Locus 5742

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,612,490 – 15,612,649
Length	159
Max. P	0.994716

overview

Window 6

Location	15,612,490 – 15,612,609
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.38
Mean single sequence MFE	-45.86
Consensus MFE	-44.46
Energy contribution	-43.50
Covariance contribution	-0.96
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	2.50
SVM RNA-class probability	0.994716
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15612490 119 - 23771897
GGCUUUGUCUUCUGCUGCUGCGCCGAGUGCUGUGGCGUCAGCGUGUGGCGUGGCAAAAAGACACGGUCCAGCAUCGAUAUCGAUGGCUUAAAUCAGGCGGAACAAGGUGGA-AAUGGAAA
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>DroSec_CAF1 35569 120 - 1
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>DroSim_CAF1 35613 119 - 1
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>DroEre_CAF1 35675 119 - 1
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>DroYak_CAF1 38069 119 - 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	15,612,529 – 15,612,649
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.00
Mean single sequence MFE	-47.32
Consensus MFE	-44.78
Energy contribution	-44.78
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.76
SVM RNA-class probability	0.976006
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15612529 120 - 23771897
CAUAGUCCUCAUGGUUUCCGCCUGGAUCCUGCUCAUUCUGGGCUUUGUCUUCUGCUGCUGCGCCGAGUGCUGUGGCGUCAGCGUGUGGCGUGGCAAAAAGACACGGUCCAGCAUCGAUAU
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>DroSec_CAF1 35609 120 - 1
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>DroSim_CAF1 35652 120 - 1
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>DroEre_CAF1 35714 120 - 1
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>DroYak_CAF1 38108 120 - 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:58:30 2006