Locus 5817

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,745,887 – 15,745,981
Length	94
Max. P	0.783895

overview

Window 0

Location	15,745,887 – 15,745,981
Length	94
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.70
Mean single sequence MFE	-31.83
Consensus MFE	-20.53
Energy contribution	-21.03
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.57
SVM RNA-class probability	0.783895
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15745887 94 + 23771897
--GUGG--CAAAUAU----CCAACGGAUCGGGC-----UGGAA--AAGCGGUAUCUA-CAUGAGAUACCGGCAUGUGCAAUGCAUUUG-CCUCCGAGUUCCCCUGUUUUUC
--.(((--.......----)))..(((((((((-----(....--.)))(((((((.-....)))))))((((.((((...)))).))-)).))))..))).......... ( -30.20)
>DroSec_CAF1 61110 90 + 1
--GUGG--CAAAUAU----CCAACGGAUCGGGC-----UGGAA--AAGCGGUAUCUA-CAUGAGAUACCGGCAUGUGCAAUGCAUUUG-CCUCCGAGUUCCCCUGUU----
--.(((--.......----)))..(((((((((-----(....--.)))(((((((.-....)))))))((((.((((...)))).))-)).))))..)))......---- ( -30.20)
>DroSim_CAF1 63292 94 + 1
--GUAG--CAAGUAUCCAUCCAACGGAUCGGGC-----UGGAA--AAGCGGUAUCUA-CAUGAGAUACCGGCAUGUGCAAUGCAUUUG-GCUCCGAGUUCCACUGUU----
--....--................(((((((((-----..((.--...((((((((.-....))))))))((((.....)))).))..-)).))))..)))......---- ( -31.10)
>DroEre_CAF1 52360 87 + 1
--GUGG--CA--UAU----CCCACGGAUCGGGC-----UGGAA--AA-CGGUAUCUA-CAUGAGAUACCGGCAUGUGCAAUGCAUUUG-CCUCCGAGUUCCCCAGUU----
--((((--..--...----.))))......(((-----(((..--((-((((((((.-....)))))))((((.((((...)))).))-)).....)))..))))))---- ( -33.20)
>DroYak_CAF1 161483 87 + 1
--GUGG--CA--UAU----CCAGCGGAUCGGGC-----UGGAA--AA-CGGUAUCUA-CAUGAGAUACCGGCAUGUGCAAUGCAUUUG-CCUCCGAGUUCCCCUGUU----
--....--..--...----.(((.((((((((.-----.....--..-.(((((((.-....)))))))((((.((((...)))).))-)))))))..))).)))..---- ( -30.80)
>DroAna_CAF1 63463 105 + 1
AGUUUGGGGAGCUGUGGAUCUGUAGAGUUGGGGGGAAUCGGAACCAGGCGGUAUCUAUCCAGAGAUACGGGCAUGUGCAAUGCAUUCCUCCUCCUCG--GCCCUGUU----
......(((.((((.(((((....))....((((((((..........(.((((((......)))))).)((((.....))))))))))))))).))--)))))...---- ( -35.50)
>consensus
__GUGG__CAA_UAU____CCAACGGAUCGGGC_____UGGAA__AAGCGGUAUCUA_CAUGAGAUACCGGCAUGUGCAAUGCAUUUG_CCUCCGAGUUCCCCUGUU____
.............................(((......((((......((((((((......))))))))((((.....))))........)))).....)))........ (-20.53 = -21.03 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	15,745,887 – 15,745,981
Length	94
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.70
Mean single sequence MFE	-28.80
Consensus MFE	-19.15
Energy contribution	-20.15
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.756490
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15745887 94 - 23771897
GAAAAACAGGGGAACUCGGAGG-CAAAUGCAUUGCACAUGCCGGUAUCUCAUG-UAGAUACCGCUU--UUCCA-----GCCCGAUCCGUUGG----AUAUUUG--CCAC--
......(((.(((..((((.((-((..(((...)))..))))(((((((....-.)))))))(((.--....)-----))))))))).))).----.......--....-- ( -29.80)
>DroSec_CAF1 61110 90 - 1
----AACAGGGGAACUCGGAGG-CAAAUGCAUUGCACAUGCCGGUAUCUCAUG-UAGAUACCGCUU--UUCCA-----GCCCGAUCCGUUGG----AUAUUUG--CCAC--
----..(((.(((..((((.((-((..(((...)))..))))(((((((....-.)))))))(((.--....)-----))))))))).))).----.......--....-- ( -29.80)
>DroSim_CAF1 63292 94 - 1
----AACAGUGGAACUCGGAGC-CAAAUGCAUUGCACAUGCCGGUAUCUCAUG-UAGAUACCGCUU--UUCCA-----GCCCGAUCCGUUGGAUGGAUACUUG--CUAC--
----..(((((((..((((.((-.....((((.....))))((((((((....-.))))))))...--.....-----)))))))))))))............--....-- ( -25.70)
>DroEre_CAF1 52360 87 - 1
----AACUGGGGAACUCGGAGG-CAAAUGCAUUGCACAUGCCGGUAUCUCAUG-UAGAUACCG-UU--UUCCA-----GCCCGAUCCGUGGG----AUA--UG--CCAC--
----..((((..(((.....((-((..(((...)))..))))(((((((....-.))))))))-))--..)))-----)((((.....))))----...--..--....-- ( -32.70)
>DroYak_CAF1 161483 87 - 1
----AACAGGGGAACUCGGAGG-CAAAUGCAUUGCACAUGCCGGUAUCUCAUG-UAGAUACCG-UU--UUCCA-----GCCCGAUCCGCUGG----AUA--UG--CCAC--
----..(((.(((..((((.((-((..(((...)))..))))(((((((....-.))))))).-..--.....-----..))))))).))).----...--..--....-- ( -31.30)
>DroAna_CAF1 63463 105 - 1
----AACAGGGC--CGAGGAGGAGGAAUGCAUUGCACAUGCCCGUAUCUCUGGAUAGAUACCGCCUGGUUCCGAUUCCCCCCAACUCUACAGAUCCACAGCUCCCCAAACU
----....((((--.(.(((((.(((((.(...((.((.((..((((((......)))))).)).))))...)))))).))....((....))))).).))))........ ( -23.50)
>consensus
____AACAGGGGAACUCGGAGG_CAAAUGCAUUGCACAUGCCGGUAUCUCAUG_UAGAUACCGCUU__UUCCA_____GCCCGAUCCGUUGG____AUA_UUG__CCAC__
......(((.(((..((((.........((((.....))))((((((((......)))))))).................))))))).))).................... (-19.15 = -20.15 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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