Locus 5862

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,808,630 – 15,808,880
Length 250
Max. P 0.973592
window9346 window9347 window9348 window9349 window9350

overview

Window 6

Location 15,808,630 – 15,808,746
Length 116
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.18
Mean single sequence MFE -26.83
Consensus MFE -18.94
Energy contribution -18.81
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.825587
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15808630 116 + 23771897
GUUCAAAUUGUAAUGGCUUAGAAAUCGUUGUACAAAGCCGGUUUUUAAGUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUAAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAA
.................((((((((((((......)).))))))))))((((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))))..... ( -28.94)
>DroPse_CAF1 13902 110 + 1
-----GGCUGAAACUUUUC---AGCUGCUGUUUCGAGCCGAACAUUCGAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUAUAUGGAAACCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGAGCCAAU
-----(((((((....)))---))))((....(((((.......)))))(((((((((..(.((((.(((((.......(....)...)))))..)))).)..))))))))))).... ( -31.30)
>DroSec_CAF1 16221 116 + 1
GUUUAAAUUGUAAUUGUUUAGAAAUCGUUGUAUAAAGCCGGUUUUUAAGUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUCAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAA
.................((((((((((((......)).))))))))))((((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))))..... ( -29.04)
>DroSim_CAF1 16547 116 + 1
GCUUAAAUUGUAAUUGUUAAGAAUUUGUUGUAUAAAGCCGGUUUUUAAGUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUCAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAA
................((((((((..(((......)))..))))))))((((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))))..... ( -28.64)
>DroEre_CAF1 15421 105 + 1
GUUUAAUUUUU-----------UAUCGUUGUAUGGAGCUGUUGAUUAAAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUAAAAUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAA
.(((((((..(-----------..((........))...)..)))))))(((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..)))))))))...... ( -21.14)
>DroYak_CAF1 54403 115 + 1
GCCUAAAUUUUAGUUC-UUAGAAAUCGUUGUAUAGAGCCGUUGAUUAAAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUAAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAA
............((((-(((.((....)).)).)))))..((((.....(((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))).)))). ( -21.94)
>consensus
GUUUAAAUUGUAAUUGUUUAGAAAUCGUUGUAUAAAGCCGGUUAUUAAAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA__AUAAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAA
..........................(((......)))...........(((((((((..(.((((.(((((................)))))..)))).)..)))))))))...... (-18.94 = -18.81 +  -0.14)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 7

