Locus 5947

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,926,843 – 15,926,963
Length 120
Max. P 0.693697
window9499

overview

Window 9

Location 15,926,843 – 15,926,963
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.39
Mean single sequence MFE -48.65
Consensus MFE -39.53
Energy contribution -40.20
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.693697
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15926843 120 - 23771897
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>DroVir_CAF1 7636 120 - 1
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>DroSec_CAF1 28512 120 - 1
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>DroEre_CAF1 26262 120 - 1
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>DroYak_CAF1 26760 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 5907 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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