Locus 5954

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,949,094 – 15,949,205
Length 111
Max. P 0.589121
window9511

overview

Window 1

Location 15,949,094 – 15,949,205
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.11
Mean single sequence MFE -28.78
Consensus MFE -19.37
Energy contribution -19.27
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.14
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.589121
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15949094 111 + 23771897
UCUCAAUUCGUGCUA--UUUCCA----UUAUAGACCUUAUUGGCGUUGCUACUACAGCAACACGGACGCAAUCAUCUAUGUGGUGGACUCGGCGGACCGGGACCGCAUUGGCAUCUC
.........((((((--..(((.----.....(.((.....)))((((((.....))))))..)))((((........))))((((.(((((....))))).))))..))))))... ( -32.50)
>DroVir_CAF1 29310 101 + 1
----AACAU--------UUUUUU----UUCUAGACCUUACUGGCGUUGCUAUUACAGCAAUACAGAUGCCAUUAUCUAUGUGGUUGAUUCGGCGGACCGCGACCGCAUUGGCAUUUC
----.....--------......----............(((..((((((.....)))))).)))((((((......(((((((((...(((....))))))))))))))))))... ( -28.90)
>DroEre_CAF1 48427 111 + 1
UCAAAAUUUGUGUUA--UUUCCA----UUACAGACCUUAUUGGCGUUGCUACUACAGCAACACAGACGCCAUAAUCUACGUGGUGGAUUCGGCUGACCGGGAUCGCAUUGGCAUCUC
.........((((((--..((((----(((((((..((((.(((((((((.....))))......))))))))))))..))))))))(((((....))))).......))))))... ( -27.20)
>DroWil_CAF1 15900 113 + 1
UU--UGUUUUUGUUU--UUUUUACUUUUCUUAGACCCUAUUGGCGUUGCUAUUAUAGCAACACAGAUGCCAUUAUCUAUGUGGUAGAUUCGGCAGAUCGGGAUCGUAUAGGCAUUUC
..--...........--...............(((((..(((..(((((((...))))))).))).((((...((((((...))))))..))))....))).))............. ( -23.90)
>DroMoj_CAF1 27205 109 + 1
----AACAUCUGUUAUCUUUUUA----UUGCAGACCUUAUUGGCGUUGUUAUUAUAGCAAUACAGAUGCCAUUAUUUAUGUGGUCGAUUCGGCGGACCGUGAUCGCAUAGGCAUUUC
----....(((((..........----..)))))((.....)).(((((((...)))))))..(((((((......((((((((((...(((....)))))))))))))))))))). ( -26.60)
>DroPer_CAF1 15592 112 + 1
ACCACGUGAUUGUUA--UUGGUA---UUUUCAGACCGUAUUGGCGUUGCUAUUAUAGCAACACGGAUGCCAUUAUCUAUGUGGUGGACUCGGCGGACCGUGAUCGGAUUGGCAUUUC
((((((((((.....--..(((.---.......)))(((((.(.(((((((...))))))).).)))))....))).))))))).......((.(((((....))).)).))..... ( -33.60)
>consensus
UC__AAUUUGUGUUA__UUUUUA____UUACAGACCUUAUUGGCGUUGCUAUUACAGCAACACAGAUGCCAUUAUCUAUGUGGUGGAUUCGGCGGACCGGGAUCGCAUUGGCAUUUC
................................(.((.....)))((((((.....))))))..((((((((......(((((((.....(((....)))..))))))))))))))). (-19.37 = -19.27 +  -0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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