))--))))))).)))).)))))))))) ( -44.50) >DroYak_CAF1 44391 118 - 1 CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGAC--GCGCUGACUUGUGUGCGCAUCUG (((((((((.(.((((.(((((..((((.((((((((((.((((((........)))))).))))......))))))))(((((......)))))--))))))).)))).)))))))))) ( -44.50) >consensus CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGAC__GCGCUGACUUGUGUGCGCAUCUG (((((((((.(.((((.(((((..((((.((((((((((.((((((........)))))).))))......))))))))(((((......)))))..))))))).)))).)))))))))) (-40.10 = -40.85 + 0.75)
Location | 16,051,069 – 16,051,189 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 99.58 |
Mean single sequence MFE | -39.23 |
Consensus MFE | -38.15 |
Energy contribution | -38.40 |
Covariance contribution | 0.25 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.97 |
SVM decision value | 0.28 |
SVM RNA-class probability | 0.664852 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16051069 120 - 23771897 AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG ........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). ( -39.60) >DroSim_CAF1 19042 119 - 1 AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGG-GGCAUAUGUUUGUAUCCG ........((((..(((((((((.((..(((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))-)))))))))))).)))). ( -38.10) >DroEre_CAF1 21876 120 - 1 AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG ........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). ( -39.60) >DroYak_CAF1 44429 120 - 1 AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG ........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). ( -39.60) >consensus AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG ........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). (-38.15 = -38.40 + 0.25)
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