Locus 600

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,733,331 – 1,733,451
Length 120
Max. P 0.521682
window917

overview

Window 7

Location 1,733,331 – 1,733,451
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.56
Mean single sequence MFE -47.60
Consensus MFE -35.92
Energy contribution -34.76
Covariance contribution -1.16
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.75
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.521682
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1733331 120 + 23771897
CGGCCUGUCCGUGGCCGGAGUGCUCAUCGCCGUCUUCAGCUGCAUGUUGGUGUACCAGCUACUCAGUCACGAACGCAAGAAGAUGUACUGGGAGCAGCUGGAGCUGCGAUGCAGAUCCCU
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>DroGri_CAF1 17262 120 + 1
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>DroSec_CAF1 14760 120 + 1
CGGCCUGUCCGUGGCCGGAGUGCUCAUCGCUGUCUUCAGCUGCAUGUUGGUGUACCAGCUCCUCAGUCACGAACGCAAGAAAAUGUACUGGGAGCAGCUGGAGCUGCGCUGCAGAUCCCU
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>DroWil_CAF1 18929 120 + 1
UGGCCUAUCUGUGGCUGGUGUCCUAAUUGCCGUCUUUGGUUGCAUGCUGGUCUAUCAGUUGCUCAGUCAUGAGCGCAAGAAAAUGUACUGGGAGCAACUGGAGCUGCGUUGUCGUUCCCU
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>DroMoj_CAF1 15673 120 + 1
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>DroAna_CAF1 17375 120 + 1
UGGCUUAUCCGUGGCAGGAGUUCUUAUCGCAGUCUUUAGCUGCAUGCUGGUCUACCAGCUCCUCAGCCACGAGCGCAAGAAGAUGUACUGGGAGCAGCUGGAGCUGCGUUGCCGCUCUUU
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>consensus
CGGCCUGUCCGUGGCCGGAGUGCUAAUCGCCGUCUUCAGCUGCAUGCUGGUCUACCAGCUGCUCAGCCACGAGCGCAAGAAAAUGUACUGGGAGCAGCUGGAGCUGCGUUGCCGUUCCCU
(((((.......)))))..........(((.(.((((((((((..(((((....)))))..(((((.......(....)........))))).))))))))))).)))............ (-35.92 = -34.76 +  -1.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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