Location 15,808,630 – 15,808,746
Length 116
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.18
Mean single sequence MFE -34.51
Consensus MFE -30.12
Energy contribution -30.17
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.24
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.71
SVM RNA-class probability 0.973592
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15808630 116 - 23771897
UUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUUAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACCGGCUUUGUACAACGAUUUCUAAGCCAUUACAAUUUGAAC
(((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).)))))))....(((((...............))))).............. ( -38.46)
>DroPse_CAF1 13902 110 - 1
AUUGGCUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGGUUUCCAUAUAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAAUCGAAUGUUCGGCUCGAAACAGCAGCU---GAAAAGUUUCAGCC-----
...((((.((((((((.(.(((((.(((((...((......))...)))))))))).).))))))))....(((..((((((((......).))))---)))....)))))))----- ( -41.90)
>DroSec_CAF1 16221 116 - 1
UUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUGAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACCGGCUUUAUACAACGAUUUCUAAACAAUUACAAUUUAAAC
(((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).)))))))........................................... ( -32.90)
>DroSim_CAF1 16547 116 - 1
UUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUGAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACCGGCUUUAUACAACAAAUUCUUAACAAUUACAAUUUAAGC
(((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).)))))))........................................... ( -32.90)
>DroEre_CAF1 15421 105 - 1
UUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGAUUUUAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAAUUUAAUCAACAGCUCCAUACAACGAUA-----------AAAAAUUAAAC
.((((((.((((((((.(.(((((.(((((.((((...))--))..)))))))))).).)))))))).))))))......................-----------........... ( -30.10)
>DroYak_CAF1 54403 115 - 1
UUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUUAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAAUUUAAUCAACGGCUCUAUACAACGAUUUCUAA-GAACUAAAAUUUAGGC
...(((((((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).))))))))............)))))............(((((-(........)))))). ( -30.80)
>consensus
UUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUUAU__UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACCGGCUCUAUACAACGAUUUCUAAACAAUUACAAUUUAAAC
(((((((.((((((((.(.(((((.(((((................)))))))))).).)))))))).)))))))........................................... (-30.12 = -30.17 +   0.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 15,808,669 – 15,808,782
Length 113
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.75
Mean single sequence MFE -30.50
Consensus MFE -19.97
Energy contribution -20.76
Covariance contribution 0.79
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.864976
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15808669 113 + 23771897
GGUUUUUAAGUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUAAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAAGUCAGCAAAUUGAAGAGCUACAGCUCUGGAUCGCUG----
...((((.(((((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))))).)))).((((..(((..(((((....))))).))).))))---- ( -34.54)
>DroPse_CAF1 13933 103 + 1
GAACAUUCGAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUAUAUGGAAACCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGAGCCAAUGCCAGCAA------------UAA----CGAUCGCCGUAGU
...((((.(.(((((((((..(.((((.(((((.......(....)...)))))..)))).)..))))))))).).)))).......------------..(----((.....)))... ( -23.30)
>DroSec_CAF1 16260 115 + 1
GGUUUUUAAGUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUCAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAAGUCAGCAAAUUGAAGAGCUAGCGCUCUGGAUCGCCA--GU
(((((((.(((((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))))).))))............(((((....))))).....))).--.. ( -32.84)
>DroSim_CAF1 16586 115 + 1
GGUUUUUAAGUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUCAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAAGUCAGCAAAUUGAAGAGCUAGAGCUCUGGAUCGCCA--GU
(((((((.(((((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))))).))))............(((((....))))).....))).--.. ( -33.14)
>DroEre_CAF1 15449 102 + 1
GUUGAUUAAAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUAAAAUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAAGUCAG------------CUAUGGUU-UGAAUCGCCA--GU
(((((((...(((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))).....))))))------------)..((((.-......))))--.. ( -27.24)
>DroYak_CAF1 54441 115 + 1
GUUGAUUAAAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA--AUAAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAAGUCAGCAGAUUGAAGAGCUAUCGUUCUGGAUCCUCA--GU
(((((((...(((((((((..(.((((.(((((....--..........)))))..)))).)..))))))))).....))))))).((((..(((((....))))).))))....--.. ( -31.94)
