Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,653,752 – 1,653,842 |
Length | 90 |
Max. P | 0.769534 |
Location | 1,653,752 – 1,653,842 |
---|---|
Length | 90 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.71 |
Mean single sequence MFE | -32.82 |
Consensus MFE | -17.98 |
Energy contribution | -18.32 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.37 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.53 |
SVM RNA-class probability | 0.769534 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 1653752 90 + 23771897 AAAGCUACCUUACACCCC-----CUGCUUUGCAUUGCAAAUGCAGGUGCUC---GAUAAGAGCAGCUCGGGUGUGGGUUAGUUCCG-A---UAGGGAGAAGG ...((((.((((((((((-----(((((((((...))))).)))))(((((---.....)))))....))))))))).))))(((.-.---...)))..... ( -38.90) >DroSec_CAF1 15914 90 + 1 GGAGCUACUUUACACCCC-----CUGCUUUGCAUUGUAAAUGCAAGUGCUC---GAUAAGAGCAGCCCAGGUGUGGGUUAGUUCCG-A---UAGGGAGAAGG (((((((.((((((((..-----..(((((((((.....)))))))(((((---.....)))))))...)))))))).))))))).-.---........... ( -33.70) >DroSim_CAF1 16024 89 + 1 GGAGCUAACUUACACCCC-----CUGCUUUGCAUUGUAAAUGCAGGUUCUC---GAUAAGAGCAGCUC-GGUGUGGGUUAGUUCCG-A---UAGGAAGAAGG ((((((((((((((((.(-----(((((((((...))))).)))))..(((---.....)))......-)))))))))))))))).-.---........... ( -38.20) >DroEre_CAF1 19530 90 + 1 GCAGCUACCUUACACCCC-----GUGCUUUGCAUUGCAAACGCAGGUGCUU---GAUAAGAGCAGCUCGGGUGUGGGUUGGUUCCG-A---UAGGGAGAAGG ...((((.(((((((((.-----(((.(((((...))))))))((.(((((---.....))))).)).))))))))).))))(((.-.---...)))..... ( -32.80) >DroYak_CAF1 15769 93 + 1 GCAGCUACCUUACACCCC-----GUGUUUUGCAUUGUAAAUGCAGGUGCUUCUGGAUAAGAGCAGCUCGGGUGUGGGUUAGUUCCG-A---UAGGAAGAAGG ...((((.(((((((((.-----......(((((.....)))))(.((((.((.....)))))).)..))))))))).))))(((.-.---..)))...... ( -31.10) >DroPer_CAF1 17248 99 + 1 GAGGCUAUCUUACACUCCGAGCUGUGUUUUGAAUUGUAAAUGCAGGUGUCU---GAUAAGAGCAACUAAAACUAGGCUUACUUCAUGGUUCAAGGUGGCAGG ...((((((((.....((((.((((((((........)))))))).)...(---((...((((..(((....)))))))...))))))...))))))))... ( -22.20) >consensus GAAGCUACCUUACACCCC_____CUGCUUUGCAUUGUAAAUGCAGGUGCUC___GAUAAGAGCAGCUCGGGUGUGGGUUAGUUCCG_A___UAGGGAGAAGG ..(((((.((((((((........((((((((...))))).)))(.(((((........))))).)...)))))))).)))))((........))....... (-17.98 = -18.32 + 0.34)
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