Locus 573

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	1,645,230 – 1,645,340
Length	110
Max. P	0.834902

overview

Window 5

Location	1,645,230 – 1,645,340
Length	110
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.23
Mean single sequence MFE	-41.17
Consensus MFE	-20.88
Energy contribution	-20.80
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1645230 110 + 23771897
GUGGCUACCUUGUGGCCACAGCACUGCCGGCUCCCA---GCAGUGUCCCCAGCAGACUGCUCGAGGAGUACUUGAGCAGCU---CGAGCAGGACGCUGCCAUCGAUAUUGAUUUUC
((((((((...))))))))(((.......)))....---(((((((((...((.(((((((((((.....))))))))).)---)..)).)))))))))................. ( -47.80)
>DroPse_CAF1 7935 110 + 1
GGUGCUACCUCGAUGACACAGCACUGCCAGCACCGA---GCAGUGUCUCCAGCAAUGUGUUCGAGGAGUGCUUCAGCAGCU---CGAGCAGUAUCUGGCCAUCGAUAUUGAUCUUU
((..((.((((((..(((((((((((((......).---))))))).........)))))))))))))..)).........---.((.(((((((........))))))).))... ( -36.40)
>DroGri_CAF1 8735 109 + 1
-UAAUUACCUCGCCACCGCUGCGCUGCCAGCACCGAGGAGCAGCGUCUCAAGCAAUGAGCUCGACGAAUGCUUGAGCAGCUCCCCGAGCAGCG--CCGGCAG----AUUGAUUUUC
-..........(((..((((((((.....))..((.(((((..((((...(((.....))).))))..(((....)))))))).)).))))))--..)))..----.......... ( -39.90)
>DroEre_CAF1 7046 110 + 1
GUGGCUACCUUGUUGCCACAGCACUGCCGGCUCCCA---GCAGUGUCUCCAGCAGGCUGCUCGAGGAAUACUUGAGCAGCU---CGAGCAGGACGCUGCCAUCGAUAUUGAUUUUC
(((((.........))))).(((((((.((...)).---))))))).........((((((((((.....))))))))))(---(((((((....))))..))))........... ( -45.60)
>DroYak_CAF1 7222 110 + 1
GUGGCUACCUUGUUGCCAUAGCACUGCCGGCUCCCA---GCAGUGUCUCCAGCAGGUUGCUCGAGGAAUACUUGAGCAGCU---CGAGCAGGACGCUGCCAUCGAUAUUAAUUUUC
(((((...((((((((...((((((((.((...)).---)))))).))...)).(((((((((((.....)))))))))))---..)))))).....))))).............. ( -41.00)
>DroPer_CAF1 8015 110 + 1
GGUGCUACCUCGAUGACACAGCACUGCCAGCACCGA---GCAGUGUCUCCAGCAAUGUGUUCGAGGAGUGCUUCAGCAGCU---CGAGCAGUAUGUGGCCAUCGAUAUUGAUCUUU
((.....))((((((.((((((((((((......).---)))))))...........((((((((...(((....))).))---))))))...))))..))))))........... ( -36.30)
>consensus
GUGGCUACCUCGUUGCCACAGCACUGCCAGCACCCA___GCAGUGUCUCCAGCAAUGUGCUCGAGGAAUACUUGAGCAGCU___CGAGCAGGACGCUGCCAUCGAUAUUGAUUUUC
........((((........(((((((............)))))))....(((....((((((((.....)))))))))))...))))............................ (-20.88 = -20.80 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,645,230 – 1,645,340
Length	110
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.23
Mean single sequence MFE	-44.44
Consensus MFE	-21.02
Energy contribution	-22.25
Covariance contribution	1.23
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.53
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.73
SVM RNA-class probability	0.834902
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1645230 110 - 23771897
GAAAAUCAAUAUCGAUGGCAGCGUCCUGCUCG---AGCUGCUCAAGUACUCCUCGAGCAGUCUGCUGGGGACACUGC---UGGGAGCCGGCAGUGCUGUGGCCACAAGGUAGCCAC
....(((......)))..(((((..(((((((---((.(((....)))...)))))))))..))))).((.((((((---(((...)))))))))))(((((.((...)).))))) ( -46.90)
>DroPse_CAF1 7935 110 - 1
AAAGAUCAAUAUCGAUGGCCAGAUACUGCUCG---AGCUGCUGAAGCACUCCUCGAACACAUUGCUGGAGACACUGC---UCGGUGCUGGCAGUGCUGUGUCAUCGAGGUAGCACC
...........(((((((((((.(((((((..---(((.(((((.(((((((.(((.....)))..))))....)))---)))))))))))))))))).))))))))......... ( -41.40)
>DroGri_CAF1 8735 109 - 1
GAAAAUCAAU----CUGCCGG--CGCUGCUCGGGGAGCUGCUCAAGCAUUCGUCGAGCUCAUUGCUUGAGACGCUGCUCCUCGGUGCUGGCAGCGCAGCGGUGGCGAGGUAAUUA-
........((----((((((.--(((((((((((((((..((((((((..............)))))))).....))))))))).((.....)))))))).)))).)))).....- ( -50.74)
>DroEre_CAF1 7046 110 - 1
GAAAAUCAAUAUCGAUGGCAGCGUCCUGCUCG---AGCUGCUCAAGUAUUCCUCGAGCAGCCUGCUGGAGACACUGC---UGGGAGCCGGCAGUGCUGUGGCAACAAGGUAGCCAC
...............((((.((...(((((((---((.(((....)))...)))))))))..(((((.((.((((((---(((...))))))))))).))))).....)).)))). ( -46.30)
>DroYak_CAF1 7222 110 - 1
GAAAAUUAAUAUCGAUGGCAGCGUCCUGCUCG---AGCUGCUCAAGUAUUCCUCGAGCAACCUGCUGGAGACACUGC---UGGGAGCCGGCAGUGCUAUGGCAACAAGGUAGCCAC
...............((((.......((((((---((.(((....)))...))))))))((((((((.((.((((((---(((...))))))))))).))))....)))).)))). ( -42.10)
>DroPer_CAF1 8015 110 - 1
AAAGAUCAAUAUCGAUGGCCACAUACUGCUCG---AGCUGCUGAAGCACUCCUCGAACACAUUGCUGGAGACACUGC---UCGGUGCUGGCAGUGCUGUGUCAUCGAGGUAGCACC
...........((((((((.((((((((((..---(((.(((((.(((((((.(((.....)))..))))....)))---))))))))))))))).)))))))))))......... ( -39.20)
>consensus
GAAAAUCAAUAUCGAUGGCAGCGUCCUGCUCG___AGCUGCUCAAGCACUCCUCGAGCACACUGCUGGAGACACUGC___UCGGAGCCGGCAGUGCUGUGGCAACAAGGUAGCCAC
...............((((.((....((((((...((.(((....)))))...))))))...(((((.((.((((((............)))))))).))))).....)).)))). (-21.02 = -22.25 +   1.23)

alignment

secondary structure

dotplot

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