Locus 5729

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,605,000 – 15,605,120
Length 120
Max. P 0.999300
window9075

overview

Window 5

Location 15,605,000 – 15,605,120
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.83
Mean single sequence MFE -47.40
Consensus MFE -46.58
Energy contribution -46.82
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 3.49
SVM RNA-class probability 0.999300
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15605000 120 + 23771897
UCUCAGUUUGUCAACAAACUACGAGUUUGGUGGUGCUGGAGUUUCGAGUUGUCUGUUAUCGCAAUGCAACCAGGUUGUGGCUAUGGGCGGCUGGCCACGCCCACUUCCAGCGGCAUCAAG
.(((((((((....))))))..))).((((((.(((((((((..(((.(((..(((.........)))..))).)))..))..((((((........))))))..))))))).)))))). ( -46.00)
>DroSec_CAF1 28128 120 + 1
UCUCAGUUUGUCAACAAACUACGAGUUUGGUGGUGUUGGAGUUUCGAGUUGUCUGUUAUCGCAAUGCAGCCAGGUUGUGGCUAUGGGCGGCUGGCCACGCCCACUUCCAGCGGCAUCAAG
.(((((((((....))))))..))).((((((.(((((((((..(((.(((.((((.........)))).))).)))..))..((((((........))))))..))))))).)))))). ( -46.00)
>DroSim_CAF1 28052 120 + 1
UCUCAGUUUGUCAACAAACUACGAGUUUGGUGGUGCUGGAGUUUCGAGUUGUCUGUUAUCGCAAUGCAGCCAGGUUGUGGCUAUGGGCGGCUGGCCACGCCCACUUCCAGCGGCAUCAAG
.(((((((((....))))))..))).((((((.(((((((((..(((.(((.((((.........)))).))).)))..))..((((((........))))))..))))))).)))))). ( -48.40)
>DroEre_CAF1 28054 120 + 1
UCUCAGUUUGUCAACAAACUAUGAGUUUCGUGGUGCUGGAGUUUCGAGUUGUCUGUUAUCGCAAUGCAGCCAGGUUGUGGCGAUGGGCGGCUGGCCACGCCCACUUCCAGCGGCAUCAAG
.(((((((((....)))))..))))....(((.(((((((((..(((.(((.((((.........)))).))).)))..))..((((((........))))))..))))))).))).... ( -43.80)
>DroYak_CAF1 30272 120 + 1
UCUCAGUUUGUCAACAAACUACGAGUUUGGUGGUGCUGGAGUUUCGAGUUGUCUGUUAUCGCAAUGCAGCCAGGUUGUGGCGGUGGGCGGCUGGCCACGCCCACUUCCAGCGGCAUCAAG
.(((((((((....))))))..))).((((((.(((((((((..(((.(((.((((.........)))).))).)))..))((((((((........))))))))))))))).)))))). ( -52.80)
>consensus
UCUCAGUUUGUCAACAAACUACGAGUUUGGUGGUGCUGGAGUUUCGAGUUGUCUGUUAUCGCAAUGCAGCCAGGUUGUGGCUAUGGGCGGCUGGCCACGCCCACUUCCAGCGGCAUCAAG
.(((((((((....))))))..))).((((((.(((((((((..(((.(((.((((.........)))).))).)))..))..((((((........))))))..))))))).)))))). (-46.58 = -46.82 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:57:59 2006