Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,698,444 – 15,698,536 |
Length | 92 |
Max. P | 0.717233 |
Location | 15,698,444 – 15,698,536 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.46 |
Mean single sequence MFE | -29.82 |
Consensus MFE | -15.36 |
Energy contribution | -15.45 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.39 |
SVM RNA-class probability | 0.717233 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15698444 92 + 23771897 GUAGAACUGGGU--GAUGUUGCACCACCAGUCC----AA--AGAGUGUUUGUGGCAU---CAUCAGCUGUUGCCCCACAUAGCACUGCCCCACCAUC---------UCCACC ((((.....(((--(((((..((.((((.....----..--.).)))..))..))))---)))).(((((........))))).)))).........---------...... ( -25.20) >DroSec_CAF1 14094 101 + 1 GUAGAACUGGGU--UAUGUUGCACCACCAGUCC----AA--AGAGUGGUUGUGGCAU---CAUCAGCUGUUGCCCCACAUAGCACUGCCCCACCAACUCCACCAGCUCCACC ((.((.((((..--...(((((((.((((.((.----..--.)).)))).)))....---.....(((((........)))))..........))))....)))).)).)). ( -25.70) >DroSim_CAF1 14040 92 + 1 GUAGAACUGGGU--GAUGUUGCACCACCAGUCC----AA--AGAGUGGUUGUGGCAU---CAUCAGCUGUUGCCCCACAUAGCACUGCCCCACCAUC---------UCCACC ((((.....(((--(((((..((..((((.((.----..--.)).))))))..))))---)))).(((((........))))).)))).........---------...... ( -30.50) >DroEre_CAF1 5461 74 + 1 GCAGAACUGGGC--GAUGUUGCACCACCAGUCC----AA--UGAGUGGUUGUGGCAG---CAUCAGCUGUUGCCCCACA----------------U-----------CCACC ...((..((((.--((((((((((.((((.((.----..--.)).)))).)).))))---)))).((....))))))..----------------)-----------).... ( -27.10) >DroYak_CAF1 50290 90 + 1 GGAGAACUGGGU--GAUGUUGCACCACCAGUCC----AA--CGAGUGCUUGUGGCAG---CAUCAGCUGUUGCCCCACAUUGCGCUGCCCCACCAU-----------CCACC (((.....((((--..(((((.((.....)).)----))--))(((((.((((((((---((.....)))))))..)))..))))))))).....)-----------))... ( -31.60) >DroAna_CAF1 12125 97 + 1 UGAGGAAUGGUCUCUAUGCUGCACCACCAGUUGGUGGAAGGAAAGUGGUUGUGGCAUCAGCAUCAGCUGUUGCCCCACAUAGCUUUGACCUGCCA---------------CU ...((...((((.....((((..(((((....))))).......((((....((((.((((....)))).)))))))).))))...))))..)).---------------.. ( -38.80) >consensus GUAGAACUGGGU__GAUGUUGCACCACCAGUCC____AA__AGAGUGGUUGUGGCAU___CAUCAGCUGUUGCCCCACAUAGCACUGCCCCACCAU___________CCACC .......((((.....(((..((..((((.((..........)).))))))..))).........((....))))))................................... (-15.36 = -15.45 + 0.09)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:00:18 2006