| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,976,724 – 15,976,829 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.693376 |
| Location | 15,976,724 – 15,976,829 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.02 |
| Mean single sequence MFE | -34.50 |
| Consensus MFE | -18.42 |
| Energy contribution | -19.62 |
| Covariance contribution | 1.20 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -1.90 |
| Structure conservation index | 0.53 |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.693376 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15976724 105 + 23771897 A---ACA---CCAACACCUGUGCCUGCUGCACUGCUCACUACCACACCCACAGCUGUGGACUG---UGUGUUGGUGUUAGUGUUGGUAUUGCUGUUUGUCGGUGCUCCUCCUCC .---.((---((((((.(.(((((....((((((..(((((.(((((((((....))))...)---)))).))))).)))))).))))).).))))....)))).......... ( -36.30) >DroSec_CAF1 6072 105 + 1 A---ACA---CCAACACCUCCGCCCGCUGCACUGCUCACUACCACACCCACAGCUGUGGACUG---UGUGUUGGUGUUAGUGUUGGUAUUGCUGUUUGUCGGUGCUCCUCCUCC .---.((---((.(((...(.((..(((((((((..(((((.(((((((((....))))...)---)))).))))).))))).))))...)).)..))).)))).......... ( -33.20) >DroSim_CAF1 6574 105 + 1 G---CCG---CCAACACCUCCGCCCGCUGCACUGCUCACUACCACACCCACAGCUGUGGACUG---UGUGUUGGUGUUAGUGUUGGUAUUGCUGUUUGUCGGUGCUCCUCCUCC (---(((---(.((((.(...(((....((((((..(((((.(((((((((....))))...)---)))).))))).)))))).)))...).)))).).))))........... ( -34.80) >DroEre_CAF1 6250 107 + 1 A---ACACCACCUGCACCGCCGCCCGCUGCACUGCUCACUACCACACCUACAGCUGUGGGCUG---UGUGUUGGUGUUAGUGUUGGUAUUGCUGUUUGUUGGUGCUCCUCCUC- .---.((((((..(((.((..(((....((((((..(((((((((((((((....))))).))---)).).))))).)))))).)))..)).)))..).))))).........- ( -35.40) >DroYak_CAF1 6039 110 + 1 UACUACACCACCUGCACCGCCGCCCGCUGCACUGCUCACUACCACACCCACAGCUGUGGACUG---UGUGUUGGUGUUGGUGUUCGUAUUGCUGUUUGUUGGUGCUCCUCCUC- .....((((((..(((..((.(..((..(((((...(((((.(((((((((....))))...)---)))).)))))..))))).))..).)))))..).))))).........- ( -33.20) >DroAna_CAF1 5845 84 + 1 -----------------UUCCGGAUGCACCACCGCUCACUACCACACCCACAGCCGUCGAUUGCUGUGCACCCG------------UGUUGGUGUUUGUUGGUGCUCCGCUGG- -----------------...((((.((((((.((..(((((.(((...((((((........)))))).....)------------)).)))))..)).))))))))))....- ( -34.10) >consensus A___ACA___CCAACACCUCCGCCCGCUGCACUGCUCACUACCACACCCACAGCUGUGGACUG___UGUGUUGGUGUUAGUGUUGGUAUUGCUGUUUGUCGGUGCUCCUCCUC_ ..............((((..((...((.(((.(((((((((.(((..((((....))))((......))....))).)))))..)))).))).)).))..)))).......... (-18.42 = -19.62 + 1.20)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:05:12 2006