Locus 5887

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,832,557 – 15,832,677
Length	120
Max. P	0.999986

overview

Window 4

Location	15,832,557 – 15,832,677
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	99.44
Mean single sequence MFE	-35.37
Consensus MFE	-35.51
Energy contribution	-35.37
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.12
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	5.40
SVM RNA-class probability	0.999986
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15832557 120 + 23771897
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>DroSec_CAF1 39620 120 + 1
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>DroSim_CAF1 40838 120 + 1
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>DroEre_CAF1 38548 120 + 1
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>DroYak_CAF1 80832 120 + 1
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>DroPer_CAF1 41282 120 + 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	15,832,557 – 15,832,677
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	99.44
Mean single sequence MFE	-27.65
Consensus MFE	-26.90
Energy contribution	-27.07
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	3.38
SVM RNA-class probability	0.999121
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15832557 120 - 23771897
UCAUUAUGACUUCUUAAAUGCUCUGCAUCAUCAUGAUAGCAUCUGGACGCCGGAUACGUAUUUCAUUAUGCAUGGCGAUUUCAAGGAUCCCAUCAUACCAAUGCAUUUCGCUUUAAGAAU
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>DroSec_CAF1 39620 120 - 1
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>DroSim_CAF1 40838 120 - 1
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>DroEre_CAF1 38548 120 - 1
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>DroYak_CAF1 80832 120 - 1
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>DroPer_CAF1 41282 120 - 1
UCAUUAUGACUUCUUAAAUGCUCUGCAUCAUCAUGAUAGCAUCUGGACGCCGGAUACGUAUUUCAUUAUGCAUGGCGAUUUCAAGGAUCCCAUCAUACCAAUGCAUUUCGCUUUAAGAAU
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

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