Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,610,221 – 15,610,340 |
Length | 119 |
Max. P | 0.972988 |
Location | 15,610,221 – 15,610,340 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.32 |
Mean single sequence MFE | -43.16 |
Consensus MFE | -37.68 |
Energy contribution | -38.72 |
Covariance contribution | 1.04 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.70 |
SVM RNA-class probability | 0.972988 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15610221 119 + 23771897 UAUUAUACGCCGGGGCUUUUGCCGCAUCAGCUGGGACCCCA-AGUGGGUGGUUGGGCGGAAAAGUGGGGAUCUGCACUCACAGCCCCGUAUUGUCGAUACAUAAGCAAUUGGUAUGUACA ...((((..((((((((....((((.((((((...((((..-...))))))))))))))....(((((........)))))))))))(((((...)))))..........))..)))).. ( -43.90) >DroSec_CAF1 33334 120 + 1 UAUUAUACGCCGGGGCUUUUGCCGCAUCAGCUGGGACCCCAAAGUGGGUGGUUGGGCGGAAAAGUGGGUAUCUGCACACACAGCCCCUUAUUGUCGAUACAUAAGCAAUUGGUAUGUACA ...((((..((((((((....((((.((((((...((((......))))))))))))))....(((.((....)).)))..))))))..(((((..........))))).))..)))).. ( -38.60) >DroSim_CAF1 33340 120 + 1 UAUUAUACGCCGGGGCUUUUGCCGCAUCAGCUGGGACCCCAAAGUGGGUGGUUAGGCGAAAAAGUGGGUAUCUGCACUCACAGCCCCGUAUUGUCGAUACAUAAGCAAUUGGUAUGUACA ...((((..((((((((((((((((....))...((((((......)).)))).)))))))..((((((......)))))).)))))(((((...)))))..........))..)))).. ( -42.20) >DroEre_CAF1 33428 117 + 1 UAUUAUACGCCGGGGCUUUUCCCGCAUCAGCUGGGACCCC--AGUGGGUGGUGGGGUGGAAAAGUGG-GGUCUGCACUCACAGCCCCGUAUUGUCGAUACAUAAGCAAUUGGUAUGUACA ...((((..((((((((..(((((((((.(((((....))--))).))).)))))).......((((-(.......)))))))))))(((((...)))))..........))..)))).. ( -46.00) >DroYak_CAF1 35635 118 + 1 UAUUAUACGCCGGGGCUUUUGCCGCAUCAGCUGGGACCCC--AGUGGGUGGUUGGGCGGAAAAGUGGGGGUCUGCACUCACAGCCCCGUAUUGUCGAUACAUAAGCAAUUGGUAUGUACA ...((((..((((((((((((((.((((.(((((....))--))).))))....)))))))..(((((........))))).)))))(((((...)))))..........))..)))).. ( -45.10) >consensus UAUUAUACGCCGGGGCUUUUGCCGCAUCAGCUGGGACCCCA_AGUGGGUGGUUGGGCGGAAAAGUGGGGAUCUGCACUCACAGCCCCGUAUUGUCGAUACAUAAGCAAUUGGUAUGUACA ...((((..(((((((((((.((((.((((((...((((......)))))))))))))).)))(((((........)))))))))))(((((...)))))..........))..)))).. (-37.68 = -38.72 + 1.04)
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