Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,041,691 – 16,041,796 |
Length | 105 |
Max. P | 0.508499 |
Location | 16,041,691 – 16,041,796 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.21 |
Mean single sequence MFE | -40.72 |
Consensus MFE | -30.50 |
Energy contribution | -30.73 |
Covariance contribution | 0.23 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.508499 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16041691 105 - 23771897 UGUGGCUGCGAUGGCGGCCACAGUGGCUCCGGCACUGGUUACCCCAUUCG---------------AGGAUGGACCACCAUAGGCACCAUUCAGGCUGCUAUUUGAUGCUGACAGUGAUUU (((((((((....)))))))))((.(((.(((((.((((....(((((..---------------..)))))...))))..((((((.....)).))))......)))))..))).)).. ( -38.30) >DroSec_CAF1 12232 105 - 1 CGUGGCUGCGAUGGCGGCCACAGUGGCUCCGGCACUGGUUACCCCAUUCG---------------AGGAUGGACCACCAUAGGCUCCAUUCAGGCUGCUAUUCGAUGCCGACAGCGAUUU .((((((((....))))))))(((.(((.(((((.(((.....))).(((---------------((((((((((......)).)))))))((....))..)))))))))..))).))). ( -42.40) >DroAna_CAF1 8363 120 - 1 UGUGGCUGCAAUGGCGGCCACUGUGGCUCCAGCACUUGACACUCCACUGGUACUAGUGCUACUAGCUGGUGUGUUGCCAUAAGCUCCACUGAGGCUACUAUUCGAGGCCGACAGGGACUU .((((((((....))))))))((((((..........(((((.((((((((((....).)))))).))).)))))))))))((.(((.(((.((((.(.....).))))..)))))))). ( -48.60) >DroSim_CAF1 9650 105 - 1 CGUGGCUGCGAUGGCGGCCACAGUGGCUCCGGCACUGGUUACCCCAUUCG---------------AGGAUGGACCACCAUAGGCUCCAUUCAGGCUGCUAUUCGAUGCCGACAGCGAUUU .((((((((....))))))))(((.(((.(((((.(((.....))).(((---------------((((((((((......)).)))))))((....))..)))))))))..))).))). ( -42.40) >DroEre_CAF1 12092 105 - 1 CGUGGCUGCGAUGGCCGCCACAGUGGCUCCGGCACUGGUUACUCCGUUGG---------------AGGAUGGACCACCAUAGACUCCAUUCAGGCUGCUGUUUGAUGCCGACAACGAUUU .(((((.((....)).)))))........(((((..((.....))..(((---------------((.((((....))))...))))).((((((....))))))))))).......... ( -36.60) >DroYak_CAF1 34633 105 - 1 CGUAGCUGCGAUGGCCGCCACAGUGGCUCCGGCACUGGUUACUCCAUUUG---------------AGGAUGAACCACCAUAGGCUCCAUUCAGGCUGCUAUUUGAUGCAGACAGCGAUUU (((.(((((((((((.(((..(((((..((.....(((((..(((.....---------------.)))..))))).....))..)))))..))).))))))....)))).).))).... ( -36.00) >consensus CGUGGCUGCGAUGGCGGCCACAGUGGCUCCGGCACUGGUUACCCCAUUCG_______________AGGAUGGACCACCAUAGGCUCCAUUCAGGCUGCUAUUCGAUGCCGACAGCGAUUU .(((((...((((((((((.(((((.(....)))))).............................(((((((((......)).))))))).))))))))))....))).))........ (-30.50 = -30.73 + 0.23)
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