>consensus
GGUUAUUAAAUUUUGGCACCCGCAGAACCACAGAAUA__AUAAAGUCAACUGUGAAUUCUCCCAGUGCCAAGACUCAAAGUCAGCAAAUUGAAGAGCUAUAGCUCUGGAUCGCCA__GU
..........(((((((((..(.((((.(((((................)))))..)))).)..)))))))))...................(((((....)))))............. (-19.97 = -20.76 +   0.79)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 15,808,669 – 15,808,782
Length 113
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.75
Mean single sequence MFE -40.05
Consensus MFE -30.22
Energy contribution -30.27
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.82
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966627
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15808669 113 - 23771897
----CAGCGAUCCAGAGCUGUAGCUCUUCAAUUUGCUGACUUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUUAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACC
----((((((...(((((....))))).....))))))..(((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).))))))).... ( -46.50)
>DroPse_CAF1 13933 103 - 1
ACUACGGCGAUCG----UUA------------UUGCUGGCAUUGGCUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGGUUUCCAUAUAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAAUCGAAUGUUC
....(((((((..----..)------------))))))(((((.(...((((((((.(.(((((.(((((...((......))...)))))))))).).))))))))...).))))).. ( -38.80)
>DroSec_CAF1 16260 115 - 1
AC--UGGCGAUCCAGAGCGCUAGCUCUUCAAUUUGCUGACUUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUGAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACC
..--.(((((...(((((....))))).....)))))...(((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).))))))).... ( -44.20)
>DroSim_CAF1 16586 115 - 1
AC--UGGCGAUCCAGAGCUCUAGCUCUUCAAUUUGCUGACUUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUGAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACC
..--.(((((...(((((....))))).....)))))...(((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).))))))).... ( -43.70)
>DroEre_CAF1 15449 102 - 1
AC--UGGCGAUUCA-AACCAUAG------------CUGACUUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGAUUUUAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAAUUUAAUCAAC
..--....((((((-((.((...------------.))..))))))))((((((((.(.(((((.(((((.((((...))--))..)))))))))).).))))))))............ ( -32.70)
>DroYak_CAF1 54441 115 - 1
AC--UGAGGAUCCAGAACGAUAGCUCUUCAAUCUGCUGACUUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUUAU--UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAAUUUAAUCAAC
.(--((......)))...((((((..........))))...((((((.((((((((.(.(((((.(((((.(((.....)--))..)))))))))).).)))))))).))))))))... ( -34.40)
>consensus
AC__UGGCGAUCCAGAGCUAUAGCUCUUCAAUUUGCUGACUUUGAGUCUUGGCACUGGGAGAAUUCACAGUUGACUUUAU__UAUUCUGUGGUUCUGCGGGUGCCAAAACUUAAAAACC
........................................(((((((.((((((((.(.(((((.(((((................)))))))))).).)))))))).))))))).... (-30.22 = -30.27 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 15,808,782 – 15,808,880
Length 98
Sequences 5
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.38
Mean single sequence MFE -25.56
Consensus MFE -18.37
Energy contribution -19.53
Covariance contribution 1.16
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.659825
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15808782 98 - 23771897
AAG-AAACACGGCCAAAAGCCGAAAAGGAUCAACCUGAAAAGUGCU-GACAACUGCCAGAUUUGGAGAAACUAUCUAAAGGUAAGCGAUCUCAGGUGAUC-----------
...-.....((((.....)))).....(((((.(((((....((((-......((((...((((((.......))))))))))))))...))))))))))----------- ( -26.50)
>DroSec_CAF1 16375 109 - 1
AAA-AAACACGGUCAGAAACCGAAAAGGAGCAACCUGAAAAGUGCU-GACAACUGCCAGAUUUGGAGAAACUACCUAAAGGUAAGCGAUCCUAGGUGAUCUUCGCUUUUAA
...-.....((((.....))))...((((((...(((...(((...-....)))..)))....(((((...(((((..(((........)))))))).))))))))))).. ( -24.40)
>DroSim_CAF1 16701 110 - 1
AAAAAAACACGGUCAGAAACCGAAAAGGAUCAACCUGAAAAGUGCU-GACAACUGCCAGAUUUGGAGAAACUAUCUAAAGGUAAGCGAUCCUAGGUGAUCUUCGCUUUUAA
.........((((.....))))...((((((...((....)).(((-......((((...((((((.......)))))))))))))))))))(((((.....))))).... ( -23.90)
>DroEre_CAF1 15551 110 - 1
AUG-AAACGCGACCAGAAACCGGAAAGGAUCAACCUGAAAAGUGCUUUACAACUGUCAGAUUUGGAGAAACUAUCCAAAGGUAAGCGAUCUCAGGUGAUCUCCGCUUAGCC
...-....(((.((.......))...((((((.(((((....(((((.((..........((((((.......)))))).)))))))...))))))))))).)))...... ( -28.10)
>DroYak_CAF1 54556 110 - 1
AAG-CAACACGGCCAGAAACCGAAAAGGAUCAACCUUAAAAGUGCUCAACAACUCUCAGAUUUGGAGAAACUAUCUAAAGGUAAGCGAUCUCAGGUGAUCCCCGCUUAGAA
(((-(....(((.......)))....((((((.(((......((((.......((((.......))))...((((....)))))))).....)))))))))..)))).... ( -24.90)
>consensus
AAG_AAACACGGCCAGAAACCGAAAAGGAUCAACCUGAAAAGUGCU_GACAACUGCCAGAUUUGGAGAAACUAUCUAAAGGUAAGCGAUCUCAGGUGAUCUCCGCUUAGAA
.........((((.....))))....((((((.(((((....((((.......((((...((((((.......))))))))))))))...))))))))))).......... (-18.37 = -19.53 +   1.16)

alignment

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